More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3304 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3304  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 243 aa  484  1e-136  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010506 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3301  cyclic nucleotide-binding protein  41.23 
 
 		 229 aa  179  4e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00259627 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6767  cyclic nucleotide-binding protein  41.9 
 
 		 228 aa  157  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.171014  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6568  cyclic nucleotide-binding protein  41.9 
 
 		 228 aa  156  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.538415  normal  0.0410288 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2874  cyclic nucleotide-binding protein  44.1 
 
 		 228 aa  154  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.191735 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4711  cyclic nucleotide-binding protein  40.55 
 
 		 230 aa  148  7e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.754309  decreased coverage  0.00295307 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4140  cyclic nucleotide-binding protein  38.6 
 
 		 243 aa  147  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4566  cyclic nucleotide-binding protein  40.72 
 
 		 234 aa  144  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.940335  normal  0.142026 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4195  cyclic nucleotide-binding  40.72 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.164725  normal  0.773983 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5739  cyclic nucleotide-binding protein  38.25 
 
 		 235 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.172184 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4417  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.4 
 
 		 258 aa  135  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.48784  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0519  Fnr-like transcriptional activator  33.17 
 
 		 246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5695  cyclic nucleotide-binding protein  35.45 
 
 		 233 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0746044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2635  cyclic nucleotide-binding protein  33.82 
 
 		 228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 234 aa  95.5  7e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.56 
 
 		 251 aa  91.7  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 214 aa  87  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 236 aa  85.9  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28321  putative regulatory protein  31.05 
 
 		 231 aa  84  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.270503 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.91 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.94 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2514  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 231 aa  78.6  0.00000000000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.619242 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1644  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1853  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.21 
 
 		 240 aa  78.6  0.00000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 239 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 225 aa  77.4  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  31.03 
 
 		 214 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 239 aa  77.8  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.35 
 
 		 225 aa  77  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1659  cyclic nucleotide-binding  30.48 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.834954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  27.1 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 		 247 aa  75.5  0.0000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46100  cAMP-regulatory protein  30.05 
 
 		 215 aa  75.1  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.4 
 
 		 219 aa  74.7  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 241 aa  73.9  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 222 aa  73.2  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.27 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.76 
 
 		 231 aa  73.6  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  30.48 
 
 		 217 aa  73.2  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3150  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 252 aa  72.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1533  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.93 
 
 		 231 aa  72.4  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.36 
 
 		 225 aa  72  0.000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 252 aa  72  0.000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.16 
 
 		 222 aa  71.2  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  24.43 
 
 		 243 aa  71.2  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.69 
 
 		 225 aa  71.2  0.00000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.46 
 
 		 228 aa  71.6  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.1 
 
 		 243 aa  71.6  0.00000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 232 aa  71.6  0.00000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  29.24 
 
 		 239 aa  71.2  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.32 
 
 		 224 aa  70.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0755  cAMP-regulatory protein  29.65 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.276204 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3066  cyclic nucleotide-binding  27.15 
 
 		 240 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 239 aa  70.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08370  cAMP-regulatory protein  29.08 
 
 		 214 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000340418 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 227 aa  70.1  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 239 aa  70.1  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 231 aa  69.7  0.00000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.93 
 
 		 240 aa  69.7  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2246  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 233 aa  69.7  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 231 aa  69.7  0.00000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  25.35 
 
 		 228 aa  69.3  0.00000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1802  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.23 
 
 		 238 aa  69.3  0.00000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 218 aa  69.3  0.00000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3198  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.46 
 
 		 221 aa  68.9  0.00000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.90573 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  25.53 
 
 		 212 aa  68.9  0.00000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 232 aa  68.6  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  26.73 
 
 		 225 aa  68.6  0.00000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0797  cyclic nucleotide-binding protein  28.29 
 
 		 217 aa  67.8  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.31 
 
 		 224 aa  68.2  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  20.95 
 
 		 238 aa  68.2  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2448  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.31 
 
 		 238 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 231 aa  68.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4219  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 219 aa  68.2  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.408304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 223 aa  68.6  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1063  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.5 
 
 		 238 aa  67  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 228 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  24.32 
 
 		 229 aa  67.8  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.17 
 
 		 235 aa  67.4  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.23 
 
 		 236 aa  67  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.61 
 
 		 232 aa  67  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 229 aa  66.6  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 		 224 aa  67  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  23.74 
 
 		 222 aa  66.6  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 230 aa  66.2  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.29 
 
 		 225 aa  66.2  0.0000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 226 aa  66.2  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2323  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 233 aa  66.2  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00053006  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  25.27 
 
 		 214 aa  65.9  0.0000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 225 aa  65.5  0.0000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.55 
 
 		 230 aa  65.5  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 		 226 aa  65.5  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4277  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 234 aa  65.5  0.0000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 225 aa  65.5  0.0000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 228 aa  65.1  0.0000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 241 aa  65.1  0.0000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>