More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2535 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2535  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  100 
 
 
228 aa  472  1e-132  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1632  Crp/FNR family transcriptional regulator  63.76 
 
 
250 aa  276  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4410  Crp/FNR family transcriptional regulator  61.61 
 
 
225 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.994375  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1742  cyclic nucleotide-binding  61.68 
 
 
251 aa  248  7e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0065  Crp/FNR family transcriptional regulator  60.85 
 
 
258 aa  246  2e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0605636  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6723  putative cyclic-AMP receptor-like protein  52.36 
 
 
235 aa  234  7e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.823634  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4909  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  52.97 
 
 
221 aa  224  9e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.385812  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3749  Crp/FNR family transcriptional regulator  57.67 
 
 
228 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.9168  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1723  cyclic nucleotide-binding  55.05 
 
 
228 aa  219  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637067  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4383  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  54.25 
 
 
221 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140178  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4082  cyclic nucleotide-binding  48.86 
 
 
220 aa  208  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4231  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.95 
 
 
220 aa  199  3e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
225 aa  100  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.49 
 
 
224 aa  99.8  3e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.99 
 
 
225 aa  97.1  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.63 
 
 
220 aa  96.3  4e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.16 
 
 
228 aa  95.5  6e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.43 
 
 
225 aa  94  2e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  30.1 
 
 
226 aa  93.6  2e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.74 
 
 
225 aa  93.6  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
225 aa  93.2  3e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.57 
 
 
242 aa  92  6e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  31.03 
 
 
225 aa  90.9  1e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.76 
 
 
226 aa  90.1  3e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  33.72 
 
 
224 aa  89.7  3e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.9 
 
 
229 aa  89.4  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.25 
 
 
225 aa  89  6e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  30.86 
 
 
243 aa  87.4  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2591  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.52 
 
 
221 aa  87  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.44001  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.36 
 
 
224 aa  86.7  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  32.34 
 
 
225 aa  86.7  3e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  30.59 
 
 
225 aa  85.5  6e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  31.12 
 
 
228 aa  85.1  8e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  30.06 
 
 
224 aa  84.7  9e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  28.43 
 
 
224 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
224 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.06 
 
 
224 aa  84  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.64 
 
 
224 aa  83.6  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
224 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
224 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1271  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.61 
 
 
350 aa  83.2  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
224 aa  83.2  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24470  cAMP-binding protein  29.21 
 
 
261 aa  82.8  0.000000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.95 
 
 
237 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.65 
 
 
228 aa  82  0.000000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
237 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.99 
 
 
224 aa  81.6  0.000000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1132  transcriptional regulator  26.34 
 
 
355 aa  81.6  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.99008 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
224 aa  80.9  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.96 
 
 
225 aa  80.1  0.00000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  30.96 
 
 
225 aa  80.1  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.14 
 
 
230 aa  79.7  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 
226 aa  79  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.57 
 
 
230 aa  79  0.00000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  28.9 
 
 
224 aa  79  0.00000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.53 
 
 
231 aa  78.2  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.86 
 
 
226 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.82 
 
 
263 aa  77  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26 
 
 
354 aa  77.4  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.99 
 
 
246 aa  77  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  26.98 
 
 
222 aa  77.4  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3553  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.53 
 
 
348 aa  75.1  0.0000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528491 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  28.12 
 
 
352 aa  75.1  0.0000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.43 
 
 
219 aa  74.3  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.23 
 
 
226 aa  75.1  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0303  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.55 
 
 
228 aa  73.6  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.06 
 
 
254 aa  73.9  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
249 aa  73.9  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
236 aa  73.6  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.27 
 
 
239 aa  73.2  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0860  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
234 aa  72.8  0.000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.693979  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.34 
 
 
225 aa  72.8  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.9 
 
 
228 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.9 
 
 
236 aa  72.4  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.42 
 
 
222 aa  72  0.000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.76 
 
 
225 aa  72  0.000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.1 
 
 
224 aa  71.6  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.87 
 
 
247 aa  71.6  0.000000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
241 aa  71.2  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.97 
 
 
224 aa  71.6  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0291  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.65 
 
 
227 aa  70.5  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277011  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  29.41 
 
 
220 aa  70.5  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.74 
 
 
232 aa  70.5  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.88 
 
 
227 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.51 
 
 
232 aa  70.9  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.4 
 
 
226 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.32 
 
 
232 aa  70.5  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4881  putative cyclic-AMP receptor-like protein  25.93 
 
 
281 aa  70.5  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal  0.139273 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5052  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.75 
 
 
228 aa  70.1  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.267336 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1234  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
232 aa  70.1  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.95 
 
 
223 aa  69.7  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.18 
 
 
251 aa  69.7  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
236 aa  69.3  0.00000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.4 
 
 
226 aa  68.9  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0349  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.73 
 
 
222 aa  68.9  0.00000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000192919 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  26.4 
 
 
226 aa  68.9  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.41 
 
 
224 aa  68.6  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
236 aa  68.2  0.00000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.09 
 
 
246 aa  68.2  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  24.1 
 
 
231 aa  68.2  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>