225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_3903 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_3903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
225 aa  460  1e-129  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000947161  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2189  hypothetical protein  33.96 
 
 
219 aa  135  7.000000000000001e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0895568  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03090  cAMP-binding protein  31.7 
 
 
227 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0333204  hitchhiker  1.31136e-22 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01090  transcriptional regulator, crp family  33.18 
 
 
224 aa  126  3e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1423  cyclic nucleotide-binding protein  32.24 
 
 
222 aa  124  9e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0243241  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3149  cyclic nucleotide-binding protein  29.28 
 
 
238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0034  cyclic nucleotide-binding protein  34.68 
 
 
219 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000350916  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0213  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.19 
 
 
224 aa  118  9.999999999999999e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0705  cyclic nucleotide-binding protein  30.56 
 
 
227 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0702  cyclic nucleotide-binding protein  30.88 
 
 
233 aa  115  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05960  cAMP-binding protein  30.88 
 
 
215 aa  109  3e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.901982 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2221  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.09 
 
 
240 aa  107  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.181319  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0741  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.95 
 
 
222 aa  105  4e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.343914  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1360  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.82 
 
 
235 aa  102  6e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990851  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0911  cyclic nucleotide-binding protein  28.17 
 
 
226 aa  97.4  1e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000610478  hitchhiker  0.00000000000000386547 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.14 
 
 
218 aa  96.3  3e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.07605e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1827  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.93 
 
 
229 aa  94  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1171  cyclic nucleotide-binding protein  26.98 
 
 
226 aa  76.3  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00521884  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13660  cAMP-binding protein  27.27 
 
 
249 aa  75.1  0.0000000000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2845  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.17 
 
 
226 aa  72.8  0.000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2531  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.03 
 
 
226 aa  72.8  0.000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.78 
 
 
231 aa  71.6  0.000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0478  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  26.19 
 
 
216 aa  71.6  0.00000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1162  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.73 
 
 
220 aa  70.9  0.00000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.15 
 
 
226 aa  66.2  0.0000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.83 
 
 
226 aa  63.5  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.34 
 
 
226 aa  63.2  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.97 
 
 
232 aa  63.2  0.000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.54 
 
 
219 aa  60.8  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.73 
 
 
239 aa  59.7  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.75 
 
 
234 aa  59.7  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.64 
 
 
248 aa  59.3  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1045  Crp-like transcriptional regulator  27.4 
 
 
229 aa  59.3  0.00000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000241394  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3304  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.32 
 
 
243 aa  58.9  0.00000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010506 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.24 
 
 
232 aa  58.5  0.00000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1580  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.47 
 
 
215 aa  58.2  0.0000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.05 
 
 
227 aa  57.8  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
228 aa  57.8  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.66 
 
 
225 aa  57.8  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1578  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.5 
 
 
201 aa  57.8  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.32 
 
 
254 aa  57.4  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.74 
 
 
240 aa  55.8  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.63 
 
 
236 aa  55.8  0.0000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.62 
 
 
229 aa  55.5  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3951  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.53 
 
 
220 aa  55.5  0.0000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1062  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.18 
 
 
236 aa  55.5  0.0000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.33 
 
 
228 aa  55.1  0.0000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.52 
 
 
236 aa  54.3  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2611  cyclic nucleotide-binding protein  23.96 
 
 
223 aa  54.7  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000894277  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20120  cAMP-binding protein  21.17 
 
 
223 aa  54.7  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00290987  normal  0.0142715 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.8 
 
 
226 aa  53.9  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.7 
 
 
246 aa  53.5  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.22 
 
 
249 aa  53.9  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.7 
 
 
229 aa  53.9  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.61 
 
 
225 aa  53.5  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.3 
 
 
227 aa  53.9  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.04 
 
 
231 aa  53.5  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  22.57 
 
 
221 aa  53.1  0.000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  23.3 
 
 
225 aa  53.1  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.62 
 
 
200 aa  53.1  0.000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.48 
 
 
226 aa  53.1  0.000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0984  Crp-like transcriptional regulator  24.19 
 
 
209 aa  52.4  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  23.11 
 
 
243 aa  52.4  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.09 
 
 
231 aa  52  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2562  cyclic AMP receptor protein  24.17 
 
 
222 aa  52  0.000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.553837  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  21.76 
 
 
224 aa  52  0.000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.21 
 
 
236 aa  52  0.000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0629  transcriptional regulator FixK  23.35 
 
 
215 aa  52  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.595222  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0319  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.47 
 
 
262 aa  51.6  0.000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.1 
 
 
224 aa  51.2  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.22 
 
 
225 aa  51.2  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.22 
 
 
227 aa  51.6  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1036  cyclic nucleotide-binding  31.52 
 
 
245 aa  50.1  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.08 
 
 
228 aa  50.4  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.32 
 
 
257 aa  50.4  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  24.44 
 
 
231 aa  50.8  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.95 
 
 
224 aa  50.8  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.33 
 
 
222 aa  50.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.37 
 
 
227 aa  50.4  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
223 aa  49.7  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2158  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.34 
 
 
208 aa  49.7  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.198273  normal  0.103025 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  22.66 
 
 
230 aa  49.7  0.00004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4871  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.4 
 
 
208 aa  49.3  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0245964  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1053  transcriptional regulator, putative  24.89 
 
 
228 aa  49.3  0.00005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0216294 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3198  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.61 
 
 
231 aa  49.3  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.33 
 
 
225 aa  49.3  0.00005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  20.52 
 
 
226 aa  48.9  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5062  cyclic nucleotide-binding  24.09 
 
 
254 aa  48.9  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.319018  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  21.1 
 
 
225 aa  48.9  0.00006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1697  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.74 
 
 
259 aa  48.9  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.314621  hitchhiker  0.0000199045 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0756  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.68 
 
 
220 aa  48.9  0.00006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1724  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.68 
 
 
230 aa  48.9  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0755  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.21 
 
 
223 aa  48.9  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.125698 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.83 
 
 
231 aa  47.8  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.56 
 
 
236 aa  47.8  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.91 
 
 
237 aa  47.8  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0060  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.57 
 
 
234 aa  47.8  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.237094  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24470  cAMP-binding protein  23.04 
 
 
261 aa  47.8  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.83 
 
 
231 aa  47.8  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1691  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.08 
 
 
232 aa  48.1  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00272653  normal  0.637065 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>