More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4219 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_4219  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
219 aa  443  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.408304  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4099  Crp/FNR family transcriptional regulator  50.98 
 
 
237 aa  199  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000655046 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  44.88 
 
 
214 aa  171  5e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
225 aa  115  6e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  37.14 
 
 
220 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.67 
 
 
224 aa  112  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.86 
 
 
251 aa  111  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.2 
 
 
229 aa  110  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
223 aa  108  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.18 
 
 
222 aa  108  8.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0755  cAMP-regulatory protein  37.3 
 
 
211 aa  106  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.276204 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  34.54 
 
 
222 aa  105  5e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.08 
 
 
225 aa  102  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  31.86 
 
 
212 aa  102  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  32.34 
 
 
210 aa  100  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.31 
 
 
225 aa  100  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  31.84 
 
 
210 aa  99.8  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  36.22 
 
 
217 aa  99.8  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  30.85 
 
 
211 aa  99.4  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.84 
 
 
210 aa  99  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.84 
 
 
210 aa  99  5e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  31.84 
 
 
210 aa  99  5e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  31.84 
 
 
210 aa  99  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  31.84 
 
 
210 aa  99  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  31.84 
 
 
210 aa  99  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  30.85 
 
 
211 aa  99  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  31.84 
 
 
210 aa  99  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  31.84 
 
 
210 aa  99  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  31.84 
 
 
210 aa  98.6  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  31.84 
 
 
210 aa  98.6  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  31.84 
 
 
210 aa  98.6  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  31.84 
 
 
210 aa  98.6  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  31.84 
 
 
210 aa  98.6  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  31.84 
 
 
210 aa  98.6  7e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  30.85 
 
 
211 aa  98.2  8e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000433673  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  30.85 
 
 
211 aa  98.2  8e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0618  cAMP-regulatory protein  30.85 
 
 
211 aa  98.2  8e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000475791  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3412  cAMP-regulatory protein  30.85 
 
 
211 aa  98.2  8e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000398691  normal  0.338767 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0617  cAMP-regulatory protein  30.85 
 
 
211 aa  98.2  8e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000135204  normal  0.325091 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  30.85 
 
 
211 aa  97.8  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  30.85 
 
 
211 aa  97.8  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  30.85 
 
 
211 aa  97.8  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  31.34 
 
 
210 aa  97.8  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  30.85 
 
 
211 aa  97.8  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  31.34 
 
 
210 aa  96.7  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  31.34 
 
 
210 aa  96.7  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  31.34 
 
 
210 aa  96.7  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  31.34 
 
 
210 aa  96.7  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  31.34 
 
 
210 aa  96.7  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
212 aa  97.1  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46100  cAMP-regulatory protein  33.33 
 
 
215 aa  96.3  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  29.44 
 
 
211 aa  96.3  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  30.35 
 
 
211 aa  96.3  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  31.34 
 
 
210 aa  96.3  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  30.35 
 
 
211 aa  96.3  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  30.35 
 
 
211 aa  95.9  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  30.65 
 
 
214 aa  96.3  4e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  30.85 
 
 
210 aa  95.9  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  30.85 
 
 
210 aa  95.9  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  33.16 
 
 
214 aa  95.1  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  30.35 
 
 
211 aa  95.1  7e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  30.35 
 
 
210 aa  94.7  9e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
252 aa  93.6  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.81 
 
 
224 aa  94  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.15 
 
 
227 aa  94  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4577  cAMP-regulatory protein  32.88 
 
 
214 aa  92  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.61 
 
 
226 aa  92  6e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  31.25 
 
 
226 aa  92  6e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.29 
 
 
243 aa  91.7  7e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  29.85 
 
 
210 aa  92  7e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.98 
 
 
228 aa  91.3  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.8 
 
 
219 aa  90.5  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08370  cAMP-regulatory protein  32.64 
 
 
214 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000340418 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
226 aa  90.1  3e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.84 
 
 
225 aa  89  5e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5111  cAMP-regulatory protein  30.57 
 
 
214 aa  89  6e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  30.37 
 
 
225 aa  88.6  6e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.96 
 
 
225 aa  87.4  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0424  cAMP-regulatory protein  31.71 
 
 
214 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.328198  normal  0.870698 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0457  cAMP-regulatory protein  31.71 
 
 
223 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89409  normal  0.110467 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.6 
 
 
246 aa  87  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0596  catabolite gene activator Crp  32.24 
 
 
214 aa  86.3  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
263 aa  85.9  4e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2797  cAMP-regulatory protein  31.22 
 
 
198 aa  85.9  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.207531  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2448  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.19 
 
 
238 aa  85.5  6e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0454  cAMP-regulatory protein  31.22 
 
 
214 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.993891  normal  0.32004 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  30.98 
 
 
224 aa  85.1  8e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
236 aa  85.1  8e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.67 
 
 
226 aa  84.7  9e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4779  cAMP-regulatory protein  30.85 
 
 
214 aa  84.7  9e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.345439 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.26 
 
 
225 aa  84.3  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.28 
 
 
220 aa  84  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.52 
 
 
224 aa  84  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.17 
 
 
225 aa  84  0.000000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
225 aa  84  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.22 
 
 
224 aa  83.2  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  31.52 
 
 
224 aa  82.4  0.000000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.43 
 
 
224 aa  82.4  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.05 
 
 
225 aa  82.4  0.000000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.67 
 
 
225 aa  82.4  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>