More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1823 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1823  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 234 aa  471  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0333657 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0629  transcriptional regulator FixK  45.13 
 
 		 215 aa  174  8e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.595222  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.85 
 
 		 222 aa  170  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3277  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 226 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.5 
 
 		 230 aa  161  8.000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4729  transcriptional regulator FixK  46.99 
 
 		 230 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1746  CRP/FNR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 236 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.753218  normal  0.546792 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1361  transcriptional regulator FixK  46.49 
 
 		 229 aa  159  3e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0646149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6107  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.74 
 
 		 227 aa  158  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0266042 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  45.2 
 
 		 231 aa  157  9e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1340  transcriptional regulator FixK  46.45 
 
 		 229 aa  156  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.324269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0408  Crp/FNR family transcriptional regulator  55.86 
 
 		 230 aa  155  4e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2786  transcriptional regulator FixK  44.32 
 
 		 229 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0460697  normal  0.11454 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4055  transcriptional regulator FixK  45.11 
 
 		 229 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4871  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  50 
 
 		 228 aa  152  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4375  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 268 aa  151  7e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3505  regulatory protein Crp  45.03 
 
 		 229 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3812  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.03 
 
 		 229 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2220  transcriptional regulator FixK  40.45 
 
 		 224 aa  145  6e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.552775  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2975  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 220 aa  145  7.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169439  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1036  transcriptional regulator FixK  43.5 
 
 		 231 aa  145  8.000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6927  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.59 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.422372 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6270  transcriptional regulator FixK  44.26 
 
 		 211 aa  143  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.967473  normal  0.128199 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2457  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.07 
 
 		 204 aa  142  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.325923  normal  0.600278 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0870  transcriptional regulator FixK  44.85 
 
 		 227 aa  142  4e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3889  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  49.69 
 
 		 229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.128439 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.62 
 
 		 242 aa  137  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191538  hitchhiker  0.00387918 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3266  cyclic nucleotide-binding  43.41 
 
 		 220 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00116153 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5746  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 237 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5184  transcriptional regulator FixK  40.66 
 
 		 211 aa  123  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.639909 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3322  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 262 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0702622  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0192  CRP family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 230 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4713  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.96 
 
 		 239 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557049  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4039  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0576  CRP/FNR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 235 aa  115  6e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.670039  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1357  Crp/Fnr family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 239 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2158  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 208 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.198273  normal  0.103025 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0946  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 253 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1377  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 239 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1357  cyclic nucleotide-binding  36.13 
 
 		 250 aa  109  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.395788 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.76 
 
 		 246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1945  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 242 aa  108  6e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1557  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.6 
 
 		 250 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00717235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1302  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.91 
 
 		 254 aa  106  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109091  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0654  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 248 aa  102  5e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1273  cAMP-binding protein  35.15 
 
 		 243 aa  102  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2634  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 249 aa  102  7e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0647  nitrogen fixation regulation protein fixk  35.91 
 
 		 251 aa  100  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6132  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 245 aa  100  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0884478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5030  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.6 
 
 		 238 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3926  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.6 
 
 		 238 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1984  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.52 
 
 		 250 aa  97.4  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.312779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1752  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.23 
 
 		 250 aa  95.5  6e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.103124 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1678  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 230 aa  95.5  6e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.330352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6164  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.59 
 
 		 247 aa  95.1  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257657  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5737  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 248 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2026  transcriptional activator Crp family  32.63 
 
 		 241 aa  94.7  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5122  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 248 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4486  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 248 aa  93.2  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3214  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 230 aa  92  6e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.939046  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7766  nitrogen fixation regulation protein fixK  31.46 
 
 		 235 aa  92  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.701843  normal  0.257497 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0749  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 242 aa  91.3  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.887641  normal  0.079497 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2360  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.96 
 
 		 240 aa  90.5  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.948966  hitchhiker  0.00636029 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5297  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 248 aa  90.5  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0878  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  31.95 
 
 		 257 aa  90.9  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364978  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5008  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 249 aa  90.5  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3138  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 248 aa  90.1  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7770  putative nitrogen fixation regulation protein fixK  34.15 
 
 		 256 aa  89.4  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal  0.567558 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.14 
 
 		 256 aa  89.4  4e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0588975 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 260 aa  89.4  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3149  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 249 aa  89.4  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3927  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 242 aa  88.6  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.729399  hitchhiker  0.00211875 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2747  Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 260 aa  87.8  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225266  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1987  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  30.59 
 
 		 239 aa  87.4  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0164  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 260 aa  87.8  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1016  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 260 aa  87.8  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1045  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  31.43 
 
 		 250 aa  88.2  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.18077  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2604  Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 260 aa  87.8  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1799  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.46 
 
 		 250 aa  87.8  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.417815  normal  0.180258 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2233  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 253 aa  87  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0375344  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.96 
 
 		 240 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291012 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1334  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 242 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0190  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 242 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 231 aa  87  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02295  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  30.32 
 
 		 248 aa  87  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1571  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  30.85 
 
 		 250 aa  87.4  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.75505  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003475  fumarate and nitrate reduction regulatory protein  30.85 
 
 		 248 aa  86.7  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.292896  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0931  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  30.29 
 
 		 249 aa  86.7  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.896198 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1742  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 242 aa  86.3  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.265558 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2582  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  30.77 
 
 		 254 aa  85.5  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1464  transcriptional activator Anr  33.33 
 
 		 244 aa  85.5  6e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1843  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.72 
 
 		 250 aa  85.5  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0177159  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0037  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 251 aa  85.5  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0051  cAMP-binding proteins - catabolite gene activator and regulatory subunit of cAMP-dependent protein kinases  31.55 
 
 		 251 aa  85.5  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1184  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 251 aa  85.5  7e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0031  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 251 aa  85.5  7e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2291  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  31.36 
 
 		 250 aa  85.5  7e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1464  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 251 aa  85.5  7e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.855917  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0035  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 251 aa  85.5  7e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1981  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  31.36 
 
 		 250 aa  85.5  7e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.320226 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>