More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA0284 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  100 
 
 
518 aa  1055    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  45.68 
 
 
569 aa  465  1e-129  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.13 
 
 
546 aa  432  1e-120  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  43.91 
 
 
558 aa  430  1e-119  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.93 
 
 
531 aa  415  1e-114  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.97 
 
 
541 aa  403  1e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.33 
 
 
569 aa  404  1e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.54 
 
 
538 aa  373  1e-102  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.95 
 
 
517 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.95 
 
 
517 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1740  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.13 
 
 
517 aa  347  3e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  40.79 
 
 
503 aa  344  2e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1710  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  38.38 
 
 
519 aa  337  2.9999999999999997e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.733437  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44210  multidrug efflux pump outer membrane lipoprotein  40.45 
 
 
506 aa  332  9e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.489954  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2436  hypothetical protein  35.99 
 
 
520 aa  328  2.0000000000000001e-88  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6455  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.97 
 
 
516 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.220531 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2582  hypothetical protein  35.46 
 
 
520 aa  327  3e-88  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001145  putative outer membrane protein  37.81 
 
 
547 aa  326  6e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2139  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.19 
 
 
517 aa  323  3e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0715  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.4 
 
 
504 aa  317  4e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.871689  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0749  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.05 
 
 
504 aa  315  9e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0753  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.8 
 
 
504 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.13209  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4468  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.13 
 
 
503 aa  300  5e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.151382  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.46 
 
 
502 aa  299  8e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5852  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.64 
 
 
523 aa  296  8e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.741914 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  37.55 
 
 
512 aa  295  2e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.07 
 
 
486 aa  295  2e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0868  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.13 
 
 
526 aa  290  4e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.12 
 
 
494 aa  286  5.999999999999999e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.53 
 
 
509 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.76 
 
 
497 aa  280  4e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.33 
 
 
493 aa  275  1.0000000000000001e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.16 
 
 
511 aa  271  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  36.16 
 
 
511 aa  266  8e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  36.58 
 
 
479 aa  262  8.999999999999999e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.07 
 
 
513 aa  260  4e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.07 
 
 
512 aa  260  5.0000000000000005e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  33.4 
 
 
520 aa  259  6e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  32.64 
 
 
479 aa  258  1e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  32.64 
 
 
489 aa  259  1e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.82 
 
 
492 aa  258  2e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.54 
 
 
482 aa  258  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.82 
 
 
491 aa  257  4e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  33.01 
 
 
547 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.41 
 
 
517 aa  254  2.0000000000000002e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.47 
 
 
515 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.19 
 
 
483 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.14 
 
 
489 aa  251  2e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  34.02 
 
 
479 aa  249  7e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.15 
 
 
518 aa  249  7e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.52 
 
 
520 aa  249  8e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  33.75 
 
 
479 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.92 
 
 
500 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.8 
 
 
533 aa  244  1.9999999999999999e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.19 
 
 
525 aa  244  3e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  34.73 
 
 
504 aa  243  5e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.87 
 
 
486 aa  243  7e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.4 
 
 
532 aa  242  1e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.62 
 
 
501 aa  242  1e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.05 
 
 
496 aa  240  5e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.05 
 
 
496 aa  240  5e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.48 
 
 
504 aa  240  5e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  31.97 
 
 
479 aa  238  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.47 
 
 
483 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.58 
 
 
512 aa  233  7.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3604  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.42 
 
 
483 aa  233  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.6 
 
 
504 aa  230  4e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.07 
 
 
493 aa  229  8e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.61 
 
 
483 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.08 
 
 
461 aa  229  1e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.47 
 
 
486 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.82 
 
 
470 aa  228  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  31.85 
 
 
470 aa  227  5.0000000000000005e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.32 
 
 
483 aa  226  7e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.7 
 
 
484 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.99 
 
 
482 aa  223  7e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.74 
 
 
464 aa  223  7e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.4 
 
 
477 aa  223  9e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.1 
 
 
521 aa  223  9e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2526  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.04 
 
 
504 aa  223  9e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.24 
 
 
484 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.7 
 
 
477 aa  222  9.999999999999999e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.53 
 
 
558 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.05 
 
 
473 aa  220  6e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1641  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  32.14 
 
 
569 aa  219  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1798  hypothetical protein  32.14 
 
 
569 aa  219  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1620  Outer membrane protein  32.19 
 
 
565 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.59 
 
 
475 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.92 
 
 
480 aa  216  7e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.05 
 
 
489 aa  216  7e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6558  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.53 
 
 
591 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.89 
 
 
560 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.32 
 
 
490 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5103  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.93 
 
 
502 aa  214  2.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5379  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.43 
 
 
482 aa  214  2.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.320478  normal  0.694464 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.71 
 
 
485 aa  214  3.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3447  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.93 
 
 
477 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.21 
 
 
471 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.21 
 
 
471 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.77 
 
 
465 aa  213  7e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>