123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_2189 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_2189  hypothetical protein  100 
 
 
219 aa  451  1.0000000000000001e-126  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0895568  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1423  cyclic nucleotide-binding protein  47.17 
 
 
222 aa  211  7.999999999999999e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0243241  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3149  cyclic nucleotide-binding protein  46.45 
 
 
238 aa  202  3e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0702  cyclic nucleotide-binding protein  47.37 
 
 
233 aa  196  2.0000000000000003e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0705  cyclic nucleotide-binding protein  45.45 
 
 
227 aa  196  2.0000000000000003e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0034  cyclic nucleotide-binding protein  46.45 
 
 
219 aa  194  1e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000350916  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01090  transcriptional regulator, crp family  46.57 
 
 
224 aa  183  1.0000000000000001e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0213  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.49 
 
 
224 aa  175  4e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2221  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.13 
 
 
240 aa  137  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.181319  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1360  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.68 
 
 
235 aa  135  4e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990851  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0911  cyclic nucleotide-binding protein  37.63 
 
 
226 aa  135  6.0000000000000005e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000610478  hitchhiker  0.00000000000000386547 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.96 
 
 
225 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000947161  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0741  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.06 
 
 
222 aa  134  9.999999999999999e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.343914  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05960  cAMP-binding protein  30.95 
 
 
215 aa  124  1e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.901982 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03090  cAMP-binding protein  31.66 
 
 
227 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0333204  hitchhiker  1.31136e-22 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1827  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.33 
 
 
229 aa  105  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.88 
 
 
218 aa  105  7e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.07605e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2531  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.55 
 
 
226 aa  102  4e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2845  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.07 
 
 
226 aa  100  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1171  cyclic nucleotide-binding protein  30 
 
 
226 aa  95.9  4e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00521884  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0478  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  30.54 
 
 
216 aa  81.6  0.000000000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13660  cAMP-binding protein  25.25 
 
 
249 aa  78.2  0.00000000000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
226 aa  66.2  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1580  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.15 
 
 
215 aa  62  0.000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1162  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.4 
 
 
220 aa  60.1  0.00000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.85 
 
 
225 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.85 
 
 
225 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.76 
 
 
226 aa  60.1  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3951  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.3 
 
 
220 aa  57  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
248 aa  56.6  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.57 
 
 
227 aa  56.2  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.49 
 
 
228 aa  55.5  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0984  Crp-like transcriptional regulator  24.88 
 
 
209 aa  54.3  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1555  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.55 
 
 
230 aa  53.5  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.44 
 
 
222 aa  53.1  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3233  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.53 
 
 
256 aa  52.4  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2109  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.64 
 
 
225 aa  52.4  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.170093  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1785  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.64 
 
 
225 aa  52  0.000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0232074  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.11 
 
 
227 aa  51.6  0.000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0756  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.67 
 
 
220 aa  51.2  0.00001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.19 
 
 
225 aa  50.4  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.64 
 
 
232 aa  50.1  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0407  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.04 
 
 
243 aa  49.7  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.52 
 
 
240 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2448  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.22 
 
 
238 aa  48.9  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1578  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.71 
 
 
201 aa  48.1  0.00009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2360  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.71 
 
 
240 aa  47.8  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.948966  hitchhiker  0.00636029 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.18 
 
 
254 aa  47.4  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3198  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.75 
 
 
221 aa  47.4  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.90573 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1742  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.56 
 
 
242 aa  47.4  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.265558 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.24 
 
 
225 aa  47  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1063  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.22 
 
 
238 aa  47  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  19.16 
 
 
219 aa  47  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2026  transcriptional activator Crp family  24.86 
 
 
241 aa  47  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1992  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.39 
 
 
226 aa  46.2  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.103472  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
222 aa  46.6  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2246  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.64 
 
 
233 aa  46.6  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2066  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.24 
 
 
224 aa  46.6  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0111986  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.06 
 
 
238 aa  46.6  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.82 
 
 
222 aa  46.6  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1658  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.82 
 
 
222 aa  46.6  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.365354  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.6 
 
 
231 aa  46.2  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1303  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.39 
 
 
229 aa  46.2  0.0004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.67 
 
 
223 aa  46.2  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.96 
 
 
224 aa  45.8  0.0005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2630  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.04 
 
 
249 aa  45.8  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000270783  hitchhiker  0.0000314501 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4595  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.59 
 
 
229 aa  45.8  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.596625  normal  0.548543 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.36 
 
 
254 aa  45.8  0.0006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.4 
 
 
227 aa  45.4  0.0006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  23.04 
 
 
212 aa  45.4  0.0006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.83 
 
 
234 aa  45.1  0.0009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1053  transcriptional regulator, putative  21.57 
 
 
228 aa  44.7  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0216294 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  22.12 
 
 
224 aa  44.7  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  19.91 
 
 
221 aa  44.3  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.48 
 
 
229 aa  44.7  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.94 
 
 
236 aa  44.3  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1530  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.67 
 
 
239 aa  44.7  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1163  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.3 
 
 
251 aa  45.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0532  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.19 
 
 
248 aa  44.3  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.283437 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.03 
 
 
257 aa  44.3  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1802  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.81 
 
 
238 aa  44.7  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.07 
 
 
227 aa  44.7  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.63 
 
 
240 aa  44.3  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00291012 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0516  putative transcriptional regulator  24.34 
 
 
198 aa  43.9  0.002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.635671  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1850  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.55 
 
 
211 aa  44.3  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3775  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.32 
 
 
265 aa  43.9  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1091  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.97 
 
 
247 aa  43.5  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.140321  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0491  putative transcriptional regulator  24.87 
 
 
201 aa  43.9  0.002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0132873  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0787  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.4 
 
 
243 aa  43.9  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  22.96 
 
 
214 aa  43.9  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1984  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.25 
 
 
250 aa  43.9  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.312779  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.17 
 
 
227 aa  43.5  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1007  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.97 
 
 
242 aa  43.5  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3138  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.73 
 
 
248 aa  43.1  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.02 
 
 
227 aa  43.1  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5008  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.12 
 
 
249 aa  43.1  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.37 
 
 
228 aa  43.5  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1473  putative transcriptional regulator  23.28 
 
 
198 aa  43.1  0.003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0168255  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3149  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.12 
 
 
249 aa  43.1  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.86 
 
 
229 aa  43.1  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>