More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_0906 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
238 aa  474  1e-133  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2867  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.33 
 
 
241 aa  202  3e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.74 
 
 
229 aa  166  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  40 
 
 
229 aa  159  3e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.82 
 
 
241 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
230 aa  151  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.44 
 
 
228 aa  150  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.04 
 
 
227 aa  148  8e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
229 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.57 
 
 
227 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
231 aa  144  9e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
248 aa  142  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.94 
 
 
228 aa  142  6e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.46 
 
 
229 aa  139  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
224 aa  136  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.85 
 
 
227 aa  135  8e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0079  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.74 
 
 
225 aa  134  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.849443  normal  0.162256 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.05 
 
 
227 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.28 
 
 
226 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
232 aa  128  9.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.9 
 
 
236 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.92 
 
 
219 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.89 
 
 
227 aa  120  3e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1531  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.169257  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.85 
 
 
254 aa  116  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.98 
 
 
243 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1658  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.55 
 
 
222 aa  108  7.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.365354  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
225 aa  108  7.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.55 
 
 
222 aa  108  7.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.18 
 
 
227 aa  106  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1691  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
232 aa  105  5e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00272653  normal  0.637065 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2562  cyclic AMP receptor protein  32.5 
 
 
222 aa  105  7e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.553837  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.79 
 
 
243 aa  105  9e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1669  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.09 
 
 
233 aa  104  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.23 
 
 
226 aa  103  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.02 
 
 
222 aa  104  2e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.02 
 
 
246 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.86 
 
 
239 aa  102  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.08 
 
 
229 aa  102  7e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  32.74 
 
 
225 aa  101  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2695  cyclic nucleotide-binding protein  31.02 
 
 
229 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0619  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.02 
 
 
229 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2392  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.02 
 
 
230 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3198  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
231 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2817  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.02 
 
 
229 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.39 
 
 
225 aa  100  1e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2752  cyclic nucleotide-binding protein  31.02 
 
 
230 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.339389  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1706  cyclic nucleotide-binding protein  31.02 
 
 
230 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.450772  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2895  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.02 
 
 
230 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.869141  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1801  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.99 
 
 
229 aa  100  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0628  transcriptional regulator Dnr  31.63 
 
 
227 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06870  transcriptional regulator Dnr  31.63 
 
 
227 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.156456  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
224 aa  99.8  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2685  cAMP-binding protein  28.7 
 
 
272 aa  99.8  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3331  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
258 aa  98.6  8e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.19 
 
 
225 aa  98.2  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.19 
 
 
225 aa  98.2  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
226 aa  97.1  3e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
234 aa  96.3  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3341  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
221 aa  95.5  6e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0836398 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3466  regulator of Biofilm formation Fnr Family  33.33 
 
 
235 aa  95.1  8e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0060  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
234 aa  95.1  9e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.237094  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1454  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
252 aa  94.7  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
227 aa  94.4  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3189  transcriptional regulator  30.37 
 
 
236 aa  94.4  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2689  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.06 
 
 
246 aa  92.8  5e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1036  cyclic nucleotide-binding  30 
 
 
245 aa  91.7  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.13 
 
 
237 aa  91.3  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
218 aa  90.1  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3444  cyclic nucleotide-binding  28.57 
 
 
250 aa  90.5  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1785  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.02 
 
 
225 aa  90.5  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0232074  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
223 aa  89.7  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0740  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.92 
 
 
255 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1555  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.51 
 
 
230 aa  90.1  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.54 
 
 
232 aa  90.1  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
246 aa  89.4  4e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2606  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.73 
 
 
253 aa  89.7  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.193309  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.39 
 
 
226 aa  89.4  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.11 
 
 
263 aa  89  6e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2109  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.02 
 
 
225 aa  89  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.170093  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3081  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
249 aa  89  6e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0390484  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3425  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.88 
 
 
244 aa  88.2  9e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5062  cyclic nucleotide-binding  31.34 
 
 
254 aa  87.8  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.319018  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  26.64 
 
 
230 aa  88.2  1e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2478  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.19 
 
 
249 aa  87.8  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.651433 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1709  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 
254 aa  87  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0525745  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1904  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
254 aa  87  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0603838  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1522  cyclic nucleotide-binding  31.67 
 
 
241 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.500349  normal  0.967279 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4521  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.2 
 
 
257 aa  86.7  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0161618  normal  0.0108643 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  29.81 
 
 
352 aa  86.3  4e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2027  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.48 
 
 
226 aa  86.3  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
226 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1498  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.91 
 
 
239 aa  85.5  7e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.163113  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
240 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.74 
 
 
234 aa  84.3  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1694  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.55 
 
 
230 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.233971  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.68 
 
 
225 aa  84  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3301  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.11 
 
 
227 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.306356 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.49 
 
 
230 aa  84  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1991  transcriptional activator Anr  28.11 
 
 
244 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>