More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1968 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2158  outer membrane efflux protein  89.61 
 
 
467 aa  812    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00293127  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1968  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 
462 aa  923    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.840689 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1855  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  65.09 
 
 
464 aa  551  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.859631  normal  0.291675 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33750  putative outer membrane protein precursor  59.35 
 
 
474 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0658035  hitchhiker  0.0026818 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1683  RND efflux system outer membrane lipoprotein  62.44 
 
 
479 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2869  outer membrane protein  58.93 
 
 
474 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3783  RND efflux system outer membrane lipoprotein  56.77 
 
 
471 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3535  RND efflux system outer membrane lipoprotein  59.35 
 
 
467 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.908198 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4211  RND efflux transporter  55.28 
 
 
470 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3284  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.02 
 
 
484 aa  321  1.9999999999999998e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.750948  normal  0.639167 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.24 
 
 
482 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.82 
 
 
482 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2841  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.58 
 
 
482 aa  257  3e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114938  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.69 
 
 
470 aa  251  2e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.02 
 
 
484 aa  247  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3931  multidrug efflux system outer membrane subunit  35.19 
 
 
507 aa  246  9e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.436202 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2066  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.44 
 
 
494 aa  244  3e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.34 
 
 
531 aa  241  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.691413  normal  0.979015 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3525  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.71 
 
 
471 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.78 
 
 
499 aa  234  4.0000000000000004e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.869969  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.45 
 
 
494 aa  233  6e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.2 
 
 
460 aa  228  2e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3723  putative outer membrane protein  39.68 
 
 
480 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1793  outer membrane efflux protein  34.45 
 
 
463 aa  206  6e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.314198  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1341  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.75 
 
 
477 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.432715  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.09 
 
 
486 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.84 
 
 
461 aa  195  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.88 
 
 
477 aa  192  1e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.02 
 
 
496 aa  192  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.14 
 
 
504 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0395  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.89 
 
 
464 aa  190  5e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.63 
 
 
495 aa  189  9e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.52 
 
 
496 aa  187  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.52 
 
 
496 aa  187  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.83 
 
 
489 aa  187  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0925  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  33.73 
 
 
460 aa  187  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0834  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  33.73 
 
 
460 aa  187  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.33 
 
 
510 aa  187  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.75 
 
 
507 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.45 
 
 
525 aa  186  7e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.865648 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.28 
 
 
505 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2184  outer membrane efflux protein  33.41 
 
 
460 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.13 
 
 
481 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0710  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.75 
 
 
515 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437206  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.42 
 
 
496 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0136  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.54 
 
 
502 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2607  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.54 
 
 
507 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1997  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.54 
 
 
507 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0794932  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0289  outer membrane protein OmpK  31.89 
 
 
474 aa  182  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.47 
 
 
507 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5839  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.37 
 
 
508 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0530876  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6206  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.37 
 
 
508 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00238233 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  31.94 
 
 
520 aa  181  4e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2654  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.68 
 
 
507 aa  181  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354944  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2527  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.68 
 
 
507 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1949  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.79 
 
 
459 aa  179  7e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.09 
 
 
508 aa  179  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0229467  normal  0.0582449 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  31.06 
 
 
485 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.57 
 
 
486 aa  177  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.47 
 
 
507 aa  177  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.491395 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  30.93 
 
 
497 aa  177  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  29.48 
 
 
569 aa  176  8e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  30.85 
 
 
485 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.58 
 
 
500 aa  176  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2178  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.83 
 
 
479 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2447  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.94 
 
 
514 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.79 
 
 
482 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0060  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.94 
 
 
514 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0428433  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1377  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.55 
 
 
456 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2218  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.27 
 
 
432 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0381  outer membrane efflux protein OprB  30.94 
 
 
553 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0317  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.94 
 
 
514 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.34053  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.78 
 
 
499 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0612  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.94 
 
 
514 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.904611  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1046  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.94 
 
 
512 aa  173  5e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0033  outer membrane efflux protein OprB  30.94 
 
 
512 aa  173  5e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1203  outer membrane efflux protein OprB  30.94 
 
 
512 aa  173  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.21076  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  31.45 
 
 
503 aa  173  5e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  28.21 
 
 
486 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.22 
 
 
472 aa  173  6.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.52 
 
 
477 aa  172  9e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.99 
 
 
470 aa  172  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.85 
 
 
509 aa  172  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.67 
 
 
482 aa  171  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.774787 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  32.44 
 
 
470 aa  172  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.98 
 
 
500 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1286  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.7 
 
 
543 aa  170  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.556611  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.7 
 
 
519 aa  170  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.323921  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.74 
 
 
495 aa  170  5e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.24 
 
 
501 aa  170  6e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.25 
 
 
501 aa  168  1e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.039626  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1499  outer membrane efflux protein OprB  30.46 
 
 
512 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.112473  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0080  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.46 
 
 
551 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.85 
 
 
486 aa  169  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2695  outer membrane efflux protein  29.21 
 
 
512 aa  168  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0856  outer membrane efflux protein OprB  30.46 
 
 
514 aa  168  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1582  outer membrane efflux protein OprB  30.46 
 
 
512 aa  168  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1020  outer membrane efflux protein  30.46 
 
 
514 aa  168  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.224609  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.76 
 
 
495 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0861  outer membrane efflux protein OprB  30.46 
 
 
514 aa  168  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.89354  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>