More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4383 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4383  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
221 aa  454  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140178  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1723  cyclic nucleotide-binding  66.06 
 
 
228 aa  279  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637067  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3749  Crp/FNR family transcriptional regulator  64.71 
 
 
228 aa  275  3e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.9168  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4410  Crp/FNR family transcriptional regulator  60.85 
 
 
225 aa  241  5e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.994375  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1742  cyclic nucleotide-binding  57.55 
 
 
251 aa  225  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2535  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  54.25 
 
 
228 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4909  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  54.63 
 
 
221 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.385812  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6723  putative cyclic-AMP receptor-like protein  50.7 
 
 
235 aa  206  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.823634  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1632  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.83 
 
 
250 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4082  cyclic nucleotide-binding  52.83 
 
 
220 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4231  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.39 
 
 
220 aa  193  1e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0065  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.05 
 
 
258 aa  176  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0605636  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
225 aa  86.7  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2591  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.3 
 
 
221 aa  85.1  8e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.44001  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.39 
 
 
225 aa  84.3  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.29 
 
 
226 aa  84  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  30.29 
 
 
224 aa  84  0.000000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  28.57 
 
 
225 aa  84  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.16 
 
 
251 aa  83.6  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.41 
 
 
226 aa  82  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.94 
 
 
263 aa  81.6  0.000000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 
228 aa  81.3  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.11 
 
 
246 aa  81.3  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.32 
 
 
226 aa  80.9  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
220 aa  80.1  0.00000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.62 
 
 
225 aa  79.7  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  27.84 
 
 
226 aa  79.7  0.00000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
230 aa  78.6  0.00000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.65 
 
 
220 aa  78.2  0.00000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
230 aa  78.2  0.00000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.87 
 
 
354 aa  77.8  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.9 
 
 
225 aa  77.8  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.68 
 
 
224 aa  76.6  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.07 
 
 
228 aa  76.3  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1955  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.26 
 
 
229 aa  75.9  0.0000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.86 
 
 
226 aa  74.7  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.54 
 
 
225 aa  73.6  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  27.78 
 
 
352 aa  73.2  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
254 aa  73.2  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  26.9 
 
 
228 aa  72.4  0.000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  27.37 
 
 
225 aa  72.8  0.000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
230 aa  72.8  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.53 
 
 
222 aa  72.4  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.98 
 
 
226 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.44 
 
 
229 aa  72.4  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.7 
 
 
242 aa  71.2  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  27.53 
 
 
225 aa  70.9  0.00000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2796  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
250 aa  71.2  0.00000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.38 
 
 
231 aa  71.6  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.07 
 
 
226 aa  70.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24470  cAMP-binding protein  30 
 
 
261 aa  70.9  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0291  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.16 
 
 
227 aa  69.7  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277011  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3158  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.01 
 
 
223 aa  69.7  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
237 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.93 
 
 
226 aa  68.9  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1853  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.12 
 
 
240 aa  69.3  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.17 
 
 
224 aa  68.9  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.96 
 
 
237 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.46 
 
 
226 aa  68.2  0.00000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3553  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.36 
 
 
348 aa  68.2  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528491 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.44 
 
 
225 aa  68.2  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
235 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.09 
 
 
225 aa  68.2  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  26.35 
 
 
243 aa  67.4  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.6 
 
 
235 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.22 
 
 
212 aa  67  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0349  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.16 
 
 
222 aa  67  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000192919 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2797  cAMP-regulatory protein  25.7 
 
 
198 aa  67  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.207531  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  26.37 
 
 
239 aa  67  0.0000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.32 
 
 
236 aa  67  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  26.84 
 
 
224 aa  66.6  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  26.92 
 
 
236 aa  66.6  0.0000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.11 
 
 
235 aa  66.6  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.97 
 
 
224 aa  66.2  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.97 
 
 
224 aa  66.2  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.86 
 
 
219 aa  66.2  0.0000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.97 
 
 
224 aa  66.2  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.97 
 
 
224 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.73 
 
 
227 aa  65.9  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
235 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
235 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.21 
 
 
223 aa  65.9  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.97 
 
 
226 aa  65.5  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0783  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
217 aa  65.5  0.0000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.47 
 
 
235 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3232  cyclic nucleotide-binding protein  24.75 
 
 
212 aa  65.1  0.0000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.97 
 
 
224 aa  65.5  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4187  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.76 
 
 
254 aa  65.5  0.0000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.338954  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.12 
 
 
247 aa  64.7  0.0000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  23.63 
 
 
211 aa  65.1  0.0000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  24.04 
 
 
217 aa  65.1  0.0000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.62 
 
 
246 aa  64.7  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0281  transcriptional regulator NnrR  25 
 
 
232 aa  64.7  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.55 
 
 
228 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  23.63 
 
 
211 aa  64.3  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  23.78 
 
 
211 aa  64.7  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  23.63 
 
 
211 aa  64.7  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.58 
 
 
234 aa  64.7  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  23.63 
 
 
211 aa  64.3  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  26.52 
 
 
222 aa  64.3  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>