More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_7216 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_7216  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
246 aa  489  1e-137  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.726682  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5506  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.08 
 
 
246 aa  179  4e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.324567  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0070  cyclic nucleotide-binding protein  42.53 
 
 
227 aa  161  9e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.376283 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6844  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.73 
 
 
235 aa  159  5e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0901192  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.36 
 
 
223 aa  145  5e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0120826  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5851  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.09 
 
 
242 aa  144  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0930905  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1232  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.57 
 
 
235 aa  142  5e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1677  cyclic nucleotide-binding protein  35 
 
 
258 aa  131  7.999999999999999e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.506462  normal  0.511537 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6885  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.73 
 
 
240 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5511  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.24 
 
 
227 aa  128  7.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.360617  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.61 
 
 
231 aa  119  3e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0781257  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4977  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.65 
 
 
234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.111601 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.47 
 
 
248 aa  113  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.83 
 
 
222 aa  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.17 
 
 
240 aa  102  6e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.92 
 
 
223 aa  98.2  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  33.87 
 
 
225 aa  97.1  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5783  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.26 
 
 
212 aa  96.7  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00268451  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2257  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.02 
 
 
234 aa  96.7  3e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000784359  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.05 
 
 
226 aa  92  8e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1659  cyclic nucleotide-binding  30.52 
 
 
223 aa  91.7  9e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.834954  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.05 
 
 
220 aa  91.7  1e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.89 
 
 
225 aa  90.5  2e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  29.86 
 
 
225 aa  89.7  4e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.44 
 
 
224 aa  87.8  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.59 
 
 
225 aa  87.8  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 
228 aa  86.7  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  28.44 
 
 
225 aa  87  3e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.55 
 
 
225 aa  86.3  4e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  29.41 
 
 
228 aa  85.1  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.12 
 
 
226 aa  84.3  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.24 
 
 
225 aa  84  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.02 
 
 
225 aa  84.3  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.72 
 
 
225 aa  82  0.000000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  30.11 
 
 
224 aa  80.9  0.00000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  28.65 
 
 
225 aa  80.1  0.00000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  28.1 
 
 
226 aa  80.1  0.00000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.88 
 
 
228 aa  79.7  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.61 
 
 
234 aa  79.3  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  30.65 
 
 
224 aa  77.8  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.08 
 
 
226 aa  78.6  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.02 
 
 
224 aa  77.8  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.9 
 
 
222 aa  77.8  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
225 aa  77  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
252 aa  76.6  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  32.69 
 
 
225 aa  76.6  0.0000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.73 
 
 
235 aa  75.9  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.11 
 
 
224 aa  75.9  0.0000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  31.43 
 
 
222 aa  75.5  0.0000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2514  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
231 aa  74.3  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.619242 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.18 
 
 
225 aa  74.7  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
224 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
228 aa  74.7  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
224 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
224 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  30.11 
 
 
236 aa  73.9  0.000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  26.15 
 
 
220 aa  73.9  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
241 aa  73.9  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  31.55 
 
 
224 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
224 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.33 
 
 
232 aa  73.6  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.84 
 
 
227 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.04 
 
 
223 aa  73.6  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
224 aa  73.6  0.000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.97 
 
 
242 aa  72.4  0.000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8335  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.05 
 
 
209 aa  71.6  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339186  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
246 aa  70.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1802  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
238 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.48 
 
 
224 aa  70.5  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2448  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
238 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.49 
 
 
224 aa  70.1  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.86 
 
 
224 aa  70.1  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.34 
 
 
239 aa  69.7  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3227  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.17 
 
 
232 aa  69.7  0.00000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.58 
 
 
243 aa  69.3  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.58 
 
 
243 aa  69.3  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.74 
 
 
234 aa  68.6  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  27.96 
 
 
224 aa  68.2  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  27.31 
 
 
224 aa  68.2  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  27.49 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
234 aa  68.6  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.77 
 
 
228 aa  67.4  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  29.61 
 
 
214 aa  67.8  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.71 
 
 
237 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1955  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.09 
 
 
229 aa  67  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26880  cAMP-binding protein  30.3 
 
 
225 aa  67.8  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.452605 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.93 
 
 
219 aa  67.4  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1992  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.41 
 
 
226 aa  67  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.103472  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.88 
 
 
236 aa  66.6  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.61 
 
 
224 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0394  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.26 
 
 
237 aa  66.6  0.0000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
225 aa  66.6  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28321  putative regulatory protein  30.99 
 
 
231 aa  66.6  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.270503 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.03 
 
 
224 aa  66.2  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.61 
 
 
226 aa  66.2  0.0000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  25.46 
 
 
226 aa  65.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3455  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
237 aa  65.5  0.0000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.87 
 
 
229 aa  65.1  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
254 aa  65.1  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.88 
 
 
225 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>