More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3720 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3720  diguanylate cyclase  100 
 
 		 320 aa  633  1e-180  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.108188 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2064  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 335 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.325381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0410  sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  43.27 
 
 		 335 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.294866  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2333  diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 339 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.409469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2814  hypothetical protein  36.92 
 
 		 346 aa  160  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.10848 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2169  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 340 aa  160  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.867959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3126  diguanylate cyclase  37.62 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.45065  normal  0.164882 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  42.77 
 
 		 355 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  41.8 
 
 		 609 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  41.8 
 
 		 709 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 501 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  39.53 
 
 		 323 aa  115  7.999999999999999e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.5 
 
 		 557 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 495 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  42.94 
 
 		 529 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1986  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 252 aa  114  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  39.5 
 
 		 506 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 298 aa  112  9e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 354 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 243 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 420 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 351 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 502 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 574 aa  110  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.66 
 
 		 668 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.66 
 
 		 668 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.15 
 
 		 763 aa  109  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.489481  normal  0.0897813 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 574 aa  109  5e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0416  hypothetical protein  38.41 
 
 		 356 aa  109  6e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 516 aa  109  6e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 611 aa  109  7.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  40 
 
 		 448 aa  108  8.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  39.88 
 
 		 368 aa  109  8.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 267 aa  108  9.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.44 
 
 		 628 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 322 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  40.96 
 
 		 634 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  31.58 
 
 		 458 aa  108  1e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 339 aa  108  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  34.55 
 
 		 493 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 514 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 544 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.43 
 
 		 1079 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0912  hypothetical protein  37.57 
 
 		 377 aa  107  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  35.57 
 
 		 638 aa  108  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  41.52 
 
 		 568 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 366 aa  108  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 280 aa  108  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  38.59 
 
 		 381 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1949  sensory box protein  36.59 
 
 		 654 aa  107  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 518 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 518 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 523 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 935 aa  107  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  33.16 
 
 		 458 aa  107  3e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 518 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.83 
 
 		 708 aa  106  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 518 aa  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 506 aa  106  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  39.76 
 
 		 489 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  39.76 
 
 		 489 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 540 aa  107  4e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 518 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  34.57 
 
 		 518 aa  106  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  39.46 
 
 		 318 aa  107  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  39.76 
 
 		 499 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 381 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 499 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  39.76 
 
 		 499 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 493 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3301  hypothetical protein  43.09 
 
 		 751 aa  107  4e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.793369  normal  0.543821 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  40.46 
 
 		 1637 aa  106  5e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  39.76 
 
 		 484 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  33.17 
 
 		 620 aa  106  5e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  36.73 
 
 		 355 aa  106  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3958  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 349 aa  106  5e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0131917  normal  0.325854 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 555 aa  106  5e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 324 aa  106  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0440  hypothetical protein  36.59 
 
 		 356 aa  106  6e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7783  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 592 aa  106  7e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.466824 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1132  cellulose synthesis regulatory protein  41.42 
 
 		 570 aa  105  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2204  cellulose synthesis regulatory protein  41.42 
 
 		 570 aa  105  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.315572  normal  0.912149 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 507 aa  105  7e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1253  cellulose synthesis regulatory protein  41.42 
 
 		 570 aa  105  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.839594 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.46 
 
 		 728 aa  105  7e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2146  cellulose synthesis regulatory protein  41.42 
 
 		 570 aa  105  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.256949  normal  0.163286 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  38.8 
 
 		 457 aa  105  7e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2150  cellulose synthesis regulatory protein  41.42 
 
 		 570 aa  106  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297138  normal  0.0131316 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0587  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.44 
 
 		 1062 aa  105  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 569 aa  105  8e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  39.16 
 
 		 506 aa  105  8e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 491 aa  105  8e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 316 aa  105  8e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 523 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 551 aa  105  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 360 aa  105  9e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 493 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00967  Putative signal protein with GGDEF domain  41.94 
 
 		 990 aa  105  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0579558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>