147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_05960 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_05960  cAMP-binding protein  100 
 
 
215 aa  440  1e-123  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.901982 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0213  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.58 
 
 
224 aa  180  2e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01090  transcriptional regulator, crp family  41.43 
 
 
224 aa  175  4e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0741  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.53 
 
 
222 aa  162  2.0000000000000002e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.343914  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3149  cyclic nucleotide-binding protein  38.01 
 
 
238 aa  156  2e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0034  cyclic nucleotide-binding protein  35.68 
 
 
219 aa  144  7.0000000000000006e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000350916  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0705  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 
227 aa  139  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1423  cyclic nucleotide-binding protein  30.81 
 
 
222 aa  133  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0243241  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0702  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 
233 aa  132  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0911  cyclic nucleotide-binding protein  33.49 
 
 
226 aa  129  2.0000000000000002e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000610478  hitchhiker  0.00000000000000386547 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2221  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.58 
 
 
240 aa  126  3e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.181319  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2189  hypothetical protein  30.95 
 
 
219 aa  124  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0895568  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1360  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 
235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.990851  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.88 
 
 
225 aa  109  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000947161  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.5 
 
 
218 aa  102  5e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.07605e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03090  cAMP-binding protein  31.71 
 
 
227 aa  97.8  1e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0333204  hitchhiker  1.31136e-22 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1827  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.43 
 
 
229 aa  91.3  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0478  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  30.58 
 
 
216 aa  85.5  6e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2845  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.49 
 
 
226 aa  79.7  0.00000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2531  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.49 
 
 
226 aa  79.3  0.00000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1171  cyclic nucleotide-binding protein  24.15 
 
 
226 aa  69.7  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00521884  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1580  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.62 
 
 
215 aa  63.2  0.000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.99 
 
 
220 aa  60.8  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.07 
 
 
225 aa  60.5  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.19 
 
 
226 aa  59.7  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13660  cAMP-binding protein  22.05 
 
 
249 aa  59.7  0.00000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.43 
 
 
236 aa  59.7  0.00000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.27 
 
 
228 aa  59.3  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
248 aa  59.3  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.99 
 
 
236 aa  58.9  0.00000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
229 aa  58.5  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1835  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.23 
 
 
250 aa  58.2  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0256984  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1162  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.98 
 
 
220 aa  58.2  0.00000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.83 
 
 
222 aa  58.2  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_003296  RS02297  transcription regulator protein  22.89 
 
 
225 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.419231 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0532  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.19 
 
 
248 aa  56.6  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.283437 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0698  Crp-Fnr regulatory protein (FnrL)  23.72 
 
 
248 aa  55.1  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2353  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.72 
 
 
248 aa  55.1  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.139893 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.27 
 
 
231 aa  55.1  0.0000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2699  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.24 
 
 
232 aa  55.1  0.0000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.276502  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.35 
 
 
241 aa  54.3  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
227 aa  54.3  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
227 aa  54.7  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2229  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
258 aa  53.5  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.173815  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.77 
 
 
236 aa  52.8  0.000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.52 
 
 
226 aa  52.8  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.63 
 
 
224 aa  52.4  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_002950  PG1053  transcriptional regulator, putative  22.75 
 
 
228 aa  52  0.000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0216294 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1062  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.46 
 
 
236 aa  52  0.000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  28.16 
 
 
222 aa  51.6  0.000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.19 
 
 
236 aa  50.8  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  23.27 
 
 
230 aa  50.8  0.00001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4053  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.32 
 
 
211 aa  51.6  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.48 
 
 
227 aa  50.8  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.18 
 
 
230 aa  50.8  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.06 
 
 
232 aa  50.8  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0555  anti-sigma-factor antagonist  33.72 
 
 
601 aa  50.1  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.7 
 
 
236 aa  50.1  0.00003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4234  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.24 
 
 
248 aa  49.7  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.48 
 
 
231 aa  49.3  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3951  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.37 
 
 
220 aa  49.7  0.00004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0660  transcriptional regulator  22.92 
 
 
249 aa  49.3  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3275  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.92 
 
 
195 aa  49.3  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0513046  hitchhiker  0.00943034 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3858  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.93 
 
 
248 aa  49.3  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.04 
 
 
229 aa  48.9  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.88 
 
 
238 aa  48.9  0.00006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.11 
 
 
231 aa  48.9  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.04 
 
 
246 aa  48.9  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2562  cyclic AMP receptor protein  24.43 
 
 
222 aa  48.5  0.00007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.553837  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0528  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.06 
 
 
244 aa  48.9  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.08 
 
 
236 aa  48.5  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  23.16 
 
 
224 aa  48.1  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4894  cyclic nucleotide-regulated FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  32.35 
 
 
588 aa  47.8  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0608959 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2478  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.17 
 
 
249 aa  48.1  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.651433 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1945  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.98 
 
 
242 aa  48.1  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0257  transcriptional regulator NnrR  21.86 
 
 
232 aa  47.4  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
227 aa  46.6  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3214  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.74 
 
 
230 aa  46.2  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.939046  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1678  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.33 
 
 
230 aa  46.2  0.0004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.330352  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2323  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.54 
 
 
233 aa  46.2  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00053006  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4265  cyclic nucleotide-regulated FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  30.19 
 
 
567 aa  46.2  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4495  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  21.11 
 
 
250 aa  45.8  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2209  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  21.11 
 
 
250 aa  45.8  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00613295  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.44 
 
 
310 aa  45.8  0.0005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2162  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  21.11 
 
 
250 aa  45.8  0.0005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.914647  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2212  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  21.11 
 
 
250 aa  45.8  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2222  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  21.11 
 
 
250 aa  45.8  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000942023  normal  0.178468 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  20.18 
 
 
225 aa  45.4  0.0006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2061  Crp family transcriptional regulator  23.85 
 
 
241 aa  45.4  0.0006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00300081  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0281  transcriptional regulator NnrR  21.4 
 
 
232 aa  45.4  0.0007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.43 
 
 
249 aa  45.4  0.0007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.83 
 
 
225 aa  45.1  0.0007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4014  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.02 
 
 
233 aa  45.4  0.0007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2547  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.6 
 
 
246 aa  45.1  0.0008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.389339  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2611  cyclic nucleotide-binding protein  21.96 
 
 
223 aa  45.1  0.0009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000894277  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.11 
 
 
230 aa  45.1  0.0009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0079  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.58 
 
 
225 aa  44.7  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.849443  normal  0.162256 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2165  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.11 
 
 
230 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.58 
 
 
227 aa  44.3  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.54 
 
 
236 aa  44.3  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>