More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2485 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3582  RND efflux transporter  75.43 
 
 
496 aa  679    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2756  outer membrane efflux protein  90.41 
 
 
490 aa  842    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2332  RND efflux system outer membrane lipoprotein  75 
 
 
496 aa  677    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 
487 aa  981    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  74.89 
 
 
495 aa  715    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  76.65 
 
 
489 aa  711    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670028  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2189  RND efflux system outer membrane lipoprotein  75 
 
 
496 aa  676    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250734  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  63.45 
 
 
509 aa  590  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  63.62 
 
 
499 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  62.75 
 
 
498 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  61.17 
 
 
477 aa  567  1e-160  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28780  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  55.79 
 
 
512 aa  508  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506262  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3948  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  50.52 
 
 
523 aa  458  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.822582 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4489  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.78 
 
 
523 aa  427  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000880078  hitchhiker  0.0020567 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  47.87 
 
 
497 aa  424  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  48.71 
 
 
508 aa  420  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0569  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  48.58 
 
 
486 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20716  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4181  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  48.81 
 
 
501 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366543  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4293  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  48.81 
 
 
501 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14360  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  49.9 
 
 
507 aa  409  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.10675  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0019  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.89 
 
 
539 aa  405  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.308598  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0069  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.58 
 
 
523 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0050  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.58 
 
 
523 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151271  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0020  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  47.58 
 
 
523 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.25615  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0171  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.95 
 
 
490 aa  394  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1878  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.78 
 
 
538 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2773  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.78 
 
 
538 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50 
 
 
538 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3082  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.05 
 
 
536 aa  392  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000116407 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2674  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.78 
 
 
538 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.831333  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3506  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.78 
 
 
538 aa  393  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0020  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  50 
 
 
538 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0020  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  50 
 
 
538 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374207  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1391  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.77 
 
 
485 aa  391  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228401  normal  0.164456 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2205  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.03 
 
 
471 aa  386  1e-106  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.916558  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0040  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.38 
 
 
520 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0049  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.6 
 
 
509 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963186  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5204  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.57 
 
 
495 aa  382  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0051  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.92 
 
 
527 aa  379  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.27692  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.95 
 
 
497 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.238393  normal  0.954317 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.69 
 
 
523 aa  378  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.254242  normal  0.304417 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4364  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.51 
 
 
509 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.847898  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2832  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.07 
 
 
520 aa  377  1e-103  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3306  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.33 
 
 
474 aa  366  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1503  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  47.03 
 
 
514 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.274386  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6326  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.03 
 
 
514 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.167129  normal  0.968504 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7210  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.83 
 
 
486 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0358  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.81 
 
 
509 aa  364  2e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5986  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.05 
 
 
497 aa  360  3e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6990  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.99 
 
 
501 aa  360  4e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.452647 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3002  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.12 
 
 
516 aa  359  5e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2011  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.22 
 
 
497 aa  355  1e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0256922 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0079  hypothetical protein  41.91 
 
 
479 aa  353  4e-96  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0347  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.09 
 
 
478 aa  348  1e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.37 
 
 
500 aa  347  3e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2522  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.37 
 
 
532 aa  346  5e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.116947  normal  0.154507 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.68 
 
 
515 aa  345  8e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.823996  normal  0.820801 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.38 
 
 
502 aa  343  5e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.222051  normal  0.460518 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5685  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.2 
 
 
488 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.166803 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3749  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.2 
 
 
488 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.202049  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4619  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.2 
 
 
488 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.573778  normal  0.397239 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4316  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.19 
 
 
511 aa  337  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.138583 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2829  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.47 
 
 
478 aa  334  2e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.769411  normal  0.0596048 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3605  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.57 
 
 
502 aa  334  3e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00599235  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1142  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.5 
 
 
492 aa  334  3e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258577  normal  0.581397 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.59 
 
 
496 aa  333  4e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.594754  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2594  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.32 
 
 
477 aa  331  2e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000572805  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3486  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.33 
 
 
500 aa  329  6e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0233233 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2041  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.92 
 
 
511 aa  328  2.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1968  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.2 
 
 
471 aa  324  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000949064  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2098  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.2 
 
 
471 aa  322  8e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2259  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.79 
 
 
508 aa  322  8e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324035  normal  0.22709 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2417  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.16 
 
 
479 aa  319  7.999999999999999e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.118165  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.79 
 
 
469 aa  318  1e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1748  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  38.46 
 
 
488 aa  316  7e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.630432  normal  0.156732 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3362  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.79 
 
 
489 aa  314  2.9999999999999996e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0212058  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4418  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.52 
 
 
496 aa  311  2e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.96 
 
 
482 aa  311  2e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.774787 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0851  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.44 
 
 
537 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0238751  hitchhiker  0.00377502 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4536  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.82 
 
 
533 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748568  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.96 
 
 
476 aa  300  3e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.39 
 
 
500 aa  297  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2070  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.09 
 
 
498 aa  298  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0633642  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3375  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.82 
 
 
517 aa  295  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0151483  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4920  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.82 
 
 
513 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.31782  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4652  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.68 
 
 
464 aa  292  9e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.964655 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5350  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.03 
 
 
513 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00199019  normal  0.49097 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2104  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.82 
 
 
510 aa  288  2e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.409236  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.03 
 
 
513 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.6 
 
 
511 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4697  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.54 
 
 
513 aa  286  5e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.204697  normal  0.315368 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.31 
 
 
503 aa  286  5e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.570974  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.7 
 
 
516 aa  285  9e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1464  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.82 
 
 
510 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2146  outer membrane efflux protein OprC  36.82 
 
 
510 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1842  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.82 
 
 
510 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0829  outer membrane efflux protein OprC  36.82 
 
 
510 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0515  outer membrane efflux protein OprC  36.82 
 
 
510 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0418  outer membrane efflux protein OprC  36.82 
 
 
510 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.9 
 
 
521 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>