More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4713 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4713  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 239 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557049  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1377  Crp/FNR family transcriptional regulator  92.05 
 
 		 239 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1357  Crp/Fnr family transcriptional regulator  91.63 
 
 		 239 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4039  Crp/FNR family transcriptional regulator  86.61 
 
 		 239 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5746  Crp/FNR family transcriptional regulator  57.08 
 
 		 237 aa  256  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  51.82 
 
 		 246 aa  236  3e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6132  Crp/FNR family transcriptional regulator  52.97 
 
 		 245 aa  236  3e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0884478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0946  Crp/FNR family transcriptional regulator  54.08 
 
 		 253 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3926  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  49.35 
 
 		 238 aa  231  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5030  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  49.35 
 
 		 238 aa  231  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1302  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  51.6 
 
 		 254 aa  228  5e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1357  cyclic nucleotide-binding  48.28 
 
 		 250 aa  216  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.395788 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1557  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  48.28 
 
 		 250 aa  215  5e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00717235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1984  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40 
 
 		 250 aa  153  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.312779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 310 aa  153  2e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0654  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 248 aa  145  4.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0647  nitrogen fixation regulation protein fixk  40.57 
 
 		 251 aa  145  7.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2634  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 249 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6927  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 227 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.422372 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3322  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 262 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0702622  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.6 
 
 		 230 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2975  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 220 aa  136  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169439  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 231 aa  132  3.9999999999999996e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3812  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.18 
 
 		 229 aa  132  6e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3505  regulatory protein Crp  45.18 
 
 		 229 aa  132  6e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6270  transcriptional regulator FixK  39.68 
 
 		 211 aa  132  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.967473  normal  0.128199 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1742  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 242 aa  131  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.265558 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1752  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.26 
 
 		 250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.103124 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  39.33 
 
 		 231 aa  128  8.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0576  CRP/FNR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 235 aa  128  8.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.670039  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2026  transcriptional activator Crp family  33.64 
 
 		 241 aa  127  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0408  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.67 
 
 		 230 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 222 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0660  transcriptional regulator  33.19 
 
 		 249 aa  126  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1746  CRP/FNR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 236 aa  126  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.753218  normal  0.546792 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3277  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 226 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3858  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 248 aa  124  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1678  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 230 aa  123  3e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.330352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3889  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.05 
 
 		 229 aa  122  4e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.128439 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0870  transcriptional regulator FixK  37.25 
 
 		 227 aa  122  4e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2353  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 248 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.139893 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0698  Crp-Fnr regulatory protein (FnrL)  32.58 
 
 		 248 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0532  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 248 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.283437 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6107  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 227 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0266042 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4375  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 268 aa  120  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1361  transcriptional regulator FixK  38.98 
 
 		 229 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0646149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4729  transcriptional regulator FixK  38.98 
 
 		 230 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2360  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.18 
 
 		 240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.948966  hitchhiker  0.00636029 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.7 
 
 		 240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291012 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4055  transcriptional regulator FixK  36.63 
 
 		 229 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1945  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 242 aa  119  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4871  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.37 
 
 		 228 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1823  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.96 
 
 		 234 aa  119  6e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0333657 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1340  transcriptional regulator FixK  38.42 
 
 		 229 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.324269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2786  transcriptional regulator FixK  38.98 
 
 		 229 aa  117  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0460697  normal  0.11454 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3266  cyclic nucleotide-binding  38.6 
 
 		 220 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00116153 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2279  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 258 aa  116  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1850  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 211 aa  115  5e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1036  transcriptional regulator FixK  37.64 
 
 		 231 aa  115  6e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0629  transcriptional regulator FixK  38.42 
 
 		 215 aa  115  6e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.595222  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2457  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.325923  normal  0.600278 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1258  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 241 aa  112  5e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 242 aa  112  5e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191538  hitchhiker  0.00387918 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1273  cAMP-binding protein  35.94 
 
 		 243 aa  112  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0192  CRP family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 230 aa  112  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2061  Crp family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 241 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00300081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2158  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 208 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.198273  normal  0.103025 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2699  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 232 aa  107  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.276502  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5184  transcriptional regulator FixK  39.05 
 
 		 211 aa  106  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.639909 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2615  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 244 aa  105  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00240538  normal  0.855877 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6164  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.38 
 
 		 247 aa  105  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257657  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1811  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2547  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.389339  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3425  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30.9 
 
 		 244 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2220  transcriptional regulator FixK  35.9 
 
 		 224 aa  103  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.552775  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0917  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 254 aa  102  4e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2233  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 253 aa  102  6e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0375344  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3865  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 252 aa  100  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.925805  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4265  transcriptional regulator Anr  31.6 
 
 		 244 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880812  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1991  transcriptional activator Anr  29.44 
 
 		 244 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1603  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 244 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.138297 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0164  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 260 aa  98.2  9e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1016  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 260 aa  98.2  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2747  Crp/Fnr family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 260 aa  98.2  9e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225266  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2604  Crp/Fnr family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 260 aa  98.2  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0190  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 242 aa  98.6  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1334  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 242 aa  98.6  9e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3583  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 244 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3830  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 244 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.525453 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0787  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.03 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  31 
 
 		 260 aa  97.4  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.2 
 
 		 256 aa  96.7  3e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0588975 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3138  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 248 aa  96.7  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0997  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.57 
 
 		 230 aa  96.3  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3788  transcriptional regulator Anr  29.29 
 
 		 244 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.620164  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5122  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 248 aa  95.9  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44490  transcriptional regulator Anr  29.29 
 
 		 244 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5737  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 248 aa  95.9  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4486  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 248 aa  95.5  7e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19910  Fnr-like negative transcriptional regulator of CydAB  29.49 
 
 		 244 aa  95.1  8e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>