More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3601 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_3601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 
499 aa  989    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.869969  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  62.95 
 
 
470 aa  534  1e-150  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  53.53 
 
 
482 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  56.3 
 
 
484 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2066  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  55.03 
 
 
494 aa  471  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  54.39 
 
 
482 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3931  multidrug efflux system outer membrane subunit  53.21 
 
 
507 aa  464  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.436202 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2841  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  53.7 
 
 
482 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114938  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  55.29 
 
 
494 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.93 
 
 
531 aa  402  1e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.691413  normal  0.979015 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0136  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.51 
 
 
502 aa  291  2e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1683  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.55 
 
 
479 aa  272  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2869  outer membrane protein  36.87 
 
 
474 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3783  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.69 
 
 
471 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33750  putative outer membrane protein precursor  37.22 
 
 
474 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0658035  hitchhiker  0.0026818 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.01 
 
 
496 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.01 
 
 
496 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3535  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.69 
 
 
467 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.908198 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1855  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.54 
 
 
464 aa  246  8e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.859631  normal  0.291675 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.1 
 
 
504 aa  246  8e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2158  outer membrane efflux protein  34.15 
 
 
467 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00293127  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1968  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.78 
 
 
462 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.840689 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3723  putative outer membrane protein  37.67 
 
 
480 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3284  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.47 
 
 
484 aa  243  6e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.750948  normal  0.639167 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.64 
 
 
496 aa  243  7.999999999999999e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.11 
 
 
460 aa  240  5e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4211  RND efflux transporter  37.78 
 
 
470 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3525  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.52 
 
 
471 aa  234  3e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.41 
 
 
496 aa  230  4e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.51 
 
 
477 aa  227  3e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  32.24 
 
 
512 aa  223  7e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  32.07 
 
 
504 aa  222  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.23 
 
 
461 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.93 
 
 
481 aa  219  7.999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.14 
 
 
489 aa  219  8.999999999999998e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.57 
 
 
464 aa  218  2e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.01 
 
 
509 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  32.56 
 
 
503 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.91 
 
 
486 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1341  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.49 
 
 
477 aa  213  7e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.432715  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.94 
 
 
497 aa  212  1e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.63 
 
 
483 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.3 
 
 
518 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.55 
 
 
475 aa  211  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  31.57 
 
 
497 aa  211  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  34.39 
 
 
485 aa  209  8e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0309  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.76 
 
 
531 aa  209  9e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  34.18 
 
 
485 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  32.91 
 
 
479 aa  205  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1949  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.1 
 
 
459 aa  204  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.57 
 
 
483 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.05 
 
 
478 aa  204  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.91 
 
 
500 aa  203  5e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.54 
 
 
461 aa  203  6e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0690  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.93 
 
 
474 aa  202  9e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.45 
 
 
484 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  31.52 
 
 
479 aa  201  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.24 
 
 
484 aa  200  5e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.8 
 
 
472 aa  200  6e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.09 
 
 
525 aa  199  7e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0079  hypothetical protein  30.33 
 
 
479 aa  199  1.0000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  28 
 
 
479 aa  199  1.0000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  28 
 
 
489 aa  198  1.0000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.13 
 
 
501 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  34.97 
 
 
492 aa  198  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.08 
 
 
495 aa  197  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.12 
 
 
483 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  30.68 
 
 
486 aa  197  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.67 
 
 
512 aa  196  6e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.38 
 
 
513 aa  196  7e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3925  multidrug efflux system protein  33.11 
 
 
499 aa  196  8.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000707781  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.78 
 
 
485 aa  195  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2443  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.43 
 
 
544 aa  195  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167735  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5328  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZneC  31.6 
 
 
511 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.998587  normal  0.685908 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4027  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.62 
 
 
467 aa  194  3e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.296212  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.65 
 
 
472 aa  194  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3747  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.22 
 
 
514 aa  194  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846743  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3424  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.75 
 
 
514 aa  193  8e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.49 
 
 
505 aa  192  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.12 
 
 
515 aa  192  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0569  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.35 
 
 
486 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20716  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  31.33 
 
 
569 aa  191  2e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1600  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.54 
 
 
483 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.375157 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1456  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.29 
 
 
480 aa  191  2e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000857275 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0567  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.52 
 
 
483 aa  191  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.3 
 
 
519 aa  191  2.9999999999999997e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1614  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.75 
 
 
487 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0245631 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1891  outer membrane efflux protein OprA  34.1 
 
 
513 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.271004  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.26 
 
 
489 aa  191  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.06 
 
 
504 aa  190  4e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4769  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.68 
 
 
485 aa  190  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.482827  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.85 
 
 
486 aa  191  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.804634  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1624  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.85 
 
 
486 aa  191  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3369  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.48 
 
 
489 aa  190  5e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.413443  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.2 
 
 
482 aa  190  5.999999999999999e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3490  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
503 aa  189  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.350691 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.26 
 
 
516 aa  190  7e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.32 
 
 
477 aa  189  8e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1545  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.54 
 
 
485 aa  189  8e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.355658 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32 
 
 
474 aa  189  9e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>