More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2066 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  83 
 
 
494 aa  785    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3931  multidrug efflux system outer membrane subunit  75.86 
 
 
507 aa  699    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.436202 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  76.88 
 
 
482 aa  715    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  79.88 
 
 
484 aa  736    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  77.62 
 
 
482 aa  720    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2066  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 
494 aa  983    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2841  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  76.57 
 
 
482 aa  688    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114938  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  55.46 
 
 
499 aa  457  1e-127  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.869969  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.33 
 
 
470 aa  404  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.13 
 
 
531 aa  401  9.999999999999999e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.691413  normal  0.979015 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0136  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.8 
 
 
502 aa  284  3.0000000000000004e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1683  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.04 
 
 
479 aa  274  3e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2869  outer membrane protein  39.24 
 
 
474 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33750  putative outer membrane protein precursor  39.37 
 
 
474 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0658035  hitchhiker  0.0026818 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3783  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.92 
 
 
471 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.11 
 
 
460 aa  261  3e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1855  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.3 
 
 
464 aa  257  4e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.859631  normal  0.291675 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.76 
 
 
496 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.76 
 
 
496 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2158  outer membrane efflux protein  36.43 
 
 
467 aa  251  3e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00293127  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3723  putative outer membrane protein  38.32 
 
 
480 aa  249  1e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4211  RND efflux transporter  39.22 
 
 
470 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1968  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.65 
 
 
462 aa  244  3e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.840689 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3535  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.86 
 
 
467 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.908198 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3525  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.94 
 
 
471 aa  243  6e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  35.59 
 
 
479 aa  243  7.999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.14 
 
 
464 aa  240  4e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3284  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.71 
 
 
484 aa  240  5e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.750948  normal  0.639167 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  34.11 
 
 
479 aa  236  8e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
496 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.23 
 
 
496 aa  233  8.000000000000001e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  34.14 
 
 
512 aa  231  2e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.91 
 
 
519 aa  229  8e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.03 
 
 
481 aa  229  9e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.02 
 
 
513 aa  228  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.01 
 
 
461 aa  228  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.06 
 
 
515 aa  227  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  32.98 
 
 
503 aa  226  6e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.92 
 
 
497 aa  226  7e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.94 
 
 
512 aa  225  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.08 
 
 
483 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.9 
 
 
484 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.15 
 
 
477 aa  221  3e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.42 
 
 
483 aa  220  5e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.6 
 
 
489 aa  220  6e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.9 
 
 
484 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  29.11 
 
 
479 aa  218  2e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  29.11 
 
 
489 aa  218  2e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.05 
 
 
486 aa  218  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.64 
 
 
501 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  32.51 
 
 
569 aa  216  5e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.72 
 
 
471 aa  216  7e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.33 
 
 
504 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0309  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.06 
 
 
531 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.12 
 
 
504 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  33.96 
 
 
479 aa  213  9e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.19 
 
 
472 aa  212  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1341  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.57 
 
 
477 aa  212  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.432715  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.48 
 
 
532 aa  211  3e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.41 
 
 
472 aa  210  5e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.48 
 
 
525 aa  209  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  34.57 
 
 
479 aa  209  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.78 
 
 
499 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.81 
 
 
509 aa  208  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2218  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.03 
 
 
432 aa  208  2e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0395  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.96 
 
 
464 aa  207  5e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  31.19 
 
 
486 aa  206  6e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.48 
 
 
478 aa  206  7e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.61 
 
 
477 aa  206  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1456  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.63 
 
 
480 aa  204  3e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000857275 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.08 
 
 
500 aa  204  4e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  31.37 
 
 
504 aa  204  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.49 
 
 
505 aa  203  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0775  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.11 
 
 
476 aa  203  5e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.44 
 
 
484 aa  203  7e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.48 
 
 
482 aa  202  8e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0121  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.28 
 
 
469 aa  202  9.999999999999999e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3490  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.42 
 
 
503 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.350691 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1164  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.82 
 
 
473 aa  201  3e-50  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000188172  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.01 
 
 
512 aa  200  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.28 
 
 
525 aa  200  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.865648 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.61 
 
 
492 aa  200  5e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.66 
 
 
483 aa  200  6e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0532  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.9 
 
 
475 aa  199  7e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.17075 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  31.22 
 
 
485 aa  199  9e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  31.22 
 
 
485 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.44 
 
 
486 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0440  RND efflux system, outer membrane protein  34.8 
 
 
509 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.51 
 
 
484 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  32.44 
 
 
518 aa  197  3e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  30.54 
 
 
547 aa  197  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.97 
 
 
495 aa  197  3e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.26 
 
 
487 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1793  outer membrane efflux protein  32.65 
 
 
463 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.314198  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.59 
 
 
484 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3747  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.68 
 
 
514 aa  196  7e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846743  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.59 
 
 
484 aa  196  9e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.39 
 
 
569 aa  196  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3424  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.4 
 
 
514 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2035  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.85 
 
 
486 aa  196  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.152355  normal  0.152355 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>