More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_4053 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_4053  CRP/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
211 aa  440  1e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1583  CRP/FNR family transcriptional regulator  42.35 
 
 
198 aa  159  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.547464  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0691  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.06 
 
 
214 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.275069  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3275  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.41 
 
 
195 aa  138  6e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0513046  hitchhiker  0.00943034 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1849  cyclic nucleotide-binding  33.33 
 
 
195 aa  107  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00134256  normal  0.103049 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
249 aa  95.1  6e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.93 
 
 
226 aa  85.1  7e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.79 
 
 
239 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1992  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.7 
 
 
226 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.103472  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.89 
 
 
225 aa  82.8  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.28 
 
 
226 aa  82  0.000000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
227 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.51 
 
 
243 aa  80.9  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.53 
 
 
231 aa  80.5  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3066  cyclic nucleotide-binding  27.27 
 
 
240 aa  79.3  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  29.52 
 
 
352 aa  79  0.00000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
240 aa  78.2  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.4 
 
 
225 aa  76.6  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2606  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.12 
 
 
253 aa  76.6  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.193309  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1062  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
236 aa  75.5  0.0000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3214  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.78 
 
 
230 aa  75.1  0.0000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.939046  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6822  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.95 
 
 
239 aa  74.7  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
236 aa  74.7  0.0000000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.75 
 
 
231 aa  74.3  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2417  cyclic nucleotide-binding protein  19.89 
 
 
250 aa  73.6  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.034588  normal  0.0382931 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.49 
 
 
234 aa  73.2  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.98 
 
 
231 aa  73.2  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.98 
 
 
231 aa  73.2  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2812  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.14 
 
 
243 aa  72.8  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0257  transcriptional regulator NnrR  22.22 
 
 
232 aa  73.2  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2478  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.77 
 
 
249 aa  73.2  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.651433 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2616  cyclic nucleotide-binding protein  29.9 
 
 
219 aa  72.8  0.000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0281  transcriptional regulator NnrR  22.22 
 
 
232 aa  72.8  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4550  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  24.46 
 
 
238 aa  72.8  0.000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2750  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.09 
 
 
222 aa  72.4  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000000354449  normal  0.602467 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4381  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.98 
 
 
231 aa  72  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.1 
 
 
224 aa  72  0.000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  24.55 
 
 
226 aa  71.6  0.000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.23 
 
 
246 aa  71.6  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  26.11 
 
 
243 aa  71.2  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5204  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.53 
 
 
261 aa  71.6  0.000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.26828 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  28.81 
 
 
212 aa  71.2  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.29 
 
 
257 aa  70.9  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2323  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.82 
 
 
233 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00053006  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4234  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.6 
 
 
248 aa  70.9  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.4 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.4 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  28.4 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1984  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.24 
 
 
250 aa  70.5  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.312779  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  28.4 
 
 
210 aa  70.1  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  28.4 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  28.4 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  28.4 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  28.4 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.04 
 
 
231 aa  70.1  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  28.4 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  28.4 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  28.4 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  28.4 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  28.4 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  28.4 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  28.4 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3150  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.62 
 
 
252 aa  69.7  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.89 
 
 
235 aa  69.7  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  29.87 
 
 
214 aa  69.7  0.00000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  28.4 
 
 
210 aa  69.7  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  25.6 
 
 
224 aa  69.7  0.00000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  27.81 
 
 
210 aa  69.3  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  28.4 
 
 
210 aa  69.3  0.00000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  28.4 
 
 
210 aa  69.3  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  27.27 
 
 
211 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  25.57 
 
 
236 aa  69.3  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  28.4 
 
 
210 aa  69.3  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  28.4 
 
 
210 aa  69.3  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  27.27 
 
 
211 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  27.27 
 
 
211 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  27.27 
 
 
211 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  27.27 
 
 
211 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000433673  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3114  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.14 
 
 
232 aa  68.9  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  27.27 
 
 
211 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  26.7 
 
 
211 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  27.81 
 
 
210 aa  68.9  0.00000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  28 
 
 
210 aa  68.9  0.00000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0618  cAMP-regulatory protein  27.27 
 
 
211 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000475791  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3412  cAMP-regulatory protein  27.27 
 
 
211 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000398691  normal  0.338767 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.42 
 
 
310 aa  68.9  0.00000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6723  putative cyclic-AMP receptor-like protein  25.27 
 
 
235 aa  68.9  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.823634  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0617  cAMP-regulatory protein  27.27 
 
 
211 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000135204  normal  0.325091 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  26.7 
 
 
211 aa  68.6  0.00000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.51 
 
 
225 aa  68.6  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2034  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  26.97 
 
 
232 aa  68.6  0.00000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3189  transcriptional regulator  23.22 
 
 
236 aa  68.6  0.00000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  26.7 
 
 
211 aa  68.6  0.00000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  27.81 
 
 
210 aa  68.6  0.00000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.71 
 
 
354 aa  68.2  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.67 
 
 
224 aa  68.2  0.00000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1010  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.96 
 
 
257 aa  68.2  0.00000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.7 
 
 
226 aa  68.2  0.00000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5556  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.74 
 
 
352 aa  68.2  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487576  normal  0.0420739 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3583  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.59 
 
 
225 aa  67.8  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>