168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0034 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_0034  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
219 aa  446  1.0000000000000001e-124  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000350916  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3149  cyclic nucleotide-binding protein  48.61 
 
 
238 aa  238  6.999999999999999e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01090  transcriptional regulator, crp family  47.2 
 
 
224 aa  232  3e-60  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0705  cyclic nucleotide-binding protein  50 
 
 
227 aa  231  8.000000000000001e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1423  cyclic nucleotide-binding protein  46.76 
 
 
222 aa  228  6e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0243241  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0702  cyclic nucleotide-binding protein  50 
 
 
233 aa  226  2e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0213  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.12 
 
 
224 aa  223  2e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2189  hypothetical protein  46.45 
 
 
219 aa  210  2e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0895568  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2221  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.99 
 
 
240 aa  168  7e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.181319  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0741  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.68 
 
 
222 aa  157  1e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.343914  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05960  cAMP-binding protein  35.68 
 
 
215 aa  150  1e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.901982 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0911  cyclic nucleotide-binding protein  34.72 
 
 
226 aa  150  2e-35  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000610478  hitchhiker  0.00000000000000386547 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1360  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.31 
 
 
235 aa  138  6e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990851  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.68 
 
 
225 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000947161  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.62 
 
 
218 aa  112  5e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.07605e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03090  cAMP-binding protein  30.52 
 
 
227 aa  106  3e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0333204  hitchhiker  1.31136e-22 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2531  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.17 
 
 
226 aa  105  8e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2845  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.24 
 
 
226 aa  103  3e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1827  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.77 
 
 
229 aa  99.8  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13660  cAMP-binding protein  29.38 
 
 
249 aa  92  6e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0478  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  29.06 
 
 
216 aa  83.2  0.000000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1162  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
220 aa  79.7  0.00000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1171  cyclic nucleotide-binding protein  22.11 
 
 
226 aa  79.3  0.00000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00521884  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1053  transcriptional regulator, putative  26.05 
 
 
228 aa  74.3  0.000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0216294 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
228 aa  70.1  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3951  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.23 
 
 
220 aa  70.5  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0756  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.11 
 
 
220 aa  67  0.0000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2593  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.19 
 
 
254 aa  66.2  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.296758 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2562  cyclic AMP receptor protein  23.79 
 
 
222 aa  63.5  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.553837  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4660  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
225 aa  61.6  0.000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
225 aa  61.6  0.000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  24.88 
 
 
225 aa  59.7  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.96 
 
 
227 aa  59.3  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
248 aa  58.5  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.49 
 
 
219 aa  58.5  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.27 
 
 
249 aa  58.2  0.00000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1555  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.29 
 
 
230 aa  57.8  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.76 
 
 
232 aa  57.4  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2109  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.24 
 
 
225 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.170093  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1785  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.49 
 
 
225 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0232074  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.64 
 
 
224 aa  57.4  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3444  cyclic nucleotide-binding  24.75 
 
 
250 aa  56.2  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.75 
 
 
226 aa  56.2  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.56 
 
 
236 aa  55.8  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.35 
 
 
225 aa  56.2  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1303  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.74 
 
 
229 aa  55.8  0.0000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.71 
 
 
229 aa  55.5  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.64 
 
 
234 aa  55.5  0.0000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
225 aa  54.3  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0984  Crp-like transcriptional regulator  23.61 
 
 
209 aa  53.9  0.000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.33 
 
 
227 aa  53.1  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0698  Crp-Fnr regulatory protein (FnrL)  23.68 
 
 
248 aa  52  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
228 aa  52.4  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2353  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.68 
 
 
248 aa  52  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.139893 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0532  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.68 
 
 
248 aa  52  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.283437 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2478  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.86 
 
 
249 aa  51.6  0.000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.651433 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1691  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.58 
 
 
232 aa  51.6  0.000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00272653  normal  0.637065 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0463  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.66 
 
 
221 aa  51.2  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.607183  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.36 
 
 
236 aa  51.6  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1286  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.28 
 
 
227 aa  50.8  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.08 
 
 
222 aa  50.4  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.72 
 
 
227 aa  49.7  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0060  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.59 
 
 
234 aa  50.1  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.237094  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.03 
 
 
240 aa  49.7  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00291012 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0629  transcriptional regulator FixK  23.24 
 
 
215 aa  50.1  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.595222  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3331  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.64 
 
 
258 aa  49.7  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3858  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.28 
 
 
248 aa  49.7  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.9 
 
 
236 aa  49.7  0.00004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1632  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.86 
 
 
250 aa  49.3  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0644  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.07 
 
 
243 aa  49.3  0.00004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000386152  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.02 
 
 
239 aa  49.3  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.02 
 
 
224 aa  49.3  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1580  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.35 
 
 
215 aa  48.9  0.00006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.9 
 
 
226 aa  48.9  0.00006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1669  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.96 
 
 
233 aa  48.5  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1012  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.36 
 
 
241 aa  48.5  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.88102  normal  0.736744 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.34 
 
 
239 aa  48.5  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2611  cyclic nucleotide-binding protein  27.47 
 
 
223 aa  48.5  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000894277  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.59 
 
 
241 aa  48.5  0.00009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.85 
 
 
237 aa  48.1  0.00009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0516  putative transcriptional regulator  24.88 
 
 
198 aa  47.8  0.0001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.635671  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0414  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.61 
 
 
252 aa  48.1  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.766284  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.2 
 
 
226 aa  48.1  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2360  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.89 
 
 
240 aa  47.8  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.948966  hitchhiker  0.00636029 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  19.63 
 
 
236 aa  47.8  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  19.63 
 
 
236 aa  48.1  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0357  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.61 
 
 
252 aa  48.1  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
225 aa  47.4  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  28.57 
 
 
225 aa  47  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.29 
 
 
224 aa  47.4  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1473  putative transcriptional regulator  24.39 
 
 
198 aa  47  0.0002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0168255  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2547  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.61 
 
 
246 aa  46.2  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.389339  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1835  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.98 
 
 
250 aa  46.6  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0256984  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1850  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.05 
 
 
211 aa  46.6  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0968  CRP/FNR family transcriptional regulator  21 
 
 
233 aa  46.2  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0436  transcription regulator  28.37 
 
 
214 aa  46.2  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0316636  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1658  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.27 
 
 
222 aa  46.2  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.365354  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.91 
 
 
236 aa  46.2  0.0004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.27 
 
 
222 aa  46.2  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3189  transcriptional regulator  21.35 
 
 
236 aa  46.2  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>