More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2841 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  73.79 
 
 
494 aa  675    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2841  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
482 aa  959    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114938  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  86.51 
 
 
482 aa  823    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  79.78 
 
 
484 aa  723    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  85.06 
 
 
482 aa  807    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2066  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  76.15 
 
 
494 aa  699    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3931  multidrug efflux system outer membrane subunit  71.37 
 
 
507 aa  670    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.436202 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  53.7 
 
 
499 aa  451  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.869969  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.25 
 
 
531 aa  405  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.691413  normal  0.979015 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.55 
 
 
470 aa  404  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0136  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42 
 
 
502 aa  296  5e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33750  putative outer membrane protein precursor  40.84 
 
 
474 aa  289  7e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0658035  hitchhiker  0.0026818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2869  outer membrane protein  40.96 
 
 
474 aa  289  9e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1683  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.29 
 
 
479 aa  281  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2158  outer membrane efflux protein  38.33 
 
 
467 aa  277  3e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00293127  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3783  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.15 
 
 
471 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1855  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.47 
 
 
464 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.859631  normal  0.291675 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3284  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.11 
 
 
484 aa  270  5e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.750948  normal  0.639167 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.42 
 
 
460 aa  267  2.9999999999999995e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3535  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.09 
 
 
467 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.908198 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3723  putative outer membrane protein  38.78 
 
 
480 aa  264  2e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1968  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.58 
 
 
462 aa  264  3e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.840689 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3525  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.62 
 
 
471 aa  258  2e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  34.78 
 
 
479 aa  248  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  35.29 
 
 
479 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.93 
 
 
461 aa  243  5e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4211  RND efflux transporter  38.16 
 
 
470 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.78 
 
 
481 aa  238  2e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.41 
 
 
464 aa  238  2e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  32.52 
 
 
503 aa  236  6e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
515 aa  232  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
496 aa  232  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.33 
 
 
496 aa  232  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.26 
 
 
483 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.11 
 
 
513 aa  229  7e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  29.57 
 
 
479 aa  229  8e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  29.57 
 
 
489 aa  229  1e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  32.65 
 
 
569 aa  228  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.04 
 
 
483 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.89 
 
 
512 aa  226  6e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.19 
 
 
484 aa  226  7e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.17 
 
 
484 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.57 
 
 
504 aa  224  3e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.11 
 
 
497 aa  224  4e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.2 
 
 
519 aa  223  4e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.76 
 
 
532 aa  219  6e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  34.11 
 
 
512 aa  219  6e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  31.45 
 
 
504 aa  218  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.57 
 
 
525 aa  217  2.9999999999999998e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.56 
 
 
509 aa  217  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0309  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.63 
 
 
531 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.16 
 
 
512 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1164  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.33 
 
 
473 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000188172  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5243  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.28 
 
 
537 aa  212  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.727139  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  32.84 
 
 
479 aa  211  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.55 
 
 
471 aa  210  5e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.63 
 
 
486 aa  210  6e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.65 
 
 
483 aa  209  9e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.54 
 
 
501 aa  209  9e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.48 
 
 
482 aa  209  9e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.95 
 
 
505 aa  209  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6990  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.18 
 
 
479 aa  209  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0598431  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.92 
 
 
496 aa  208  2e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1341  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.63 
 
 
477 aa  208  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.432715  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.11 
 
 
500 aa  207  2e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.34 
 
 
496 aa  207  4e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  30.67 
 
 
497 aa  207  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.26 
 
 
478 aa  206  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.2 
 
 
486 aa  206  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.27 
 
 
525 aa  205  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.865648 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.96 
 
 
472 aa  205  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  31.5 
 
 
498 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.83 
 
 
470 aa  205  2e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  31.03 
 
 
499 aa  204  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.8 
 
 
504 aa  203  5e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5328  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin ZneC  31.84 
 
 
511 aa  203  7e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.998587  normal  0.685908 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0079  hypothetical protein  28.75 
 
 
479 aa  202  1.9999999999999998e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0532  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.23 
 
 
475 aa  201  1.9999999999999998e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.17075 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.85 
 
 
477 aa  202  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.96 
 
 
475 aa  200  5e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.64 
 
 
518 aa  200  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3490  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.09 
 
 
503 aa  200  5e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.350691 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  30.4 
 
 
486 aa  200  5e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  32.92 
 
 
479 aa  200  6e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.77 
 
 
487 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.75 
 
 
472 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0710  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.64 
 
 
515 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437206  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.37 
 
 
484 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  29.46 
 
 
518 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.37 
 
 
484 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.97 
 
 
510 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.41 
 
 
501 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.039626  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.37 
 
 
484 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.2 
 
 
485 aa  197  3e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.79 
 
 
489 aa  197  3e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1001  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.71 
 
 
492 aa  197  4.0000000000000005e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0395  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.87 
 
 
464 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2218  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.75 
 
 
432 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  31.22 
 
 
520 aa  197  5.000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31 
 
 
484 aa  196  7e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>