More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1377 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1377  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 239 aa  487  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1357  Crp/Fnr family transcriptional regulator  97.91 
 
 		 239 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4713  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  92.05 
 
 		 239 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557049  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4039  Crp/FNR family transcriptional regulator  87.45 
 
 		 239 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5746  Crp/FNR family transcriptional regulator  57.75 
 
 		 237 aa  261  4.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6132  Crp/FNR family transcriptional regulator  54.42 
 
 		 245 aa  249  2e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0884478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  50 
 
 		 246 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0946  Crp/FNR family transcriptional regulator  56.17 
 
 		 253 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3926  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  50.65 
 
 		 238 aa  239  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5030  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  50.65 
 
 		 238 aa  239  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1302  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  52.47 
 
 		 254 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1357  cyclic nucleotide-binding  50 
 
 		 250 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.395788 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1557  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  50 
 
 		 250 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00717235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1984  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40 
 
 		 250 aa  154  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.312779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0654  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 248 aa  146  3e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0647  nitrogen fixation regulation protein fixk  41.21 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2634  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 249 aa  144  9e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0660  transcriptional regulator  35.81 
 
 		 249 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6927  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.38 
 
 		 227 aa  138  7e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.422372 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2975  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 220 aa  138  7e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169439  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3322  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 262 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0702622  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3858  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 248 aa  136  3.0000000000000003e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.64 
 
 		 230 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 231 aa  135  7.000000000000001e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0532  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 248 aa  134  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.283437 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0698  Crp-Fnr regulatory protein (FnrL)  35.4 
 
 		 248 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2353  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 248 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.139893 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1752  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.89 
 
 		 250 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.103124 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2026  transcriptional activator Crp family  34.1 
 
 		 241 aa  131  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0576  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 235 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.670039  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3505  regulatory protein Crp  45.18 
 
 		 229 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6270  transcriptional regulator FixK  39.15 
 
 		 211 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.967473  normal  0.128199 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3812  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.18 
 
 		 229 aa  129  6e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1742  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 242 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.265558 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0408  Crp/FNR family transcriptional regulator  48 
 
 		 230 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1746  CRP/FNR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 236 aa  126  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.753218  normal  0.546792 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3277  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 226 aa  125  9e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  37.64 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1678  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 230 aa  124  1e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.330352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4729  transcriptional regulator FixK  37.56 
 
 		 230 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1361  transcriptional regulator FixK  39.55 
 
 		 229 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0646149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 222 aa  122  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1945  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 242 aa  122  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2360  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.18 
 
 		 240 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.948966  hitchhiker  0.00636029 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2279  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 258 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.7 
 
 		 240 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291012 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4055  transcriptional regulator FixK  39.55 
 
 		 229 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1340  transcriptional regulator FixK  38.98 
 
 		 229 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.324269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6107  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 227 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0266042 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1850  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 211 aa  120  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3889  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.05 
 
 		 229 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.128439 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4871  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.77 
 
 		 228 aa  118  6e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1036  transcriptional regulator FixK  37.64 
 
 		 231 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4375  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 268 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0870  transcriptional regulator FixK  36.27 
 
 		 227 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0629  transcriptional regulator FixK  38.42 
 
 		 215 aa  116  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.595222  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3266  cyclic nucleotide-binding  39.18 
 
 		 220 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00116153 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2061  Crp family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 241 aa  115  5e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00300081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2547  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 246 aa  115  5e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.389339  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2786  transcriptional regulator FixK  35.58 
 
 		 229 aa  115  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0460697  normal  0.11454 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1258  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 241 aa  115  7.999999999999999e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191538  hitchhiker  0.00387918 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1273  cAMP-binding protein  36.18 
 
 		 243 aa  113  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0192  CRP family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 230 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1823  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.57 
 
 		 234 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0333657 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2457  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 204 aa  110  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.325923  normal  0.600278 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2158  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 208 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.198273  normal  0.103025 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5184  transcriptional regulator FixK  39.05 
 
 		 211 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.639909 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2699  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.276502  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2220  transcriptional regulator FixK  36.41 
 
 		 224 aa  106  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.552775  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1811  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 244 aa  105  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6164  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.89 
 
 		 247 aa  105  8e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257657  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3865  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 252 aa  103  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.925805  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3425  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  29.2 
 
 		 244 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0787  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.47 
 
 		 243 aa  102  7e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2233  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 253 aa  100  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0375344  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4265  transcriptional regulator Anr  29.65 
 
 		 244 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1603  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 244 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.138297 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3583  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 244 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1991  transcriptional activator Anr  27.88 
 
 		 244 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3830  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 244 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.525453 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2615  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 244 aa  98.6  7e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00240538  normal  0.855877 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0917  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 254 aa  97.1  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3788  transcriptional regulator Anr  28.22 
 
 		 244 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.620164  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44490  transcriptional regulator Anr  28.22 
 
 		 244 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.63 
 
 		 256 aa  96.7  3e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0588975 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0997  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.93 
 
 		 230 aa  96.7  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4428  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.93 
 
 		 263 aa  94.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4561  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.93 
 
 		 263 aa  94.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.291712 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0164  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 260 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1016  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 260 aa  94  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2604  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 260 aa  94  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0190  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 242 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0532  cyclic nucleotide-binding protein  32.46 
 
 		 276 aa  94  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.053126  normal  0.207643 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1843  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.27 
 
 		 250 aa  94  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0177159  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1334  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 242 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2747  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 260 aa  94  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225266  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3214  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 230 aa  94  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.939046  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 260 aa  93.6  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>