More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3535 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_3535  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
467 aa  922    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.908198 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3783  RND efflux system outer membrane lipoprotein  81.66 
 
 
471 aa  724    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4211  RND efflux transporter  71.55 
 
 
470 aa  554  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1855  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  61.11 
 
 
464 aa  508  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.859631  normal  0.291675 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33750  putative outer membrane protein precursor  61 
 
 
474 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0658035  hitchhiker  0.0026818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2869  outer membrane protein  61.16 
 
 
474 aa  487  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1968  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  59.35 
 
 
462 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.840689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1683  RND efflux system outer membrane lipoprotein  59.38 
 
 
479 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2158  outer membrane efflux protein  59.24 
 
 
467 aa  479  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00293127  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3284  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.87 
 
 
484 aa  317  2e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.750948  normal  0.639167 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.95 
 
 
482 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.07 
 
 
482 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2841  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.09 
 
 
482 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114938  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.83 
 
 
484 aa  274  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3931  multidrug efflux system outer membrane subunit  38.12 
 
 
507 aa  264  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.436202 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2066  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.14 
 
 
494 aa  264  2e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.41 
 
 
494 aa  263  6e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.61 
 
 
499 aa  259  5.0000000000000005e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.869969  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.92 
 
 
470 aa  259  9e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3525  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.14 
 
 
471 aa  250  5e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.13 
 
 
460 aa  245  9.999999999999999e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1341  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.66 
 
 
477 aa  243  7.999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.432715  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.47 
 
 
531 aa  235  1.0000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.691413  normal  0.979015 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3723  putative outer membrane protein  40.41 
 
 
480 aa  224  2e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.29 
 
 
483 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.07 
 
 
484 aa  213  7e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0395  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.55 
 
 
464 aa  212  9e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1793  outer membrane efflux protein  35.27 
 
 
463 aa  211  3e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.314198  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  34.42 
 
 
569 aa  210  4e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.85 
 
 
484 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.49 
 
 
483 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.02 
 
 
504 aa  204  2e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.41 
 
 
489 aa  203  6e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.85 
 
 
481 aa  201  3e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.9 
 
 
496 aa  200  6e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.41 
 
 
461 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  33.97 
 
 
479 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
496 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2218  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.79 
 
 
432 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
496 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0834  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  34.27 
 
 
460 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0925  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  34.27 
 
 
460 aa  196  6e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.93 
 
 
495 aa  196  7e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.76 
 
 
495 aa  196  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2184  outer membrane efflux protein  34.5 
 
 
460 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  33.76 
 
 
479 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.14 
 
 
486 aa  195  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0289  outer membrane protein OmpK  32.21 
 
 
474 aa  194  3e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.68 
 
 
485 aa  194  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.57 
 
 
477 aa  194  3e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.77 
 
 
496 aa  194  4e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5418  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.55 
 
 
463 aa  193  5e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.05 
 
 
474 aa  193  6e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02156  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  33.19 
 
 
483 aa  193  7e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.910807 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  34.16 
 
 
512 aa  192  8e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2178  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.9 
 
 
479 aa  192  1e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  31.43 
 
 
504 aa  191  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4652  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.91 
 
 
464 aa  191  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.964655 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1949  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.15 
 
 
459 aa  191  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.21 
 
 
472 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.83 
 
 
478 aa  190  5e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.77 
 
 
492 aa  188  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.24 
 
 
497 aa  187  4e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0166  outer membrane channel lipoprotein  35.41 
 
 
480 aa  187  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00297145  normal  0.496674 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.79 
 
 
464 aa  187  5e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.58 
 
 
501 aa  186  7e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2315  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.06 
 
 
461 aa  186  8e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.44899 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.39 
 
 
483 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0136  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.75 
 
 
502 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  35.75 
 
 
470 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.05 
 
 
486 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.91 
 
 
471 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.32 
 
 
500 aa  184  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.22 
 
 
525 aa  184  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2869  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.77 
 
 
480 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.451085  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6990  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.37 
 
 
479 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0598431  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0169  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.23 
 
 
493 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204876 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4769  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.38 
 
 
485 aa  183  6e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.482827  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  34.64 
 
 
511 aa  183  6e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.14 
 
 
475 aa  183  7e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5965  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.14 
 
 
475 aa  183  7e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.037067 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31 
 
 
499 aa  183  7e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.76 
 
 
482 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.18 
 
 
521 aa  182  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.07 
 
 
486 aa  182  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.01 
 
 
510 aa  182  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  30.79 
 
 
497 aa  182  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2367  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.26 
 
 
474 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.73 
 
 
505 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6465  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.19 
 
 
475 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0283455 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.02 
 
 
507 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  32.05 
 
 
486 aa  181  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2695  outer membrane efflux protein  31.21 
 
 
512 aa  180  4e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.57 
 
 
472 aa  180  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  33.55 
 
 
479 aa  180  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  32.05 
 
 
520 aa  180  4.999999999999999e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4472  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.73 
 
 
476 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.621832  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3633  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.73 
 
 
476 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.72 
 
 
459 aa  180  4.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.841968 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3894  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.73 
 
 
476 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>