More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4211 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4211  RND efflux transporter  100 
 
 
470 aa  918    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3783  RND efflux system outer membrane lipoprotein  74.15 
 
 
471 aa  653    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3535  RND efflux system outer membrane lipoprotein  71.55 
 
 
467 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.908198 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1855  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  60.04 
 
 
464 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.859631  normal  0.291675 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33750  putative outer membrane protein precursor  59.61 
 
 
474 aa  488  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0658035  hitchhiker  0.0026818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2869  outer membrane protein  60.44 
 
 
474 aa  485  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1683  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.11 
 
 
479 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2158  outer membrane efflux protein  53.79 
 
 
467 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00293127  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1968  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  54.9 
 
 
462 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.840689 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3284  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.47 
 
 
484 aa  301  1e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.750948  normal  0.639167 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.08 
 
 
482 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.24 
 
 
484 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.39 
 
 
482 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2066  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.39 
 
 
494 aa  276  8e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2841  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.16 
 
 
482 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114938  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3931  multidrug efflux system outer membrane subunit  36.72 
 
 
507 aa  266  5e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.436202 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.04 
 
 
494 aa  264  3e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.64 
 
 
470 aa  259  8e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.78 
 
 
499 aa  249  1e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.869969  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3525  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.22 
 
 
471 aa  240  5e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.39 
 
 
460 aa  238  2e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.23 
 
 
531 aa  231  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.691413  normal  0.979015 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1341  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.82 
 
 
477 aa  231  3e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.432715  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3723  putative outer membrane protein  40.41 
 
 
480 aa  228  2e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1793  outer membrane efflux protein  34.6 
 
 
463 aa  224  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.314198  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0395  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.05 
 
 
464 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0834  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  35.28 
 
 
460 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0925  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  35.28 
 
 
460 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2184  outer membrane efflux protein  35.28 
 
 
460 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  32.99 
 
 
569 aa  218  2e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.12 
 
 
496 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.12 
 
 
496 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.12 
 
 
486 aa  208  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.1 
 
 
504 aa  206  5e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.47 
 
 
486 aa  206  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.77 
 
 
474 aa  205  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.19 
 
 
496 aa  202  7e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.96 
 
 
477 aa  202  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  34.53 
 
 
486 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.7 
 
 
478 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.66 
 
 
496 aa  202  1.9999999999999998e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.14 
 
 
489 aa  201  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.32 
 
 
495 aa  200  3.9999999999999996e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1600  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.78 
 
 
483 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.375157 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0136  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.01 
 
 
502 aa  199  6e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4769  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.29 
 
 
485 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.482827  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.98 
 
 
486 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.34 
 
 
483 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.47 
 
 
484 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  34.59 
 
 
520 aa  197  3e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2218  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.42 
 
 
432 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.2 
 
 
495 aa  197  5.000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.6 
 
 
464 aa  196  8.000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  34.18 
 
 
479 aa  196  9e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.1 
 
 
484 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.75 
 
 
482 aa  196  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1624  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
486 aa  195  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.26 
 
 
486 aa  195  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.804634  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.39 
 
 
461 aa  193  4e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0289  outer membrane protein OmpK  31.97 
 
 
474 aa  193  5e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.63 
 
 
472 aa  193  7e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.07 
 
 
470 aa  192  9e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.51 
 
 
477 aa  192  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  34.03 
 
 
479 aa  192  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.63 
 
 
483 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1949  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.57 
 
 
459 aa  191  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  33.47 
 
 
479 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.93 
 
 
477 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.91 
 
 
492 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  32.86 
 
 
486 aa  190  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1545  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.95 
 
 
485 aa  190  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.355658 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2869  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.15 
 
 
480 aa  190  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.451085  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.14 
 
 
517 aa  189  8e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000173561 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1522  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.95 
 
 
485 aa  189  9e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  33.85 
 
 
503 aa  189  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.7 
 
 
483 aa  188  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.07 
 
 
471 aa  188  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.43 
 
 
501 aa  187  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.039626  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.58 
 
 
481 aa  187  4e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2315  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.12 
 
 
461 aa  186  6e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.44899 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  33.84 
 
 
512 aa  186  9e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.48 
 
 
489 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  32.91 
 
 
485 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51570  multidrug efflux pump RND-family outer membrane protein  31.77 
 
 
505 aa  185  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0329698  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.36 
 
 
484 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3271  outer membrane efflux protein OprA  32.88 
 
 
467 aa  184  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5418  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.62 
 
 
463 aa  184  3e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  32.7 
 
 
485 aa  184  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.92 
 
 
499 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.13 
 
 
472 aa  183  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.83 
 
 
501 aa  183  6e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3925  multidrug efflux system protein  33.25 
 
 
499 aa  183  6e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000707781  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.4 
 
 
510 aa  183  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3497  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.17 
 
 
470 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2443  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.02 
 
 
544 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167735  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0710  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.47 
 
 
515 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437206  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2963  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  32.66 
 
 
487 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4652  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.99 
 
 
464 aa  182  9.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.964655 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.29 
 
 
511 aa  182  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0566  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.47 
 
 
521 aa  182  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>