More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2076 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2076  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
234 aa  439  9.999999999999999e-123  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.398696  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1332  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.78 
 
 
238 aa  161  7e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.407818  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.13 
 
 
231 aa  118  6e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.03 
 
 
237 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.7 
 
 
251 aa  113  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.82 
 
 
243 aa  109  3e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  35 
 
 
225 aa  108  7.000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
236 aa  105  6e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
236 aa  104  9e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.36 
 
 
236 aa  103  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30.22 
 
 
228 aa  102  3e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.36 
 
 
236 aa  103  3e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.65 
 
 
242 aa  102  5e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  33.68 
 
 
224 aa  102  6e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0291  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.81 
 
 
227 aa  101  8e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277011  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1641  cyclic nucleotide-binding  28.25 
 
 
267 aa  101  8e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0349  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.42 
 
 
222 aa  100  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000192919 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
226 aa  101  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.41 
 
 
227 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.04 
 
 
247 aa  97.8  1e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.86 
 
 
228 aa  96.7  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0860  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
234 aa  97.1  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.693979  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
225 aa  96.7  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.63 
 
 
225 aa  96.3  3e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.28 
 
 
229 aa  96.7  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.11 
 
 
226 aa  96.7  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.47 
 
 
225 aa  96.7  3e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.35 
 
 
226 aa  95.9  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28 
 
 
228 aa  95.5  6e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.67 
 
 
236 aa  95.5  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.57 
 
 
225 aa  95.5  6e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
227 aa  95.5  7e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.65 
 
 
226 aa  95.1  9e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  29.63 
 
 
224 aa  94  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2833  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.79 
 
 
213 aa  93.6  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0320601  normal  0.661336 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  30 
 
 
225 aa  93.6  3e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.44 
 
 
225 aa  92.8  4e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.83 
 
 
228 aa  92.8  4e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  32.29 
 
 
226 aa  92.4  5e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.91 
 
 
226 aa  92.4  5e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1853  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
240 aa  92.4  5e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.22 
 
 
234 aa  92  7e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.11 
 
 
220 aa  90.9  1e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
225 aa  91.3  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
231 aa  91.3  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.52 
 
 
222 aa  91.3  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1482  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
235 aa  90.5  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000238682  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0629  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.71 
 
 
230 aa  90.1  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000285446  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 
224 aa  90.1  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.14 
 
 
230 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
225 aa  90.1  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.44 
 
 
225 aa  90.9  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1984  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.14 
 
 
230 aa  89.7  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.513682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1958  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.14 
 
 
230 aa  89.7  4e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0304498  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1936  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.14 
 
 
230 aa  89.7  4e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.308171  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.14 
 
 
226 aa  89.7  4e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2165  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.14 
 
 
230 aa  89.7  4e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.14 
 
 
230 aa  89.4  5e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.216294  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  30 
 
 
225 aa  89.4  5e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2139  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 
230 aa  89  6e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  28.33 
 
 
226 aa  88.6  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0244  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
228 aa  88.6  7e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0431251 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.19 
 
 
234 aa  88.2  9e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3398  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.84 
 
 
230 aa  87.8  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1232  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.13 
 
 
235 aa  88.2  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.34 
 
 
219 aa  87.8  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
232 aa  87.4  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.6 
 
 
226 aa  87.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.25 
 
 
226 aa  87  2e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2083  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
258 aa  87.4  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.193038 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0884  Crp/Fnr family transcriptional regulator  33.78 
 
 
214 aa  87.4  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.163926  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
228 aa  87  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.46 
 
 
223 aa  86.7  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.08 
 
 
239 aa  86.7  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.24 
 
 
238 aa  85.9  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1975  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.71 
 
 
230 aa  85.5  6e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  27.27 
 
 
221 aa  85.5  7e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  26.01 
 
 
230 aa  85.1  8e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
223 aa  84.7  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0390  cyclic nucleotide-binding protein  28.5 
 
 
218 aa  84.3  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000226333  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.72 
 
 
232 aa  84.3  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.93 
 
 
229 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1955  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.97 
 
 
229 aa  84.3  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0595  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.85 
 
 
228 aa  84.3  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.130469  unclonable  0.00000708114 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  26.79 
 
 
212 aa  84  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1896  cyclic nucleotide-binding protein  29.05 
 
 
218 aa  84.3  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.17 
 
 
230 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.18 
 
 
234 aa  83.2  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.55 
 
 
232 aa  83.2  0.000000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.37 
 
 
225 aa  83.6  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.83 
 
 
235 aa  83.2  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1262  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.64 
 
 
222 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.247212  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1063  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.11 
 
 
238 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.34 
 
 
235 aa  82.8  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0916  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29 
 
 
235 aa  82.4  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.18169  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0890  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29 
 
 
235 aa  82.4  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3198  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.78 
 
 
221 aa  82.4  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.90573 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1659  cyclic nucleotide-binding  29.49 
 
 
223 aa  82.8  0.000000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.834954  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.15 
 
 
254 aa  80.9  0.00000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2082  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.02 
 
 
225 aa  80.9  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>