More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3237 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 
461 aa  890    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.02 
 
 
460 aa  334  2e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.68 
 
 
482 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.74 
 
 
489 aa  243  5e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.81 
 
 
482 aa  243  5e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.09 
 
 
531 aa  243  6e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.691413  normal  0.979015 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.3 
 
 
484 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3931  multidrug efflux system outer membrane subunit  35.53 
 
 
507 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.436202 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2841  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.93 
 
 
482 aa  233  5e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114938  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2066  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.37 
 
 
494 aa  233  6e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.01 
 
 
494 aa  226  8e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.19 
 
 
486 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3525  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.81 
 
 
471 aa  220  3e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.06 
 
 
495 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.12 
 
 
496 aa  220  3.9999999999999997e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.92 
 
 
457 aa  220  5e-56  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.4 
 
 
509 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
515 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.47 
 
 
477 aa  216  9.999999999999999e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.46 
 
 
496 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.46 
 
 
496 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  32.69 
 
 
497 aa  212  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.26 
 
 
482 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.95 
 
 
499 aa  211  3e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.869969  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35 
 
 
515 aa  210  4e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.823996  normal  0.820801 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  32.15 
 
 
504 aa  209  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  33.05 
 
 
569 aa  208  1e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1456  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.91 
 
 
480 aa  208  2e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000857275 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  33.41 
 
 
503 aa  207  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.97 
 
 
518 aa  208  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1164  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.95 
 
 
473 aa  207  3e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000188172  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.89 
 
 
481 aa  207  3e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.1 
 
 
461 aa  207  4e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  34.73 
 
 
479 aa  207  4e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.39 
 
 
500 aa  206  5e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.82 
 
 
487 aa  206  6e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2522  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.39 
 
 
532 aa  206  6e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.116947  normal  0.154507 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  35.11 
 
 
479 aa  206  6e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.42 
 
 
478 aa  205  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  32.4 
 
 
499 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.97 
 
 
521 aa  206  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0309  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.4 
 
 
531 aa  205  2e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.74 
 
 
516 aa  204  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.83 
 
 
486 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4898  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.91 
 
 
484 aa  204  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3821  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.91 
 
 
484 aa  204  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.467284  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  31.61 
 
 
498 aa  204  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.39 
 
 
483 aa  204  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0316  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.43 
 
 
481 aa  204  4e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.464824  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.19 
 
 
504 aa  203  6e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3002  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.68 
 
 
516 aa  203  7e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.89 
 
 
483 aa  202  9e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33750  putative outer membrane protein precursor  36.5 
 
 
474 aa  202  9e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0658035  hitchhiker  0.0026818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2869  outer membrane protein  37.59 
 
 
474 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.89 
 
 
477 aa  202  9.999999999999999e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5123  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.03 
 
 
510 aa  202  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  35.76 
 
 
492 aa  202  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  34.53 
 
 
485 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.9 
 
 
496 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3490  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.41 
 
 
503 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.350691 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.41 
 
 
470 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.02 
 
 
489 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3723  putative outer membrane protein  36.67 
 
 
480 aa  201  3e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0079  hypothetical protein  31.66 
 
 
479 aa  201  3e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  34.12 
 
 
485 aa  201  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0321  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.04 
 
 
480 aa  201  3e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.69 
 
 
509 aa  200  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2158  outer membrane efflux protein  35.78 
 
 
467 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00293127  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.53 
 
 
525 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.865648 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.99 
 
 
464 aa  200  3.9999999999999996e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  32.49 
 
 
486 aa  200  5e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.82 
 
 
489 aa  200  6e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0710  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.86 
 
 
515 aa  199  7e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437206  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2332  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.77 
 
 
496 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.98 
 
 
497 aa  199  1.0000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.99 
 
 
475 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.16 
 
 
496 aa  198  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.75 
 
 
477 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1391  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.45 
 
 
485 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228401  normal  0.164456 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3582  RND efflux transporter  33.55 
 
 
496 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0590  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  31.12 
 
 
460 aa  197  3e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.583273  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.27 
 
 
533 aa  197  3e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.47 
 
 
500 aa  197  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4316  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.97 
 
 
511 aa  197  3e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.138583 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.99 
 
 
505 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3948  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.19 
 
 
523 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.822582 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.97 
 
 
520 aa  197  5.000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2189  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.55 
 
 
496 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250734  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  29.09 
 
 
489 aa  196  6e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.72 
 
 
513 aa  196  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.75 
 
 
495 aa  195  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1997  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.24 
 
 
507 aa  196  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0794932  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3486  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.19 
 
 
500 aa  196  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0233233 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  35.38 
 
 
479 aa  195  1e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.55 
 
 
546 aa  195  1e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2607  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.24 
 
 
507 aa  196  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.53 
 
 
507 aa  196  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.491395 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.6 
 
 
471 aa  195  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  34.38 
 
 
479 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.54 
 
 
484 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>