More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2035 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_1994  outer membrane efflux protein  90.04 
 
 
495 aa  887    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.184092  normal  0.0261874 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2035  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
486 aa  993    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.152355  normal  0.152355 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1941  RND efflux system outer membrane lipoprotein  92.56 
 
 
497 aa  911    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.211357  normal  0.0401761 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2283  outer membrane efflux protein  59.62 
 
 
501 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0628456 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2194  RND efflux system outer membrane lipoprotein  59.78 
 
 
518 aa  541  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0247365  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.48 
 
 
496 aa  264  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.48 
 
 
496 aa  264  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.19 
 
 
486 aa  259  7e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.79 
 
 
495 aa  255  1.0000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.83 
 
 
485 aa  253  6e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3590  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  34.4 
 
 
491 aa  249  7e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.33 
 
 
472 aa  247  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  34 
 
 
486 aa  246  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.84 
 
 
496 aa  246  9e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.69 
 
 
471 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  33.9 
 
 
485 aa  242  1e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.42 
 
 
464 aa  241  2e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  33.69 
 
 
485 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.9 
 
 
461 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.9 
 
 
489 aa  240  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.52 
 
 
496 aa  239  6.999999999999999e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.4 
 
 
496 aa  239  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.74 
 
 
484 aa  238  3e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.74 
 
 
484 aa  237  4e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.74 
 
 
484 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.16 
 
 
486 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.41 
 
 
477 aa  236  1.0000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  32.37 
 
 
486 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.05 
 
 
482 aa  234  3e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.48 
 
 
478 aa  232  9e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.33 
 
 
484 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.75 
 
 
477 aa  231  2e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.75 
 
 
489 aa  228  2e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2607  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.77 
 
 
507 aa  226  8e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1997  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.77 
 
 
507 aa  226  8e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0794932  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0440  RND efflux system, outer membrane protein  31.87 
 
 
509 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.14 
 
 
504 aa  223  6e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.03 
 
 
495 aa  223  7e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.99 
 
 
507 aa  223  7e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.51 
 
 
507 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.48 
 
 
481 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  31.06 
 
 
470 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3925  multidrug efflux system protein  31.77 
 
 
499 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000707781  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.98 
 
 
482 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3061  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.36 
 
 
482 aa  221  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0327532  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.55 
 
 
492 aa  221  3e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3424  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.55 
 
 
514 aa  221  3e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.17 
 
 
501 aa  221  3e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.039626  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1522  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.7 
 
 
485 aa  220  5e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3836  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.14 
 
 
471 aa  220  5e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.232227  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1620  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.85 
 
 
495 aa  220  6e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.596211 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2654  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.83 
 
 
507 aa  219  7e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354944  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1037  RND efflux system, outer membrane protein  31.65 
 
 
508 aa  219  7e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0168  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  31.65 
 
 
508 aa  219  7e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0618806  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2631  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  31.65 
 
 
508 aa  219  7e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1312  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  31.65 
 
 
508 aa  219  7e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4769  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.4 
 
 
485 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.482827  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2527  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.83 
 
 
507 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3747  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.98 
 
 
514 aa  219  8.999999999999998e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846743  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0908  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.19 
 
 
455 aa  219  8.999999999999998e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2785  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.73 
 
 
474 aa  218  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0347137  normal  0.0590439 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0316  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.48 
 
 
481 aa  218  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.464824  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0141  RND efflux system, outer membrane protein  31.65 
 
 
506 aa  219  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6206  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.04 
 
 
508 aa  219  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00238233 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.52 
 
 
486 aa  218  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.19 
 
 
477 aa  219  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.33 
 
 
510 aa  219  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5839  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.04 
 
 
508 aa  219  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0530876  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.83 
 
 
508 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0229467  normal  0.0582449 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  33.26 
 
 
504 aa  218  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0710  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.55 
 
 
515 aa  218  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437206  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6990  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.4 
 
 
479 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0598431  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0169  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.15 
 
 
493 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204876 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2774  Outer membrane protein  31.43 
 
 
508 aa  217  4e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.71 
 
 
483 aa  217  4e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0321  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.12 
 
 
480 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0009  drug efflux lipoprotein  31.9 
 
 
514 aa  216  7e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.347699  normal  0.0645676 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.63 
 
 
504 aa  216  8e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.99 
 
 
470 aa  216  9e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4358  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.62 
 
 
482 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2178  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.9 
 
 
479 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.93 
 
 
507 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.491395 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0775  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.95 
 
 
476 aa  214  2.9999999999999995e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2544  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.87 
 
 
467 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.109213  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.94 
 
 
472 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.42 
 
 
525 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.865648 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1545  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.6 
 
 
485 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.355658 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.33 
 
 
488 aa  213  7e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2869  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.21 
 
 
480 aa  213  7e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.451085  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1624  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30 
 
 
486 aa  212  9e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30 
 
 
486 aa  212  9e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.804634  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0590  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  30.19 
 
 
460 aa  212  1e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.583273  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51570  multidrug efflux pump RND-family outer membrane protein  31.47 
 
 
505 aa  211  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0329698  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1614  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.24 
 
 
487 aa  211  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0245631 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2529  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.71 
 
 
485 aa  211  3e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.918806  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.11 
 
 
517 aa  211  3e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000173561 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.68 
 
 
501 aa  211  3e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0383  outer membrane protein OprM  31.4 
 
 
485 aa  210  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00533  copper/silver efflux system, outer membrane component  29.98 
 
 
457 aa  210  5e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00522  hypothetical protein  29.98 
 
 
457 aa  210  5e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>