More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1454 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1454  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
252 aa  513  1.0000000000000001e-145  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1709  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  69.8 
 
 
254 aa  348  4e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0525745  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1904  CRP/FNR family transcriptional regulator  69.8 
 
 
254 aa  348  4e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0603838  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0060  Crp/FNR family transcriptional regulator  62.35 
 
 
234 aa  297  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.237094  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1691  CRP/FNR family transcriptional regulator  57.43 
 
 
232 aa  266  2e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00272653  normal  0.637065 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3198  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.34 
 
 
231 aa  221  8e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1036  cyclic nucleotide-binding  45 
 
 
245 aa  201  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1801  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.24 
 
 
229 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2606  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.4 
 
 
253 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.193309  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0619  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.24 
 
 
229 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2695  cyclic nucleotide-binding protein  45.24 
 
 
229 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2817  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.24 
 
 
229 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1706  cyclic nucleotide-binding protein  45.24 
 
 
230 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.450772  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2752  cyclic nucleotide-binding protein  45.24 
 
 
230 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.339389  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2392  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.24 
 
 
230 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2895  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  45.24 
 
 
230 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.869141  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.57 
 
 
227 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1669  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
233 aa  190  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3443  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.45 
 
 
229 aa  165  5.9999999999999996e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.12986  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.78 
 
 
243 aa  155  7e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.52 
 
 
237 aa  151  8.999999999999999e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.84 
 
 
225 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.84 
 
 
225 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1785  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.02 
 
 
225 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0232074  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0628  transcriptional regulator Dnr  35.5 
 
 
227 aa  135  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  34.94 
 
 
225 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2109  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.19 
 
 
225 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.170093  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0079  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
225 aa  135  9e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.849443  normal  0.162256 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06870  transcriptional regulator Dnr  35.06 
 
 
227 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.1 
 
 
246 aa  122  5e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.1 
 
 
229 aa  122  6e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2685  cAMP-binding protein  30.74 
 
 
272 aa  115  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.04 
 
 
229 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.3 
 
 
222 aa  105  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1658  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.3 
 
 
222 aa  105  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.365354  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
232 aa  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3081  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.84 
 
 
249 aa  103  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0390484  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5062  cyclic nucleotide-binding  28.57 
 
 
254 aa  102  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.319018  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.26 
 
 
228 aa  102  5e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
224 aa  100  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3331  Crp/FNR family transcriptional regulator  29 
 
 
258 aa  99.8  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1531  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
239 aa  99.8  4e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.169257  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2478  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.47 
 
 
249 aa  99  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.651433 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.19 
 
 
226 aa  98.6  8e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
254 aa  97.1  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3444  cyclic nucleotide-binding  28.57 
 
 
250 aa  97.1  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.71 
 
 
227 aa  97.1  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
238 aa  94.7  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2867  Crp/FNR family transcriptional regulator  29 
 
 
241 aa  94.4  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.63 
 
 
227 aa  93.6  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4014  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.32 
 
 
233 aa  92.4  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.89 
 
 
225 aa  92.4  6e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0740  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.55 
 
 
255 aa  92.4  6e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2638  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.91 
 
 
222 aa  91.7  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.03 
 
 
248 aa  90.1  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.73 
 
 
225 aa  89  6e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1522  cyclic nucleotide-binding  30.39 
 
 
241 aa  88.6  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.500349  normal  0.967279 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.94 
 
 
243 aa  88.6  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.85 
 
 
227 aa  86.7  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.14 
 
 
227 aa  86.7  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
228 aa  87  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.09 
 
 
241 aa  86.3  5e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3322  cyclic nucleotide-binding  28.29 
 
 
495 aa  86.3  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000319874 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3189  transcriptional regulator  29.72 
 
 
236 aa  86.3  5e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2636  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
234 aa  85.9  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3466  regulator of Biofilm formation Fnr Family  27.27 
 
 
235 aa  83.2  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1012  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
241 aa  82.8  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.88102  normal  0.736744 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.65 
 
 
230 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2709  transcriptional activator FtrB  25.94 
 
 
232 aa  82.8  0.000000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0829617 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.5 
 
 
236 aa  80.9  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.78 
 
 
229 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.22 
 
 
229 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.35 
 
 
227 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.41 
 
 
219 aa  79.7  0.00000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.1 
 
 
227 aa  79.3  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.33 
 
 
231 aa  79.3  0.00000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.94 
 
 
236 aa  79.3  0.00000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.96 
 
 
226 aa  79.3  0.00000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1062  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.94 
 
 
236 aa  79  0.00000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.6 
 
 
234 aa  78.2  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.14 
 
 
229 aa  78.2  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2562  cyclic AMP receptor protein  29.65 
 
 
222 aa  77.4  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.553837  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.58 
 
 
222 aa  77.4  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20120  cAMP-binding protein  27 
 
 
223 aa  77  0.0000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00290987  normal  0.0142715 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.27 
 
 
223 aa  76.6  0.0000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
227 aa  76.6  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  22.52 
 
 
230 aa  76.3  0.0000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.19 
 
 
236 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  26.5 
 
 
226 aa  74.7  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1465  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.27 
 
 
236 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.342125  normal  0.439299 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1838  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.69 
 
 
225 aa  74.7  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0983527  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.36 
 
 
225 aa  74.3  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  26.05 
 
 
224 aa  74.3  0.000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.36 
 
 
231 aa  73.2  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.36 
 
 
231 aa  73.2  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.14 
 
 
240 aa  73.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.75 
 
 
249 aa  73.2  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24470  cAMP-binding protein  25 
 
 
261 aa  72.4  0.000000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  25.66 
 
 
236 aa  72.4  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.99 
 
 
235 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>