More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0079 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0079  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
225 aa  455  1e-127  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.849443  normal  0.162256 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
232 aa  159  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1658  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.91 
 
 
222 aa  155  7e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.365354  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.91 
 
 
222 aa  155  7e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1531  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.99 
 
 
239 aa  149  5e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.169257  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.7 
 
 
246 aa  148  7e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.7 
 
 
229 aa  148  8e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.72 
 
 
243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.36 
 
 
227 aa  145  5e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2685  cAMP-binding protein  35.43 
 
 
272 aa  145  5e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3331  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
258 aa  142  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3444  cyclic nucleotide-binding  36.54 
 
 
250 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1691  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.53 
 
 
232 aa  139  3e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00272653  normal  0.637065 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3198  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.32 
 
 
231 aa  138  7e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1454  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
252 aa  135  7.000000000000001e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.74 
 
 
238 aa  134  9.999999999999999e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2478  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.32 
 
 
249 aa  132  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.651433 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2752  cyclic nucleotide-binding protein  40.09 
 
 
230 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.339389  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2895  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.09 
 
 
230 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.869141  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0619  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.09 
 
 
229 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2817  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.09 
 
 
229 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2392  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  40.09 
 
 
230 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1706  cyclic nucleotide-binding protein  40.09 
 
 
230 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.450772  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2695  cyclic nucleotide-binding protein  40.09 
 
 
229 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1801  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  39.71 
 
 
229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2606  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.9 
 
 
253 aa  129  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.193309  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0060  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.4 
 
 
234 aa  128  6e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.237094  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
230 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2636  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.18 
 
 
234 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3081  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
249 aa  125  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0390484  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
229 aa  125  6e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1709  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.89 
 
 
254 aa  124  9e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0525745  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1904  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.89 
 
 
254 aa  124  9e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0603838  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.57 
 
 
241 aa  123  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.58 
 
 
229 aa  122  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.63 
 
 
229 aa  122  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.32 
 
 
227 aa  121  7e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.86 
 
 
227 aa  119  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
237 aa  118  6e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1036  cyclic nucleotide-binding  33.33 
 
 
245 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0628  transcriptional regulator Dnr  33.33 
 
 
227 aa  115  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3189  transcriptional regulator  34.2 
 
 
236 aa  115  6e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.95 
 
 
254 aa  115  7.999999999999999e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06870  transcriptional regulator Dnr  33.33 
 
 
227 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.84 
 
 
226 aa  114  8.999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3466  regulator of Biofilm formation Fnr Family  30.36 
 
 
235 aa  113  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1669  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.62 
 
 
233 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1522  cyclic nucleotide-binding  28.57 
 
 
241 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.500349  normal  0.967279 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.09 
 
 
225 aa  108  5e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0528  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.51 
 
 
244 aa  108  5e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.81 
 
 
229 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
231 aa  107  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.84 
 
 
228 aa  107  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1012  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.87 
 
 
241 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.88102  normal  0.736744 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5062  cyclic nucleotide-binding  33.5 
 
 
254 aa  106  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.319018  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2638  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
222 aa  106  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1555  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.41 
 
 
230 aa  106  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0740  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.89 
 
 
255 aa  105  5e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2562  cyclic AMP receptor protein  35.71 
 
 
222 aa  105  7e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.553837  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3341  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
221 aa  102  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0836398 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
224 aa  102  5e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.8 
 
 
236 aa  102  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  32.09 
 
 
225 aa  100  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2689  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.18 
 
 
246 aa  100  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2376  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
226 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.253524 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2867  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
241 aa  98.2  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3301  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.46 
 
 
227 aa  97.8  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.306356 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.95 
 
 
227 aa  98.2  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.12 
 
 
225 aa  96.7  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.12 
 
 
225 aa  96.7  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
248 aa  96.3  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.83 
 
 
227 aa  95.9  5e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1785  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.45 
 
 
225 aa  95.5  6e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0232074  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2109  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.11 
 
 
225 aa  94.4  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.170093  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.73 
 
 
227 aa  94.7  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.57 
 
 
226 aa  94  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.65 
 
 
228 aa  93.6  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.32 
 
 
226 aa  92.4  5e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3443  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.55 
 
 
229 aa  89.7  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.52 
 
 
225 aa  89.4  4e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2845  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  25 
 
 
226 aa  88.6  7e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3322  cyclic nucleotide-binding  30.7 
 
 
495 aa  87.8  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000319874 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.23 
 
 
226 aa  86.3  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.91 
 
 
235 aa  86.3  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.44 
 
 
235 aa  85.1  7e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0436  transcription regulator  30 
 
 
214 aa  84.7  0.000000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0316636  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3191  transcriptional regulator Dnr  26.11 
 
 
227 aa  84.7  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2472  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.39 
 
 
238 aa  84  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.3707  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.82 
 
 
223 aa  84  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2531  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  23.66 
 
 
226 aa  84  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.05 
 
 
222 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5024  cyclic nucleotide-binding protein  27.57 
 
 
221 aa  83.2  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.923745  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5927  cyclic nucleotide-binding protein  27.11 
 
 
226 aa  82.8  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.514964 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2132  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.8 
 
 
293 aa  82.8  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.263338  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  23.74 
 
 
243 aa  82.8  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
223 aa  82.4  0.000000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.84 
 
 
219 aa  82  0.000000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.77 
 
 
222 aa  82  0.000000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.92 
 
 
227 aa  82  0.000000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.01 
 
 
235 aa  81.6  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>