More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_3812 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_3812  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 229 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3505  regulatory protein Crp  99.56 
 
 		 229 aa  464  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3889  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  84.21 
 
 		 229 aa  359  2e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.128439 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0408  Crp/FNR family transcriptional regulator  73.06 
 
 		 230 aa  293  2e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  65.89 
 
 		 230 aa  286  1e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6927  Crp/FNR family transcriptional regulator  67.79 
 
 		 227 aa  270  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.422372 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6107  Crp/FNR family transcriptional regulator  66.83 
 
 		 227 aa  259  2e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0266042 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1340  transcriptional regulator FixK  57.51 
 
 		 229 aa  217  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.324269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2786  transcriptional regulator FixK  50.22 
 
 		 229 aa  216  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0460697  normal  0.11454 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4729  transcriptional regulator FixK  51.12 
 
 		 230 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1361  transcriptional regulator FixK  52.02 
 
 		 229 aa  215  4e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0646149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4871  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  49.34 
 
 		 228 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  52.85 
 
 		 231 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1036  transcriptional regulator FixK  54.08 
 
 		 231 aa  212  3.9999999999999995e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4055  transcriptional regulator FixK  57.61 
 
 		 229 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4375  Crp/FNR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 268 aa  211  1e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0870  transcriptional regulator FixK  50.5 
 
 		 227 aa  187  1e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2975  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 220 aa  168  7e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169439  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0629  transcriptional regulator FixK  44.94 
 
 		 215 aa  159  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.595222  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1746  CRP/FNR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 236 aa  158  7e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.753218  normal  0.546792 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 222 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3266  cyclic nucleotide-binding  44.62 
 
 		 220 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00116153 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0192  CRP family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 230 aa  149  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6270  transcriptional regulator FixK  43.09 
 
 		 211 aa  149  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.967473  normal  0.128199 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2457  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 204 aa  148  9e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.325923  normal  0.600278 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1823  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.03 
 
 		 234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0333657 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2220  transcriptional regulator FixK  46.33 
 
 		 224 aa  146  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.552775  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 242 aa  144  9e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191538  hitchhiker  0.00387918 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3277  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 226 aa  141  7e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2158  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 208 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.198273  normal  0.103025 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4713  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.18 
 
 		 239 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557049  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3322  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0702622  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1357  Crp/Fnr family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1377  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.18 
 
 		 239 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.13 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4039  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 239 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0946  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 253 aa  126  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6132  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 245 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0884478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5746  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 237 aa  125  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1357  cyclic nucleotide-binding  39.55 
 
 		 250 aa  124  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.395788 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5184  transcriptional regulator FixK  42.22 
 
 		 211 aa  123  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.639909 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1557  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.55 
 
 		 250 aa  122  5e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00717235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 310 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1170  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 274 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1302  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.32 
 
 		 254 aa  119  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5030  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.82 
 
 		 238 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3926  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.82 
 
 		 238 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1273  cAMP-binding protein  34.25 
 
 		 243 aa  116  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1742  CRP/FNR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 242 aa  116  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.265558 
 
 
-
 
NC_004310  BR0654  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 248 aa  113  3e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6164  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.31 
 
 		 247 aa  112  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257657  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1984  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.44 
 
 		 250 aa  112  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.312779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1945  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 242 aa  111  7.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2026  transcriptional activator Crp family  36.07 
 
 		 241 aa  111  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 231 aa  110  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0647  nitrogen fixation regulation protein fixk  32.31 
 
 		 251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2634  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 249 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3830  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 244 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.525453 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2360  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.09 
 
 		 240 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.948966  hitchhiker  0.00636029 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3583  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 244 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2699  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 232 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.276502  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4265  transcriptional regulator Anr  35.26 
 
 		 244 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003475  fumarate and nitrate reduction regulatory protein  33.53 
 
 		 248 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.292896  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3425  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  34.03 
 
 		 244 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1603  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 244 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.138297 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1045  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.09 
 
 		 250 aa  107  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.18077  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02295  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  33.53 
 
 		 248 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.09 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291012 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1853  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  33.52 
 
 		 250 aa  106  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.755428 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0212  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.01 
 
 		 254 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2356  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.21 
 
 		 254 aa  106  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1811  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 244 aa  106  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1288  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.7 
 
 		 246 aa  106  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2115  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.7 
 
 		 250 aa  106  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.508722  normal  0.0650668 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2014  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.7 
 
 		 250 aa  106  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000422436 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1961  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  30.89 
 
 		 250 aa  106  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00754009 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1799  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  31.84 
 
 		 250 aa  105  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.417815  normal  0.180258 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1111  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.71 
 
 		 242 aa  106  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.700786  normal  0.531022 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3788  transcriptional regulator Anr  31.92 
 
 		 244 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.620164  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5008  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 249 aa  105  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44490  transcriptional regulator Anr  31.92 
 
 		 244 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3149  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 249 aa  105  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3138  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 248 aa  105  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1951  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  30.27 
 
 		 250 aa  105  8e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.80493  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2398  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  34.1 
 
 		 248 aa  104  9e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4486  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 248 aa  104  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2105  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  34.1 
 
 		 248 aa  104  9e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0944449  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4495  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.21 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2209  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.21 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00613295  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5297  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2212  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.21 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3858  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2162  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.21 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.914647  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2081  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  33.15 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0488524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2222  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.21 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000942023  normal  0.178468 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1673  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.96 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.349784  normal  0.0983377 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1845  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.96 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.918423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1788  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.95 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.765276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1785  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.96 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.377507  normal  0.141635 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2291  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.95 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>