More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1850 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1850  CRP/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 211 aa  417  1e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2353  CRP/FNR family transcriptional regulator  71.63 
 
 		 248 aa  312  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.139893 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0698  Crp-Fnr regulatory protein (FnrL)  71.63 
 
 		 248 aa  312  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0532  CRP/FNR family transcriptional regulator  71.63 
 
 		 248 aa  310  7.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.283437 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2547  Crp/FNR family transcriptional regulator  69.52 
 
 		 246 aa  309  2e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.389339  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0660  transcriptional regulator  69.52 
 
 		 249 aa  308  2.9999999999999997e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3858  Crp/FNR family transcriptional regulator  66.82 
 
 		 248 aa  296  2e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2026  transcriptional activator Crp family  40.5 
 
 		 241 aa  156  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1678  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 230 aa  155  3e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.330352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1945  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 242 aa  149  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 231 aa  149  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1742  CRP/FNR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 242 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.265558 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2360  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.3 
 
 		 240 aa  141  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.948966  hitchhiker  0.00636029 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.23 
 
 		 240 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291012 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2061  Crp family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 241 aa  132  5e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00300081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1258  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 241 aa  129  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2279  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 258 aa  126  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2572  crpK, Fnr-type transcriptional regulator  36.46 
 
 		 263 aa  125  5e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1230  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 263 aa  125  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0946  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 253 aa  124  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1951  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 263 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1377  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1357  Crp/Fnr family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 222 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.43 
 
 		 246 aa  118  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5746  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 237 aa  117  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4039  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4713  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.24 
 
 		 239 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557049  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1557  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.53 
 
 		 250 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00717235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1357  cyclic nucleotide-binding  40 
 
 		 250 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.395788 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3926  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.55 
 
 		 238 aa  112  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5030  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.55 
 
 		 238 aa  112  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 310 aa  112  5e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0654  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0647  nitrogen fixation regulation protein fixk  35.47 
 
 		 251 aa  109  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 232 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1302  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.83 
 
 		 254 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2634  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 249 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3610  hypothetical protein  35.58 
 
 		 231 aa  106  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.75 
 
 		 230 aa  105  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6132  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 245 aa  104  9e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0884478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1984  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.38 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.312779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 242 aa  103  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191538  hitchhiker  0.00387918 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.95 
 
 		 239 aa  102  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3322  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 262 aa  100  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0702622  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0408  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 230 aa  101  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3812  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.05 
 
 		 229 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3505  regulatory protein Crp  34.05 
 
 		 229 aa  100  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3889  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.47 
 
 		 229 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.128439 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 236 aa  99.4  3e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3277  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 226 aa  99.4  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 236 aa  99  5e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2975  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 220 aa  96.7  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169439  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 236 aa  97.1  2e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4055  transcriptional regulator FixK  35.09 
 
 		 229 aa  96.3  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 236 aa  96.3  3e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1361  transcriptional regulator FixK  34.91 
 
 		 229 aa  93.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0646149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4729  transcriptional regulator FixK  35.5 
 
 		 230 aa  93.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1464  transcriptional activator Anr  32.45 
 
 		 244 aa  91.7  7e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1340  transcriptional regulator FixK  34.32 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.324269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3266  cyclic nucleotide-binding  34.57 
 
 		 220 aa  90.9  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00116153 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0870  transcriptional regulator FixK  32.62 
 
 		 227 aa  90.9  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  31.44 
 
 		 231 aa  91.3  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6164  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33 
 
 		 247 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257657  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6927  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 227 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.422372 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0629  transcriptional regulator FixK  31.35 
 
 		 215 aa  90.5  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.595222  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1036  transcriptional regulator FixK  33.33 
 
 		 231 aa  89.4  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6107  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 227 aa  88.6  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0266042 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 236 aa  88.6  7e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1062  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 236 aa  88.2  7e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2786  transcriptional regulator FixK  31.41 
 
 		 229 aa  88.6  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0460697  normal  0.11454 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2457  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 204 aa  87  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.325923  normal  0.600278 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6270  transcriptional regulator FixK  34.41 
 
 		 211 aa  86.7  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.967473  normal  0.128199 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0576  CRP/FNR family transcriptional regulator  31 
 
 		 235 aa  85.9  4e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.670039  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1170  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 274 aa  85.5  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4375  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 268 aa  85.5  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1823  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.94 
 
 		 234 aa  84.7  8e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0333657 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3214  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 230 aa  85.1  8e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.939046  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4871  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.84 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2233  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 253 aa  83.2  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0375344  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1746  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 236 aa  83.2  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.753218  normal  0.546792 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5184  transcriptional regulator FixK  31.67 
 
 		 211 aa  82.4  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.639909 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4272  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.69 
 
 		 218 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.71016  normal  0.563993 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2301  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34 
 
 		 259 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.161686 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2024  cyclic nucleotide-binding  34 
 
 		 259 aa  80.5  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.996332 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1986  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.5 
 
 		 259 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1752  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.21 
 
 		 250 aa  79  0.00000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.103124 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3865  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 252 aa  78.6  0.00000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.925805  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  28.06 
 
 		 352 aa  77.8  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1273  cAMP-binding protein  26.49 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0606  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 267 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.149995 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3583  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 244 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2201  transcriptional regulator  31.75 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.586423 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4265  transcriptional regulator Anr  29.32 
 
 		 244 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1603  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 244 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.138297 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4433  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 224 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02063  transcriptional regulator of aerobic, anaerobic respiration, osmotic balance (CAMP-binding family) protein  25 
 
 		 222 aa  76.6  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00714534  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3830  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 244 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.525453 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1283  putative fumarate and nitrate reduction regulatory transcription regulator protein  31.11 
 
 		 242 aa  76.3  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0516193  normal  0.32826 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1147  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  27.51 
 
 		 261 aa  76.3  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>