More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1703 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  100 
 
 
486 aa  973    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  60.69 
 
 
472 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.24 
 
 
496 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.24 
 
 
496 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.54 
 
 
486 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.63 
 
 
496 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  48.24 
 
 
504 aa  410  1e-113  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.88 
 
 
477 aa  403  1e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.66 
 
 
496 aa  405  1e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3061  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.63 
 
 
482 aa  376  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0327532  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.87 
 
 
461 aa  359  6e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.03 
 
 
489 aa  320  5e-86  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.45 
 
 
464 aa  319  7e-86  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.17 
 
 
504 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.17 
 
 
478 aa  291  2e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  38.45 
 
 
485 aa  290  3e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  38.45 
 
 
485 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3925  multidrug efflux system protein  39.66 
 
 
499 aa  287  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000707781  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.66 
 
 
486 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.97 
 
 
486 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0690  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.72 
 
 
474 aa  283  4.0000000000000003e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  38.53 
 
 
486 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.52 
 
 
477 aa  280  5e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.16 
 
 
477 aa  279  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.78 
 
 
485 aa  277  3e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0169  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.2 
 
 
493 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204876 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3497  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.03 
 
 
470 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0309  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.1 
 
 
531 aa  273  7e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.31 
 
 
495 aa  271  2.9999999999999997e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.36 
 
 
517 aa  270  5e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000173561 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0316  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.13 
 
 
481 aa  268  1e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.464824  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.2 
 
 
481 aa  267  2e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.44 
 
 
484 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.23 
 
 
470 aa  266  8e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1456  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.97 
 
 
480 aa  265  1e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000857275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.07 
 
 
472 aa  264  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2869  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.98 
 
 
480 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.451085  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.88 
 
 
475 aa  263  6.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51570  multidrug efflux pump RND-family outer membrane protein  37.4 
 
 
505 aa  262  8.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0329698  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0321  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.96 
 
 
480 aa  261  1e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4088  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.09 
 
 
489 aa  261  3e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.947344  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  39.34 
 
 
470 aa  260  4e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.19 
 
 
501 aa  259  6e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2695  outer membrane efflux protein  39.15 
 
 
512 aa  259  7e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.87 
 
 
507 aa  259  8e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.16 
 
 
500 aa  259  8e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2654  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.05 
 
 
507 aa  259  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354944  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0121  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.34 
 
 
469 aa  258  2e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2527  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.84 
 
 
507 aa  258  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  40.3 
 
 
492 aa  258  2e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.88 
 
 
484 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.44 
 
 
505 aa  257  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.43 
 
 
459 aa  257  3e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.841968 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.61 
 
 
510 aa  257  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.95 
 
 
499 aa  257  3e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.88 
 
 
484 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.88 
 
 
484 aa  256  6e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.21 
 
 
492 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0775  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.19 
 
 
476 aa  255  1.0000000000000001e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.17 
 
 
507 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.491395 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.77 
 
 
474 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1949  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.84 
 
 
459 aa  255  1.0000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0418  outer membrane efflux protein OprC  38.26 
 
 
510 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.98 
 
 
495 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0567  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.56 
 
 
483 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1842  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.26 
 
 
510 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0289  outer membrane protein OmpK  36.12 
 
 
474 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0908  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.98 
 
 
455 aa  254  2.0000000000000002e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.41 
 
 
476 aa  255  2.0000000000000002e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_003296  RS01890  outer membrane drug efflux lipoprotein  38.26 
 
 
491 aa  254  3e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642226  normal  0.753424 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0515  outer membrane efflux protein OprC  38.26 
 
 
510 aa  254  3e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2607  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.79 
 
 
507 aa  254  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2146  outer membrane efflux protein OprC  38.26 
 
 
510 aa  254  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1997  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.79 
 
 
507 aa  254  3e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0794932  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0829  outer membrane efflux protein OprC  38.26 
 
 
510 aa  254  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2104  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.26 
 
 
510 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.409236  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.6 
 
 
482 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.88 
 
 
508 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0229467  normal  0.0582449 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.53 
 
 
507 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2035  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.13 
 
 
486 aa  253  6e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.152355  normal  0.152355 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1464  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.04 
 
 
510 aa  253  7e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1994  outer membrane efflux protein  34.13 
 
 
495 aa  251  1e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.184092  normal  0.0261874 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3375  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.91 
 
 
517 aa  251  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0151483  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.6 
 
 
471 aa  251  3e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.19 
 
 
472 aa  250  4e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.378923 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0710  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.34 
 
 
515 aa  249  7e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437206  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1737  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.46 
 
 
497 aa  249  7e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00746142  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4697  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.13 
 
 
513 aa  249  9e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.204697  normal  0.315368 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3226  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.41 
 
 
503 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.303935  normal  0.0862047 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5965  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.4 
 
 
475 aa  249  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.037067 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3633  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.19 
 
 
476 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1164  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.05 
 
 
473 aa  249  1e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000188172  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2064  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.86 
 
 
499 aa  249  1e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3894  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.19 
 
 
476 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4472  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.19 
 
 
476 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.621832  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.4 
 
 
475 aa  249  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6206  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.13 
 
 
508 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00238233 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.81 
 
 
525 aa  248  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.865648 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3590  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.16 
 
 
491 aa  248  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4075  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.13 
 
 
503 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147604  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>