More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1258 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1258  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 241 aa  495  1e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2061  Crp family transcriptional regulator  91.29 
 
 		 241 aa  455  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00300081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2026  transcriptional activator Crp family  44.4 
 
 		 241 aa  230  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  47.9 
 
 		 240 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291012 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2360  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  47.03 
 
 		 240 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.948966  hitchhiker  0.00636029 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1678  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 230 aa  183  3e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.330352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1742  CRP/FNR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 242 aa  181  9.000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.265558 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 231 aa  176  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3858  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 248 aa  176  4e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2353  CRP/FNR family transcriptional regulator  37 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.139893 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0698  Crp-Fnr regulatory protein (FnrL)  37 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2547  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 246 aa  159  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.389339  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1945  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 242 aa  159  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0532  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 248 aa  158  9e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.283437 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0660  transcriptional regulator  33.18 
 
 		 249 aa  143  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1984  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.96 
 
 		 250 aa  135  5e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.312779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1850  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 211 aa  129  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5746  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 237 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.59 
 
 		 246 aa  125  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6132  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 245 aa  121  9e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0884478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1357  cyclic nucleotide-binding  34.08 
 
 		 250 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.395788 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1302  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.23 
 
 		 254 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1951  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 263 aa  118  7e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1557  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.63 
 
 		 250 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00717235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1357  Crp/Fnr family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2634  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 249 aa  116  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0654  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 248 aa  115  5e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2572  crpK, Fnr-type transcriptional regulator  28.51 
 
 		 263 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1377  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 239 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1230  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 263 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0946  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 253 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0647  nitrogen fixation regulation protein fixk  29.65 
 
 		 251 aa  112  4.0000000000000004e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4039  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 239 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4713  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.37 
 
 		 239 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557049  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1752  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.89 
 
 		 250 aa  108  6e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.103124 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3322  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 262 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0702622  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2279  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 258 aa  108  9.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5030  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.02 
 
 		 238 aa  105  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3926  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.02 
 
 		 238 aa  105  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 242 aa  102  5e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191538  hitchhiker  0.00387918 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0460  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 256 aa  102  7e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1666  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.72 
 
 		 250 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0506299  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 222 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1283  putative fumarate and nitrate reduction regulatory transcription regulator protein  29 
 
 		 242 aa  97.1  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0516193  normal  0.32826 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2233  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 253 aa  97.4  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0375344  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4486  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 248 aa  96.3  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1170  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 274 aa  95.9  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2037  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 232 aa  95.9  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.441781 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2222  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.32 
 
 		 250 aa  95.5  6e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0665535  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3138  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 		 248 aa  95.1  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0917  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 254 aa  94.7  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2219  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.63 
 
 		 249 aa  94.7  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1773  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 263 aa  93.6  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1843  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.51 
 
 		 250 aa  94  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0177159  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5737  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 		 248 aa  93.2  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1987  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.91 
 
 		 239 aa  93.6  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3345  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 247 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.797997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 		 256 aa  93.6  3e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0588975 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1746  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 236 aa  93.6  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.753218  normal  0.546792 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5122  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 		 248 aa  93.2  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2201  transcriptional regulator  29.11 
 
 		 262 aa  92.8  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.586423 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2034  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.07 
 
 		 232 aa  92.8  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0870  transcriptional regulator FixK  32.2 
 
 		 227 aa  92.8  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44490  transcriptional regulator Anr  28.51 
 
 		 244 aa  92  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3788  transcriptional regulator Anr  28.51 
 
 		 244 aa  92  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.620164  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1204  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28 
 
 		 242 aa  92  8e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2115  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.63 
 
 		 250 aa  91.3  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.508722  normal  0.0650668 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2105  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.82 
 
 		 248 aa  91.7  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0944449  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3775  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 265 aa  91.7  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0787  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.51 
 
 		 243 aa  91.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19910  Fnr-like negative transcriptional regulator of CydAB  28.95 
 
 		 244 aa  91.7  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2014  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.63 
 
 		 250 aa  91.3  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000422436 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2786  transcriptional regulator FixK  34.25 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0460697  normal  0.11454 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1111  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.41 
 
 		 242 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.700786  normal  0.531022 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2356  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.63 
 
 		 254 aa  90.5  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1036  transcriptional regulator FixK  32.54 
 
 		 231 aa  90.5  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3610  hypothetical protein  30.05 
 
 		 231 aa  90.9  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2398  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.38 
 
 		 248 aa  90.5  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2975  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 220 aa  90.9  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169439  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1961  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.19 
 
 		 250 aa  90.5  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00754009 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3214  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 230 aa  90.5  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.939046  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5008  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 		 249 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2311  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.38 
 
 		 250 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.144598  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2293  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.95 
 
 		 250 aa  89.7  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2417  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.75 
 
 		 249 aa  89.7  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0646393  decreased coverage  0.000000159166 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1788  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.38 
 
 		 250 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.765276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5297  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 248 aa  90.1  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1944  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.95 
 
 		 250 aa  89.7  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.755264  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1450  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.38 
 
 		 250 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2291  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.38 
 
 		 250 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1007  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.44 
 
 		 242 aa  90.1  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3505  regulatory protein Crp  34.15 
 
 		 229 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3812  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.15 
 
 		 229 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1833  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.95 
 
 		 250 aa  89.7  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1575  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.38 
 
 		 250 aa  89.7  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1091  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 247 aa  90.1  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.140321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1546  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.38 
 
 		 250 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1340  transcriptional regulator FixK  33.15 
 
 		 229 aa  89.7  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.324269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  31.22 
 
 		 231 aa  89.7  4e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>