More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0060 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0060  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 234 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.237094  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1454  Crp/FNR family transcriptional regulator  62.35 
 
 		 252 aa  297  1e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1904  CRP/FNR family transcriptional regulator  57.89 
 
 		 254 aa  276  1e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0603838  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1709  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  57.89 
 
 		 254 aa  276  1e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0525745  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1691  CRP/FNR family transcriptional regulator  58.77 
 
 		 232 aa  262  3e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00272653  normal  0.637065 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3198  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 231 aa  213  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2606  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  49.32 
 
 		 253 aa  207  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.193309  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1036  cyclic nucleotide-binding  47.11 
 
 		 245 aa  201  6e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2392  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  46.49 
 
 		 230 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0619  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  46.49 
 
 		 229 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2817  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  46.49 
 
 		 229 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2695  cyclic nucleotide-binding protein  46.49 
 
 		 229 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2895  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  46.49 
 
 		 230 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.869141  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2752  cyclic nucleotide-binding protein  46.49 
 
 		 230 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.339389  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1706  cyclic nucleotide-binding protein  46.49 
 
 		 230 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.450772  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1801  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  46.05 
 
 		 229 aa  199  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.53 
 
 		 227 aa  191  9e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1669  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 233 aa  188  5.999999999999999e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.99 
 
 		 243 aa  164  8e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 237 aa  162  3e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.19 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.19 
 
 		 225 aa  157  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  40.09 
 
 		 225 aa  152  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2109  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.19 
 
 		 225 aa  152  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.170093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3443  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.7 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1785  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.19 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0232074  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06870  transcriptional regulator Dnr  35.56 
 
 		 227 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0628  transcriptional regulator Dnr  35.56 
 
 		 227 aa  135  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0079  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 225 aa  128  6e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.849443  normal  0.162256 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2685  cAMP-binding protein  35.21 
 
 		 272 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 228 aa  126  3e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1658  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.41 
 
 		 222 aa  125  6e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.365354  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.41 
 
 		 222 aa  125  6e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.41 
 
 		 246 aa  122  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5062  cyclic nucleotide-binding  32.02 
 
 		 254 aa  122  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.319018  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.41 
 
 		 229 aa  122  6e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3331  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 258 aa  116  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.02 
 
 		 229 aa  114  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3444  cyclic nucleotide-binding  34.29 
 
 		 250 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 226 aa  109  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.08 
 
 		 227 aa  107  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1531  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 239 aa  105  5e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.169257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 228 aa  105  6e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2638  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.97 
 
 		 222 aa  105  7e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0740  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.83 
 
 		 255 aa  104  9e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 254 aa  104  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2636  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 234 aa  103  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3081  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 249 aa  103  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0390484  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 231 aa  102  4e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 224 aa  102  6e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.84 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3189  transcriptional regulator  31.6 
 
 		 236 aa  100  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.33 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 248 aa  99.8  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4014  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.19 
 
 		 233 aa  99.8  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.46 
 
 		 227 aa  99  5e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 241 aa  98.2  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2867  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 241 aa  97.8  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2562  cyclic AMP receptor protein  33.7 
 
 		 222 aa  97.1  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.553837  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1522  cyclic nucleotide-binding  33.16 
 
 		 241 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.500349  normal  0.967279 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 234 aa  95.9  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 238 aa  95.1  9e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 230 aa  93.6  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.05 
 
 		 227 aa  93.2  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1012  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 241 aa  93.2  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.88102  normal  0.736744 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.96 
 
 		 234 aa  92  8e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3191  transcriptional regulator Dnr  29.82 
 
 		 227 aa  90.1  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2478  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 249 aa  90.5  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.651433 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 223 aa  89.7  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 229 aa  89.7  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 235 aa  89.7  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.52 
 
 		 229 aa  89  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2709  transcriptional activator FtrB  28.11 
 
 		 232 aa  89  6e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0829617 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 225 aa  89  7e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 235 aa  88.6  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.69 
 
 		 236 aa  88.6  8e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.05 
 
 		 219 aa  88.2  9e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2963  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 218 aa  87.8  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.281309  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1610  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 218 aa  87.8  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.503286  normal  0.0459235 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24470  cAMP-binding protein  28.25 
 
 		 261 aa  87.8  1e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 235 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 235 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.52 
 
 		 226 aa  86.7  3e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.09 
 
 		 236 aa  86.3  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 229 aa  86.7  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.46 
 
 		 225 aa  86.3  4e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3322  cyclic nucleotide-binding  29.73 
 
 		 495 aa  86.3  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000319874 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 		 222 aa  85.9  4e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 236 aa  85.1  8e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3466  regulator of Biofilm formation Fnr Family  30.69 
 
 		 235 aa  84.3  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1062  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 236 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  25.87 
 
 		 230 aa  84.7  0.000000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.15 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 240 aa  82.4  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.89 
 
 		 226 aa  82  0.000000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3301  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.5 
 
 		 227 aa  82  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.306356 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 227 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.68 
 
 		 243 aa  80.9  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>