More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3161 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3161  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 230 aa  447  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 234 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 225 aa  105  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.87 
 
 		 236 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.42 
 
 		 235 aa  101  8e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 227 aa  101  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 254 aa  100  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 224 aa  99.4  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 226 aa  99  6e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  32.12 
 
 		 226 aa  98.2  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 225 aa  97.8  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 228 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  31.25 
 
 		 224 aa  97.4  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 246 aa  96.7  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.71 
 
 		 228 aa  96.7  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  35.03 
 
 		 243 aa  96.7  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.86 
 
 		 226 aa  96.7  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.35 
 
 		 220 aa  96.3  3e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  32.16 
 
 		 225 aa  96.3  4e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  34.62 
 
 		 226 aa  96.3  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0303  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.82 
 
 		 228 aa  95.5  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.55 
 
 		 222 aa  94.4  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  29.59 
 
 		 225 aa  94.4  1e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 226 aa  93.6  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2076  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 234 aa  93.2  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.398696  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.29 
 
 		 225 aa  93.2  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 252 aa  92.8  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.05 
 
 		 225 aa  92.8  4e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 263 aa  92.4  5e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 226 aa  92  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  30.61 
 
 		 224 aa  92  7e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 239 aa  92  7e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.79 
 
 		 224 aa  91.7  8e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.17 
 
 		 231 aa  91.7  9e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  29.33 
 
 		 239 aa  90.9  1e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  29.9 
 
 		 226 aa  91.3  1e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.25 
 
 		 224 aa  90.9  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.21 
 
 		 225 aa  90.5  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.33 
 
 		 230 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  30.88 
 
 		 225 aa  90.5  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 239 aa  89.7  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.67 
 
 		 225 aa  90.1  3e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 225 aa  89.7  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 241 aa  89.7  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 227 aa  89.7  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.14 
 
 		 242 aa  89  6e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.24 
 
 		 239 aa  89  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 239 aa  88.6  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.63 
 
 		 223 aa  88.6  7e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 241 aa  88.2  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  28.64 
 
 		 222 aa  88.2  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 222 aa  87.8  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.57 
 
 		 224 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  30.29 
 
 		 224 aa  87.8  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 225 aa  87  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.7 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 		 228 aa  87.4  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.53 
 
 		 219 aa  87.4  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 224 aa  87  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  28.72 
 
 		 212 aa  87.4  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 224 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 239 aa  86.3  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 224 aa  86.3  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 224 aa  86.3  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 224 aa  86.3  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 224 aa  85.9  5e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.88 
 
 		 222 aa  85.9  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.66 
 
 		 225 aa  85.9  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 230 aa  85.9  5e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.31 
 
 		 229 aa  85.9  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 		 224 aa  85.9  5e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.77 
 
 		 251 aa  85.5  6e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  27.65 
 
 		 228 aa  85.1  9e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1232  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.91 
 
 		 235 aa  84.3  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.64 
 
 		 226 aa  84.3  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.43 
 
 		 226 aa  84.3  0.000000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 229 aa  84.7  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.33 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.37 
 
 		 225 aa  83.6  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.15 
 
 		 228 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27700  putative transcriptional regulator  32.99 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112492 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.12 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.07 
 
 		 224 aa  83.2  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 228 aa  82.4  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.15 
 
 		 226 aa  82.4  0.000000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  27.52 
 
 		 236 aa  82.8  0.000000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  29.03 
 
 		 217 aa  82.4  0.000000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.67 
 
 		 227 aa  81.6  0.000000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1853  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.61 
 
 		 240 aa  81.6  0.000000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  28.92 
 
 		 225 aa  81.6  0.000000000000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.65 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.65 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 229 aa  80.1  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.88 
 
 		 237 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 236 aa  80.9  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 247 aa  80.1  0.00000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.95 
 
 		 224 aa  80.1  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 232 aa  80.1  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 226 aa  79.7  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>