More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0171 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0171  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
490 aa  981    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0569  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  50.96 
 
 
486 aa  410  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20716  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3002  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.07 
 
 
516 aa  406  1.0000000000000001e-112  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  48.3 
 
 
497 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2832  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.1 
 
 
520 aa  408  1.0000000000000001e-112  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  50.11 
 
 
502 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.222051  normal  0.460518 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28780  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.55 
 
 
512 aa  399  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506262  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2011  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.89 
 
 
497 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0256922 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4316  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.19 
 
 
511 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.138583 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.95 
 
 
487 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  50.74 
 
 
496 aa  390  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.594754  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4181  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.56 
 
 
501 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366543  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4293  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.56 
 
 
501 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  46.27 
 
 
508 aa  385  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  46.55 
 
 
489 aa  380  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670028  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  44.24 
 
 
498 aa  379  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0069  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.57 
 
 
523 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.68 
 
 
500 aa  379  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2522  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.68 
 
 
532 aa  379  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.116947  normal  0.154507 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0040  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.49 
 
 
520 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  44.35 
 
 
499 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.36 
 
 
509 aa  378  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3948  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.96 
 
 
523 aa  375  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.822582 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0050  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.15 
 
 
523 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151271  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0049  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.49 
 
 
509 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963186  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0020  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  46.15 
 
 
523 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.25615  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.4 
 
 
523 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.254242  normal  0.304417 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.99 
 
 
515 aa  369  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.823996  normal  0.820801 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4489  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.73 
 
 
523 aa  368  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000880078  hitchhiker  0.0020567 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0019  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.83 
 
 
539 aa  364  2e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.308598  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2205  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.53 
 
 
471 aa  363  4e-99  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.916558  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2756  outer membrane efflux protein  46.1 
 
 
490 aa  362  8e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2773  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.12 
 
 
538 aa  360  3e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1878  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.12 
 
 
538 aa  360  3e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2417  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.86 
 
 
479 aa  360  3e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.118165  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3506  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.12 
 
 
538 aa  360  3e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2674  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.12 
 
 
538 aa  360  3e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.831333  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0020  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  47.12 
 
 
538 aa  360  4e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0020  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  47.12 
 
 
538 aa  360  4e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374207  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.12 
 
 
538 aa  360  4e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0051  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.62 
 
 
527 aa  358  9e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.27692  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.56 
 
 
495 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3082  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.44 
 
 
536 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000116407 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4418  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.36 
 
 
496 aa  349  6e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4364  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.11 
 
 
509 aa  348  2e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.847898  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.38 
 
 
477 aa  344  2.9999999999999997e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2189  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.83 
 
 
496 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250734  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3582  RND efflux transporter  43.83 
 
 
496 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2332  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.62 
 
 
496 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0358  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.55 
 
 
509 aa  327  3e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3306  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.78 
 
 
474 aa  322  9.999999999999999e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3605  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.92 
 
 
502 aa  318  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00599235  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2594  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.32 
 
 
477 aa  317  3e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000572805  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2041  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.68 
 
 
511 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2829  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.6 
 
 
478 aa  309  6.999999999999999e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.769411  normal  0.0596048 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3486  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.91 
 
 
500 aa  309  8e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0233233 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.29 
 
 
469 aa  305  1.0000000000000001e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0347  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.38 
 
 
478 aa  301  1e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1391  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.73 
 
 
485 aa  296  7e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228401  normal  0.164456 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5204  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.32 
 
 
495 aa  293  3e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14360  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.98 
 
 
507 aa  290  3e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.10675  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.94 
 
 
500 aa  286  4e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7210  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.21 
 
 
486 aa  282  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1142  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.66 
 
 
492 aa  280  6e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258577  normal  0.581397 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.67 
 
 
497 aa  279  8e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.238393  normal  0.954317 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0851  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.74 
 
 
537 aa  277  3e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0238751  hitchhiker  0.00377502 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0079  hypothetical protein  36.34 
 
 
479 aa  275  2.0000000000000002e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.36 
 
 
521 aa  274  3e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4536  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.73 
 
 
533 aa  272  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748568  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1741  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.25 
 
 
514 aa  272  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259166  normal  0.316813 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4697  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.4 
 
 
513 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.204697  normal  0.315368 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4920  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.76 
 
 
513 aa  270  4e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.31782  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.89 
 
 
511 aa  270  4e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0515  outer membrane efflux protein OprC  38.76 
 
 
510 aa  266  4e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4333  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.19 
 
 
499 aa  267  4e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00474819  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2146  outer membrane efflux protein OprC  38.76 
 
 
510 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0829  outer membrane efflux protein OprC  38.76 
 
 
510 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1842  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.76 
 
 
510 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0418  outer membrane efflux protein OprC  38.76 
 
 
510 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2259  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.08 
 
 
508 aa  266  5e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324035  normal  0.22709 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5986  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.09 
 
 
497 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2070  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.79 
 
 
498 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0633642  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3362  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.84 
 
 
489 aa  266  7e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0212058  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3375  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.54 
 
 
517 aa  265  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0151483  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2104  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.33 
 
 
510 aa  265  1e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.409236  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1748  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.13 
 
 
488 aa  265  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.630432  normal  0.156732 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1464  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.54 
 
 
510 aa  265  2e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.73 
 
 
516 aa  265  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4865  RND cation/multidrug efflux system outer membrane protein, NodT  39.53 
 
 
493 aa  264  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000716421  normal  0.820676 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4652  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.99 
 
 
464 aa  264  3e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.964655 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3749  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.31 
 
 
488 aa  264  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.202049  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5350  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.76 
 
 
513 aa  264  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00199019  normal  0.49097 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.76 
 
 
513 aa  264  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4619  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.31 
 
 
488 aa  264  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.573778  normal  0.397239 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5685  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.67 
 
 
488 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.166803 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3821  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.42 
 
 
484 aa  262  8e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.467284  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4898  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.42 
 
 
484 aa  262  8e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2098  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.37 
 
 
471 aa  262  8e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05506  putative outer-membrane drug efflux protein  39.15 
 
 
508 aa  262  1e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4223  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.41 
 
 
510 aa  261  2e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00337155  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>