264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2741 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2741  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  100 
 
 		 225 aa  444  1.0000000000000001e-124  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.705936 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26880  cAMP-binding protein  48.15 
 
 		 225 aa  187  1e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.452605 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.72 
 
 		 227 aa  143  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.851339  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3957  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.59 
 
 		 289 aa  131  9e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.5 
 
 		 222 aa  79  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.16 
 
 		 225 aa  70.5  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6844  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.47 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0901192  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2683  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.99 
 
 		 236 aa  64.3  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.168298 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5506  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 246 aa  63.2  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.324567  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2636  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 234 aa  62.4  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5783  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.38 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00268451  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.15 
 
 		 223 aa  62.4  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0120826  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1677  cyclic nucleotide-binding protein  30.65 
 
 		 258 aa  62  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.506462  normal  0.511537 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0837  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 		 234 aa  61.6  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.29 
 
 		 225 aa  61.6  0.000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3066  cyclic nucleotide-binding  27.37 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1498  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 239 aa  61.2  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.163113  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  29.9 
 
 		 225 aa  61.6  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  30.1 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1659  cyclic nucleotide-binding  31.34 
 
 		 223 aa  61.2  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.834954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  25.27 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.19 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.47 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  25.68 
 
 		 210 aa  59.3  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 223 aa  59.3  0.00000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  25.54 
 
 		 217 aa  59.3  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32 
 
 		 231 aa  59.3  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0781257  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  58.5  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 211 aa  58.2  0.00000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30 
 
 		 228 aa  57.8  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0632  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.21 
 
 		 236 aa  57.8  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.649143  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5851  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.67 
 
 		 242 aa  58.2  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0930905  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  58.2  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 211 aa  57.8  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.87 
 
 		 226 aa  57.8  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.14 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.14 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  31.85 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2535  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.34 
 
 		 228 aa  57  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0548  cAMP-regulatory protein  24.47 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.549862  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  25 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1132  transcriptional regulator  20.57 
 
 		 355 aa  57.4  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.99008 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0618  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000475791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3412  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000398691  normal  0.338767 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  25.14 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0617  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000135204  normal  0.325091 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  24.73 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  25 
 
 		 211 aa  57  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1262  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 222 aa  57  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.247212  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  27.36 
 
 		 225 aa  57  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000433673  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0954  cAMP-regulatory protein  28.72 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.575012  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  25 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.33 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3455  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 237 aa  57  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0755  cAMP-regulatory protein  27.22 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.276204 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  25.54 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 232 aa  55.8  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3466  regulator of Biofilm formation Fnr Family  24.06 
 
 		 235 aa  55.8  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  25.68 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2478  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 249 aa  55.8  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.651433 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  30.16 
 
 		 224 aa  55.8  0.0000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  27 
 
 		 226 aa  55.5  0.0000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 236 aa  55.1  0.0000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.12 
 
 		 230 aa  54.7  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0267635  normal  0.395563 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  27.75 
 
 		 224 aa  54.7  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  27.5 
 
 		 224 aa  54.7  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.48 
 
 		 257 aa  54.7  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  24.59 
 
 		 214 aa  54.7  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6723  putative cyclic-AMP receptor-like protein  27.38 
 
 		 235 aa  54.3  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.823634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 229 aa  53.9  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  25.14 
 
 		 210 aa  53.9  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 229 aa  53.5  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0702  cyclic nucleotide-binding protein  24.73 
 
 		 233 aa  53.9  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>