More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2699 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2699  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 232 aa  476  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.276502  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 310 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5030  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.68 
 
 		 238 aa  125  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3926  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.68 
 
 		 238 aa  125  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3322  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 262 aa  125  7e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0702622  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0946  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 253 aa  122  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.2 
 
 		 246 aa  118  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  32.8 
 
 		 231 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2786  transcriptional regulator FixK  32.11 
 
 		 229 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0460697  normal  0.11454 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1984  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.312779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6132  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 245 aa  109  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0884478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1357  Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 239 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3505  regulatory protein Crp  33.52 
 
 		 229 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1746  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 236 aa  108  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.753218  normal  0.546792 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3812  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.52 
 
 		 229 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4713  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.18 
 
 		 239 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557049  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2634  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 249 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1377  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1340  transcriptional regulator FixK  31.75 
 
 		 229 aa  106  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.324269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0629  transcriptional regulator FixK  30.81 
 
 		 215 aa  107  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.595222  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4039  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1361  transcriptional regulator FixK  31.75 
 
 		 229 aa  105  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0646149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4729  transcriptional regulator FixK  31.22 
 
 		 230 aa  105  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2457  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 204 aa  104  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.325923  normal  0.600278 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4055  transcriptional regulator FixK  30.62 
 
 		 229 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5746  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 237 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1302  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.54 
 
 		 254 aa  103  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1036  transcriptional regulator FixK  31.22 
 
 		 231 aa  103  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0870  transcriptional regulator FixK  32.73 
 
 		 227 aa  102  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0654  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 248 aa  101  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1557  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.1 
 
 		 250 aa  101  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00717235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1357  cyclic nucleotide-binding  30.49 
 
 		 250 aa  98.6  7e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.395788 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.95 
 
 		 230 aa  98.6  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2975  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 220 aa  98.2  9e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169439  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0647  nitrogen fixation regulation protein fixk  31.98 
 
 		 251 aa  98.2  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1742  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 242 aa  97.1  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.265558 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0532  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 248 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.283437 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0408  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 230 aa  96.3  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0698  Crp-Fnr regulatory protein (FnrL)  28.06 
 
 		 248 aa  96.3  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2353  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 248 aa  96.3  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.139893 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3889  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.13 
 
 		 229 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.128439 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 242 aa  95.1  8e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191538  hitchhiker  0.00387918 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6270  transcriptional regulator FixK  31.35 
 
 		 211 aa  94.4  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.967473  normal  0.128199 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4375  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 268 aa  93.6  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6107  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 227 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0266042 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3858  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 248 aa  90.5  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 231 aa  90.1  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3788  transcriptional regulator Anr  29.32 
 
 		 244 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.620164  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5184  transcriptional regulator FixK  31.43 
 
 		 211 aa  90.1  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.639909 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44490  transcriptional regulator Anr  29.32 
 
 		 244 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2233  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 253 aa  89.7  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0375344  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1752  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.48 
 
 		 250 aa  89.4  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.103124 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1862  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.77 
 
 		 250 aa  89.4  4e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0720375  normal  0.182435 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3266  cyclic nucleotide-binding  30.11 
 
 		 220 aa  88.6  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00116153 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.46 
 
 		 403 aa  88.6  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6927  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 227 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.422372 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3927  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 242 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.729399  hitchhiker  0.00211875 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1147  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  32.57 
 
 		 261 aa  87  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1217  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  32.57 
 
 		 261 aa  87  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1678  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 230 aa  87.4  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.330352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1773  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 263 aa  86.3  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0787  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.69 
 
 		 243 aa  86.3  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4272  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.89 
 
 		 218 aa  86.7  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.71016  normal  0.563993 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19910  Fnr-like negative transcriptional regulator of CydAB  29.84 
 
 		 244 aa  86.3  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0212  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.82 
 
 		 254 aa  86.3  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0606  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 267 aa  85.9  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.149995 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6164  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.53 
 
 		 247 aa  86.3  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257657  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2547  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 246 aa  85.9  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.389339  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3425  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  29.32 
 
 		 244 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0460  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 256 aa  85.5  6e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1273  cAMP-binding protein  29.73 
 
 		 243 aa  85.5  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1944  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.83 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.755264  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2026  transcriptional activator Crp family  29.57 
 
 		 241 aa  84.3  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 249 aa  84.3  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0192  CRP family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 230 aa  84.7  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2293  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.83 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1571  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.34 
 
 		 250 aa  84.3  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.75505  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1833  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.83 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4265  transcriptional regulator Anr  27.32 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2209  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.72 
 
 		 250 aa  84  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00613295  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1603  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.138297 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2212  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.72 
 
 		 250 aa  84  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4495  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.72 
 
 		 250 aa  84  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2222  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.72 
 
 		 250 aa  84  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000942023  normal  0.178468 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02295  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.18 
 
 		 248 aa  83.6  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2162  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.72 
 
 		 250 aa  84  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.914647  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3583  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 244 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3830  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 244 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.525453 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4433  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 224 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0660  transcriptional regulator  26.56 
 
 		 249 aa  83.2  0.000000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3138  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 248 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4871  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.39 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0878  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.29 
 
 		 257 aa  82.8  0.000000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364978  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4486  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 248 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1991  transcriptional activator Anr  29.31 
 
 		 244 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2081  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.34 
 
 		 250 aa  82.4  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0488524  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1811  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 244 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2615  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 244 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00240538  normal  0.855877 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4521  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 257 aa  82  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0161618  normal  0.0108643 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.2 
 
 		 256 aa  81.6  0.000000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0588975 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>