More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3853 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  99.52 
 
 		 210 aa  434  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  99.52 
 
 		 210 aa  434  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  99.52 
 
 		 210 aa  434  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  99.52 
 
 		 210 aa  434  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  99.52 
 
 		 210 aa  434  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  99.52 
 
 		 210 aa  434  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  99.52 
 
 		 210 aa  435  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  99.05 
 
 		 210 aa  434  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  99.52 
 
 		 210 aa  434  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  100 
 
 		 210 aa  436  1e-121  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  99.52 
 
 		 210 aa  434  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  99.05 
 
 		 210 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  99.05 
 
 		 210 aa  432  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  99.05 
 
 		 210 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  98.57 
 
 		 210 aa  433  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  98.57 
 
 		 210 aa  433  1e-120  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  98.57 
 
 		 210 aa  433  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  99.05 
 
 		 210 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  99.05 
 
 		 210 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  98.57 
 
 		 210 aa  431  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  98.1 
 
 		 210 aa  430  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  99.05 
 
 		 210 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  97.62 
 
 		 210 aa  429  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  95.71 
 
 		 210 aa  422  1e-117  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  94.76 
 
 		 210 aa  417  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  95.24 
 
 		 210 aa  417  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  94.76 
 
 		 210 aa  415  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  88.52 
 
 		 211 aa  392  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  88.52 
 
 		 211 aa  392  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000433673  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  89 
 
 		 211 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  89 
 
 		 211 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0618  cAMP-regulatory protein  88.52 
 
 		 211 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000475791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3412  cAMP-regulatory protein  88.52 
 
 		 211 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000398691  normal  0.338767 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  88.04 
 
 		 211 aa  390  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  89 
 
 		 211 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0617  cAMP-regulatory protein  88.52 
 
 		 211 aa  392  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000135204  normal  0.325091 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  89 
 
 		 211 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  87.56 
 
 		 211 aa  389  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  86.6 
 
 		 211 aa  385  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  87.08 
 
 		 211 aa  386  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  86.6 
 
 		 211 aa  386  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  86.12 
 
 		 211 aa  382  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  85.17 
 
 		 211 aa  377  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  84.91 
 
 		 212 aa  375  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  82.93 
 
 		 214 aa  368  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0548  cAMP-regulatory protein  80.48 
 
 		 210 aa  364  1e-100  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.549862  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0755  cAMP-regulatory protein  68 
 
 		 211 aa  303  2.0000000000000002e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.276204 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  66.83 
 
 		 217 aa  298  5e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  67 
 
 		 214 aa  295  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46100  cAMP-regulatory protein  67.34 
 
 		 215 aa  286  2e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08370  cAMP-regulatory protein  66.83 
 
 		 214 aa  286  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000340418 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4779  cAMP-regulatory protein  63.46 
 
 		 214 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.345439 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5111  cAMP-regulatory protein  63.55 
 
 		 214 aa  279  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0454  cAMP-regulatory protein  63.94 
 
 		 214 aa  278  4e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.993891  normal  0.32004 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4577  cAMP-regulatory protein  64.53 
 
 		 214 aa  275  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0457  cAMP-regulatory protein  62.98 
 
 		 223 aa  275  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89409  normal  0.110467 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0424  cAMP-regulatory protein  62.98 
 
 		 214 aa  275  5e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.328198  normal  0.870698 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0596  catabolite gene activator Crp  63.37 
 
 		 214 aa  272  3e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  59.31 
 
 		 212 aa  255  3e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2797  cAMP-regulatory protein  60.3 
 
 		 198 aa  247  1e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.207531  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0954  cAMP-regulatory protein  56.31 
 
 		 216 aa  236  1e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.575012  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04006  cAMP-regulatory protein  45.37 
 
 		 222 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3715  cAMP-regulatory protein  45.37 
 
 		 229 aa  210  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.088887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0879  cAMP-regulatory protein  43.48 
 
 		 229 aa  206  2e-52  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000144762  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0792  cAMP-regulatory protein  43 
 
 		 229 aa  206  2e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2246  cAMP-regulatory protein  45.77 
 
 		 218 aa  204  1e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.219541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0793  transcriptional regulator Vfr  70.69 
 
 		 118 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.63 
 
 		 223 aa  120  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 214 aa  118  6e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31 
 
 		 225 aa  108  8.000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.45 
 
 		 251 aa  107  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  30.68 
 
 		 222 aa  104  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 222 aa  103  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  32.78 
 
 		 228 aa  102  3e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.73 
 
 		 224 aa  102  5e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.15 
 
 		 228 aa  101  1e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30.22 
 
 		 220 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  32.4 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 226 aa  99  5e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  30.6 
 
 		 225 aa  97.8  9e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.51 
 
 		 225 aa  96.3  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4219  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 219 aa  96.3  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.408304  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.83 
 
 		 225 aa  95.9  4e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 225 aa  95.5  5e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  27.72 
 
 		 224 aa  95.5  5e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.56 
 
 		 226 aa  95.5  6e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.63 
 
 		 219 aa  94.4  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.5 
 
 		 224 aa  92.8  3e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.32 
 
 		 225 aa  92.4  5e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  31.75 
 
 		 224 aa  92.4  5e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 226 aa  91.3  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  29.61 
 
 		 226 aa  91.3  1e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.56 
 
 		 228 aa  90.1  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 224 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 224 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 224 aa  90.1  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 224 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 224 aa  89.4  3e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 229 aa  89.4  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>