121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_1423 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011898  Ccel_1423  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
222 aa  453  1.0000000000000001e-126  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0243241  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3149  cyclic nucleotide-binding protein  48.58 
 
 
238 aa  232  4.0000000000000004e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0034  cyclic nucleotide-binding protein  46.76 
 
 
219 aa  215  4e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000350916  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2189  hypothetical protein  47.17 
 
 
219 aa  211  7.999999999999999e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0895568  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0705  cyclic nucleotide-binding protein  44.44 
 
 
227 aa  206  2e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0702  cyclic nucleotide-binding protein  43.52 
 
 
233 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01090  transcriptional regulator, crp family  40 
 
 
224 aa  186  3e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0213  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.24 
 
 
224 aa  183  2.0000000000000003e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0911  cyclic nucleotide-binding protein  37.73 
 
 
226 aa  165  5e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000610478  hitchhiker  0.00000000000000386547 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2221  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.68 
 
 
240 aa  148  8e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.181319  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1360  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.64 
 
 
235 aa  137  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990851  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05960  cAMP-binding protein  30.81 
 
 
215 aa  133  1.9999999999999998e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.901982 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0741  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.46 
 
 
222 aa  126  2.0000000000000002e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.343914  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.24 
 
 
225 aa  124  8.000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000947161  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.49 
 
 
218 aa  119  3e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.07605e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03090  cAMP-binding protein  29.82 
 
 
227 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0333204  hitchhiker  1.31136e-22 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1827  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.58 
 
 
229 aa  105  7e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1171  cyclic nucleotide-binding protein  27.23 
 
 
226 aa  99.8  3e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00521884  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2845  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.49 
 
 
226 aa  95.1  6e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2531  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.07 
 
 
226 aa  90.5  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13660  cAMP-binding protein  24.62 
 
 
249 aa  86.3  3e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0478  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  26.92 
 
 
216 aa  83.2  0.000000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1162  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.86 
 
 
220 aa  67  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1555  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.39 
 
 
230 aa  63.9  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1580  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.73 
 
 
215 aa  62  0.000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1053  transcriptional regulator, putative  27.32 
 
 
228 aa  61.2  0.00000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0216294 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1678  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.63 
 
 
230 aa  60.8  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.330352  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3858  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.61 
 
 
248 aa  60.8  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2562  cyclic AMP receptor protein  19.39 
 
 
222 aa  57.8  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.553837  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3951  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.37 
 
 
220 aa  57.8  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.75 
 
 
227 aa  57  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.79 
 
 
228 aa  56.6  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.82 
 
 
248 aa  55.8  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.07 
 
 
226 aa  55.8  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.29 
 
 
231 aa  54.3  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.07 
 
 
225 aa  52.8  0.000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0756  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.35 
 
 
220 aa  51.6  0.000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.67 
 
 
254 aa  51.6  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.68 
 
 
222 aa  51.2  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.21 
 
 
227 aa  51.2  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2921  acetate kinase  26.19 
 
 
772 aa  50.4  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.602994 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
241 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.6 
 
 
225 aa  50.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.54 
 
 
223 aa  50.8  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.6 
 
 
225 aa  50.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  18.98 
 
 
225 aa  50.1  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0657  cyclic nucleotide-binding protein  22.69 
 
 
246 aa  49.7  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.418671  normal  0.417958 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1850  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.06 
 
 
211 aa  50.1  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2061  Crp family transcriptional regulator  21.67 
 
 
241 aa  49.7  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00300081  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2547  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.88 
 
 
246 aa  49.7  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.389339  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  19.72 
 
 
228 aa  49.3  0.00005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.55 
 
 
236 aa  48.9  0.00006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.77 
 
 
227 aa  48.9  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.29 
 
 
229 aa  48.9  0.00006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2085  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.26 
 
 
264 aa  48.5  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.4 
 
 
232 aa  48.9  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2026  transcriptional activator Crp family  23.91 
 
 
241 aa  48.5  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.28 
 
 
222 aa  48.5  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1658  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.28 
 
 
222 aa  48.5  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.365354  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0698  Crp-Fnr regulatory protein (FnrL)  20.1 
 
 
248 aa  48.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0787  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.98 
 
 
243 aa  47.8  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2353  CRP/FNR family transcriptional regulator  20.1 
 
 
248 aa  48.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.139893 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0532  CRP/FNR family transcriptional regulator  19.81 
 
 
248 aa  48.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.283437 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.5 
 
 
224 aa  47.8  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0349  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.18 
 
 
219 aa  47.8  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000181532  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
246 aa  46.6  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3301  cyclic nucleotide-binding protein  24.72 
 
 
229 aa  46.6  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00259627 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.29 
 
 
224 aa  46.2  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  19.52 
 
 
222 aa  46.2  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.26 
 
 
226 aa  46.2  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  28.75 
 
 
224 aa  46.2  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2472  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.34 
 
 
238 aa  46.2  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.3707  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.11 
 
 
219 aa  45.8  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2778  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.34 
 
 
238 aa  45.4  0.0006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0529131  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3331  Crp/FNR family transcriptional regulator  19.14 
 
 
258 aa  45.8  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02063  transcriptional regulator of aerobic, anaerobic respiration, osmotic balance (CAMP-binding family) protein  23.16 
 
 
222 aa  45.1  0.0008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00714534  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1258  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.67 
 
 
241 aa  44.7  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.35 
 
 
238 aa  44.3  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0660  transcriptional regulator  21.6 
 
 
249 aa  44.7  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.08 
 
 
239 aa  44.7  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2611  cyclic nucleotide-binding protein  25.29 
 
 
223 aa  44.3  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000894277  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0642  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  19.46 
 
 
231 aa  44.3  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.49 
 
 
224 aa  44.7  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.82 
 
 
232 aa  43.9  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  21 
 
 
230 aa  43.9  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  18.05 
 
 
225 aa  44.3  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2699  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.28 
 
 
232 aa  44.3  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.276502  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
224 aa  44.3  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
224 aa  43.9  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.92 
 
 
229 aa  44.3  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.19 
 
 
227 aa  43.9  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
224 aa  44.3  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3367  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.11 
 
 
252 aa  43.9  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.184948  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  19.28 
 
 
226 aa  43.9  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2109  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  18.52 
 
 
225 aa  44.3  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.170093  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20 
 
 
243 aa  43.5  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.05 
 
 
236 aa  43.9  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1785  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  18.52 
 
 
225 aa  44.3  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0232074  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2796  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.83 
 
 
250 aa  43.5  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  19.55 
 
 
222 aa  43.5  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>