More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3957 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_3957  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
289 aa  561  1.0000000000000001e-159  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2741  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  39.59 
 
 
225 aa  131  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.705936 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26880  cAMP-binding protein  36.92 
 
 
225 aa  107  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.452605 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.71 
 
 
227 aa  89.7  5e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.851339  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.43 
 
 
225 aa  82  0.000000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
228 aa  81.6  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.57 
 
 
222 aa  82  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.5 
 
 
240 aa  76.6  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
234 aa  76.3  0.0000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2514  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
231 aa  75.9  0.0000000000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.619242 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28321  putative regulatory protein  30.16 
 
 
231 aa  75.5  0.0000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.270503 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
223 aa  75.1  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2683  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.76 
 
 
236 aa  73.6  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.168298 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 
243 aa  73.2  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
225 aa  72.4  0.000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1659  cyclic nucleotide-binding  33.51 
 
 
223 aa  71.6  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.834954  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  28.65 
 
 
224 aa  70.9  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29 
 
 
232 aa  70.5  0.00000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.89 
 
 
225 aa  70.5  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  30.59 
 
 
225 aa  70.5  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
232 aa  69.7  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5783  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.14 
 
 
212 aa  68.9  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00268451  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.45 
 
 
235 aa  68.9  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  29.38 
 
 
225 aa  68.6  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.35 
 
 
226 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.98 
 
 
225 aa  67  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.72 
 
 
229 aa  66.6  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.73 
 
 
242 aa  66.2  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.84 
 
 
226 aa  66.2  0.0000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  30.5 
 
 
225 aa  65.5  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.79 
 
 
224 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0890  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.02 
 
 
235 aa  65.1  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0916  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.02 
 
 
235 aa  65.1  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.18169  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.12 
 
 
228 aa  64.3  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.47 
 
 
228 aa  64.7  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.27 
 
 
219 aa  64.3  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  26.2 
 
 
243 aa  64.7  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.34 
 
 
239 aa  64.3  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.03 
 
 
223 aa  63.5  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2591  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.89 
 
 
221 aa  63.9  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.44001  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.33 
 
 
225 aa  63.9  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  27.37 
 
 
229 aa  63.5  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5851  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.1 
 
 
242 aa  63.2  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0930905  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7216  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.05 
 
 
246 aa  63.2  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.726682  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.66 
 
 
226 aa  63.2  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.58 
 
 
226 aa  62.8  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.73 
 
 
238 aa  63.2  0.000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
227 aa  62.4  0.000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0837  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.11 
 
 
234 aa  62.8  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8335  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.11 
 
 
209 aa  62.8  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339186  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.23 
 
 
251 aa  62.8  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4140  cyclic nucleotide-binding protein  31.58 
 
 
243 aa  62.4  0.000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1533  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 
231 aa  62.4  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5506  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.5 
 
 
246 aa  62.4  0.000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.324567  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
228 aa  62.4  0.000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.5 
 
 
249 aa  62.4  0.000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  28.11 
 
 
225 aa  61.6  0.00000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
230 aa  62  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0880  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.74 
 
 
219 aa  62.4  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.812688  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2076  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.37 
 
 
234 aa  62  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.398696  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.11 
 
 
248 aa  61.2  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.23 
 
 
226 aa  61.2  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
230 aa  61.2  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1992  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.99 
 
 
226 aa  60.5  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.103472  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6844  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.51 
 
 
235 aa  60.5  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0901192  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  25.97 
 
 
226 aa  60.5  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.48 
 
 
225 aa  60.8  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.23 
 
 
225 aa  60.5  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.05 
 
 
220 aa  60.1  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.42 
 
 
230 aa  60.1  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4775  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.42 
 
 
224 aa  59.3  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
224 aa  59.3  0.00000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.4 
 
 
224 aa  58.9  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1853  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.7 
 
 
240 aa  58.9  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
235 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
224 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32 
 
 
223 aa  58.5  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0120826  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  25.99 
 
 
225 aa  58.5  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
231 aa  57.4  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6981  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.72 
 
 
224 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.691618 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
235 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2257  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.37 
 
 
234 aa  57.8  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000784359  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.52 
 
 
224 aa  58.2  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
224 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
231 aa  57.4  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
224 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
224 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.32 
 
 
224 aa  58.2  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
235 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.84 
 
 
220 aa  57.4  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27700  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 
241 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0112492 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
235 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.52 
 
 
224 aa  56.6  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3066  cyclic nucleotide-binding  25.79 
 
 
240 aa  57  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  27.91 
 
 
226 aa  56.6  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.13 
 
 
236 aa  57  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1297  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.53 
 
 
222 aa  57  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.7 
 
 
229 aa  56.6  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2535  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.55 
 
 
228 aa  56.2  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1592  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.91 
 
 
228 aa  56.6  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>