More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4039 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4039  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 239 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1357  Crp/Fnr family transcriptional regulator  88.7 
 
 		 239 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1377  Crp/FNR family transcriptional regulator  87.45 
 
 		 239 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4713  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  86.61 
 
 		 239 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557049  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5746  Crp/FNR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 237 aa  263  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6132  Crp/FNR family transcriptional regulator  53.81 
 
 		 245 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0884478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  51.07 
 
 		 246 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0946  Crp/FNR family transcriptional regulator  55.79 
 
 		 253 aa  242  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5030  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  51.53 
 
 		 238 aa  241  9e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3926  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  51.53 
 
 		 238 aa  241  9e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1302  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  53.98 
 
 		 254 aa  241  1e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1357  cyclic nucleotide-binding  51.34 
 
 		 250 aa  226  4e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.395788 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1557  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  51.34 
 
 		 250 aa  224  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00717235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1984  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.78 
 
 		 250 aa  162  3e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.312779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 310 aa  148  7e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0647  nitrogen fixation regulation protein fixk  41.51 
 
 		 251 aa  147  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0654  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 248 aa  146  3e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2634  CRP/FNR family transcriptional regulator  40 
 
 		 249 aa  145  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3322  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 262 aa  142  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0702622  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1752  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.79 
 
 		 250 aa  137  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.103124 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6927  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 227 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.422372 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2975  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 220 aa  136  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169439  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3858  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 248 aa  133  3e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.02 
 
 		 230 aa  131  7.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0660  transcriptional regulator  35.65 
 
 		 249 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1746  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 236 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.753218  normal  0.546792 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6270  transcriptional regulator FixK  38.1 
 
 		 211 aa  128  7.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.967473  normal  0.128199 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0532  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 248 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.283437 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1742  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 242 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.265558 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0698  Crp-Fnr regulatory protein (FnrL)  33.62 
 
 		 248 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2353  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 248 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.139893 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 231 aa  128  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2026  transcriptional activator Crp family  33.95 
 
 		 241 aa  127  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3505  regulatory protein Crp  44.58 
 
 		 229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3812  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.58 
 
 		 229 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1678  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 230 aa  125  4.0000000000000003e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.330352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3277  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 226 aa  122  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 222 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0576  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 235 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.670039  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0408  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 230 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  38.55 
 
 		 231 aa  119  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2279  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 258 aa  118  7.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1361  transcriptional regulator FixK  39.78 
 
 		 229 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0646149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1945  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 242 aa  117  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1036  transcriptional regulator FixK  37.08 
 
 		 231 aa  116  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1823  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.54 
 
 		 234 aa  116  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0333657 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4729  transcriptional regulator FixK  39.33 
 
 		 230 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3889  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.74 
 
 		 229 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.128439 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 242 aa  116  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191538  hitchhiker  0.00387918 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1850  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 211 aa  116  3.9999999999999997e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1340  transcriptional regulator FixK  39.23 
 
 		 229 aa  115  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.324269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6107  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 227 aa  115  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0266042 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0870  transcriptional regulator FixK  36.62 
 
 		 227 aa  115  6e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2786  transcriptional regulator FixK  37.74 
 
 		 229 aa  114  8.999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0460697  normal  0.11454 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4055  transcriptional regulator FixK  39.23 
 
 		 229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3266  cyclic nucleotide-binding  38.01 
 
 		 220 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00116153 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4375  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 268 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.75 
 
 		 240 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291012 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2547  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.389339  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2360  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.23 
 
 		 240 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.948966  hitchhiker  0.00636029 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2457  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 204 aa  112  5e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.325923  normal  0.600278 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1258  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 241 aa  112  5e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0192  CRP family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 230 aa  111  9e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1811  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0629  transcriptional regulator FixK  37.43 
 
 		 215 aa  110  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.595222  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4871  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.36 
 
 		 228 aa  110  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2061  Crp family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 241 aa  109  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00300081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2158  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 208 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.198273  normal  0.103025 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3425  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30.84 
 
 		 244 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1273  cAMP-binding protein  34.38 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5184  transcriptional regulator FixK  37.57 
 
 		 211 aa  106  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.639909 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2699  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 232 aa  106  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.276502  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2220  transcriptional regulator FixK  36.41 
 
 		 224 aa  106  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.552775  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2615  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 244 aa  105  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00240538  normal  0.855877 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4265  transcriptional regulator Anr  31.72 
 
 		 244 aa  104  9e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1603  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 244 aa  104  9e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.138297 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1991  transcriptional activator Anr  29.52 
 
 		 244 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3583  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 244 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3830  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 244 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.525453 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0787  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.44 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6164  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.33 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257657  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2233  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 253 aa  103  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0375344  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0917  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 254 aa  102  4e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44490  transcriptional regulator Anr  29.75 
 
 		 244 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3788  transcriptional regulator Anr  29.75 
 
 		 244 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.620164  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0190  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 242 aa  98.6  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1334  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 242 aa  98.6  7e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1843  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.51 
 
 		 250 aa  98.6  8e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0177159  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0164  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 260 aa  98.2  9e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1016  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 260 aa  98.2  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2604  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 260 aa  98.2  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2747  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 260 aa  98.2  9e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225266  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 260 aa  97.8  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2115  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.26 
 
 		 250 aa  96.3  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.508722  normal  0.0650668 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3927  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 242 aa  96.3  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.729399  hitchhiker  0.00211875 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19910  Fnr-like negative transcriptional regulator of CydAB  28.76 
 
 		 244 aa  95.9  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2014  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.26 
 
 		 250 aa  96.3  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000422436 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4521  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 257 aa  95.1  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0161618  normal  0.0108643 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3865  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 252 aa  95.1  9e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.925805  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4238  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 257 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0460631  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>