More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01902 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  100 
 
 		 239 aa  462  1e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  78.48 
 
 		 243 aa  342  2e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  78.48 
 
 		 243 aa  342  2e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  56.7 
 
 		 228 aa  241  1e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  56.7 
 
 		 228 aa  238  5e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  56.62 
 
 		 237 aa  238  8e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  57.67 
 
 		 237 aa  237  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  55.7 
 
 		 227 aa  221  6e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 227 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  52.21 
 
 		 251 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  52.21 
 
 		 251 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  52.21 
 
 		 251 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  51.56 
 
 		 266 aa  217  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.6 
 
 		 235 aa  216  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  52.21 
 
 		 251 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  52.21 
 
 		 251 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.14 
 
 		 235 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.14 
 
 		 235 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  54.04 
 
 		 239 aa  210  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  52.05 
 
 		 235 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  52.05 
 
 		 235 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  52.05 
 
 		 235 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.14 
 
 		 235 aa  203  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.5 
 
 		 234 aa  187  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  50.22 
 
 		 260 aa  182  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 278 aa  181  7e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 237 aa  162  5.0000000000000005e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  34.42 
 
 		 229 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0243  cyclic nucleotide-binding  36.73 
 
 		 236 aa  125  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0313  cyclic nucleotide-binding protein  36.44 
 
 		 234 aa  125  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.94 
 
 		 239 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.04 
 
 		 224 aa  123  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  32.64 
 
 		 247 aa  122  7e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.61 
 
 		 230 aa  116  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  35.94 
 
 		 226 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.44 
 
 		 230 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.44 
 
 		 230 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 228 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.8 
 
 		 239 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 239 aa  112  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 241 aa  112  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 239 aa  109  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  32.99 
 
 		 231 aa  108  6e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.91 
 
 		 224 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 241 aa  107  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.45 
 
 		 243 aa  106  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 248 aa  105  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.91 
 
 		 232 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.11 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.57 
 
 		 225 aa  104  1e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  28.51 
 
 		 239 aa  103  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 234 aa  103  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.47 
 
 		 226 aa  103  3e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 225 aa  102  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.13 
 
 		 224 aa  102  4e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  34.58 
 
 		 225 aa  102  4e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  31.36 
 
 		 226 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 225 aa  102  6e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  35.08 
 
 		 226 aa  101  1e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.27 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 226 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  33.97 
 
 		 224 aa  99.8  4e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.51 
 
 		 220 aa  99  5e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 258 aa  98.6  8e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.04 
 
 		 258 aa  98.6  8e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.68 
 
 		 228 aa  98.2  9e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.11 
 
 		 228 aa  97.8  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  30.64 
 
 		 259 aa  97.8  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  31.78 
 
 		 285 aa  97.8  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.9 
 
 		 299 aa  97.4  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  30.39 
 
 		 243 aa  97.4  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  31.2 
 
 		 262 aa  96.7  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  34.86 
 
 		 225 aa  96.7  3e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.31 
 
 		 289 aa  96.3  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.31 
 
 		 309 aa  96.3  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  31.31 
 
 		 281 aa  95.9  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.31 
 
 		 304 aa  95.9  5e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.19 
 
 		 236 aa  95.9  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  31.31 
 
 		 284 aa  95.1  8e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.31 
 
 		 284 aa  95.1  8e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 222 aa  95.1  8e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.2 
 
 		 225 aa  95.1  8e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.31 
 
 		 284 aa  95.1  8e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 226 aa  94.7  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.62 
 
 		 225 aa  94.7  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.6 
 
 		 242 aa  93.6  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  32.97 
 
 		 224 aa  92.4  5e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  33.51 
 
 		 224 aa  92  7e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  31.36 
 
 		 225 aa  92  8e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.15 
 
 		 224 aa  91.3  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.54 
 
 		 226 aa  91.3  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.51 
 
 		 224 aa  90.9  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  32 
 
 		 231 aa  90.9  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>