More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2098 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_2098  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
471 aa  905    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1968  RND efflux system outer membrane lipoprotein  98.09 
 
 
471 aa  890    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000949064  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5685  RND efflux system outer membrane lipoprotein  64.67 
 
 
488 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.166803 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4619  RND efflux system outer membrane lipoprotein  64.24 
 
 
488 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.573778  normal  0.397239 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3749  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  64.24 
 
 
488 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.202049  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3362  RND efflux system outer membrane lipoprotein  53.86 
 
 
489 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0212058  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1142  RND efflux system outer membrane lipoprotein  53.58 
 
 
492 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258577  normal  0.581397 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.03 
 
 
482 aa  392  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.774787 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4652  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.54 
 
 
464 aa  387  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.964655 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.64 
 
 
495 aa  356  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.2 
 
 
487 aa  355  1e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  42.92 
 
 
499 aa  348  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  41.88 
 
 
498 aa  347  3e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1391  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.3 
 
 
485 aa  344  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228401  normal  0.164456 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5204  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.05 
 
 
495 aa  344  2e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0079  hypothetical protein  41.7 
 
 
479 aa  341  2e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2756  outer membrane efflux protein  42.14 
 
 
490 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2189  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.89 
 
 
496 aa  336  7e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250734  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3582  RND efflux transporter  43.89 
 
 
496 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2332  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.89 
 
 
496 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.71 
 
 
497 aa  333  4e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.238393  normal  0.954317 
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  43.41 
 
 
508 aa  331  2e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2832  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.39 
 
 
520 aa  330  3e-89  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.34 
 
 
477 aa  330  4e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4364  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.71 
 
 
509 aa  328  9e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.847898  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3948  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.04 
 
 
523 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.822582 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  41.38 
 
 
497 aa  327  3e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.46 
 
 
509 aa  326  6e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4181  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.07 
 
 
501 aa  325  8.000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366543  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4293  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.07 
 
 
501 aa  325  8.000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6326  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.33 
 
 
514 aa  322  8e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.167129  normal  0.968504 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1503  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  47.33 
 
 
514 aa  322  8e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.274386  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7210  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.43 
 
 
486 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.39 
 
 
489 aa  320  3e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670028  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0358  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.02 
 
 
509 aa  317  2e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4489  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.03 
 
 
523 aa  317  3e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000880078  hitchhiker  0.0020567 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.78 
 
 
469 aa  316  7e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5986  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.92 
 
 
497 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6990  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.74 
 
 
501 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.452647 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28780  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.17 
 
 
512 aa  310  4e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506262  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0569  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.87 
 
 
486 aa  309  6.999999999999999e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20716  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.74 
 
 
500 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0124  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.44 
 
 
525 aa  308  2.0000000000000002e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.78298 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3082  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.44 
 
 
536 aa  307  3e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000116407 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1748  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  42.67 
 
 
488 aa  303  3.0000000000000004e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.630432  normal  0.156732 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.96 
 
 
521 aa  301  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0069  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.99 
 
 
523 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2205  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.24 
 
 
471 aa  300  5e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.916558  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0019  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.25 
 
 
539 aa  297  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.308598  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0020  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  44.71 
 
 
538 aa  297  3e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374207  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.71 
 
 
538 aa  297  3e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0020  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  44.71 
 
 
538 aa  297  3e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0050  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.78 
 
 
523 aa  297  3e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151271  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0020  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.78 
 
 
523 aa  297  3e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.25615  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2773  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.71 
 
 
538 aa  296  4e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3506  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.71 
 
 
538 aa  296  4e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2674  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.71 
 
 
538 aa  296  4e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.831333  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1878  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.71 
 
 
538 aa  296  4e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2070  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.65 
 
 
498 aa  296  7e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0633642  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2954  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.59 
 
 
534 aa  291  2e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.15376 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.58 
 
 
516 aa  290  3e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0040  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.64 
 
 
520 aa  290  4e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0049  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.83 
 
 
509 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963186  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0051  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.1 
 
 
527 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.27692  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2718  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.52 
 
 
531 aa  286  4e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.12 
 
 
502 aa  286  7e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.222051  normal  0.460518 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2011  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.9 
 
 
497 aa  285  9e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0256922 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  46.75 
 
 
503 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.570974  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.98 
 
 
523 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.254242  normal  0.304417 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1794  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.15 
 
 
486 aa  283  7.000000000000001e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4333  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.44 
 
 
499 aa  281  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00474819  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4536  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.37 
 
 
533 aa  282  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748568  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05506  putative outer-membrane drug efflux protein  43.8 
 
 
508 aa  281  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3002  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.26 
 
 
516 aa  278  1e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0171  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.37 
 
 
490 aa  278  1e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0851  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39 
 
 
537 aa  278  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0238751  hitchhiker  0.00377502 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2417  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.61 
 
 
479 aa  276  5e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.118165  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1275  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.64 
 
 
590 aa  275  1.0000000000000001e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4223  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.64 
 
 
510 aa  271  2e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00337155  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2259  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.65 
 
 
508 aa  271  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324035  normal  0.22709 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4333  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.64 
 
 
510 aa  271  2e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0379784  normal  0.0805194 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4898  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.03 
 
 
484 aa  269  8.999999999999999e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3821  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.03 
 
 
484 aa  269  8.999999999999999e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.467284  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2104  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.04 
 
 
510 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.409236  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4697  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.34 
 
 
513 aa  268  1e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.204697  normal  0.315368 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1464  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.47 
 
 
510 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3827  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.52 
 
 
504 aa  268  1e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0692116  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.96 
 
 
500 aa  268  1e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2829  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.1 
 
 
478 aa  268  1e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.769411  normal  0.0596048 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3375  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.34 
 
 
517 aa  268  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0151483  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0829  outer membrane efflux protein OprC  41.47 
 
 
510 aa  268  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1842  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.47 
 
 
510 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2146  outer membrane efflux protein OprC  41.47 
 
 
510 aa  268  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0515  outer membrane efflux protein OprC  41.47 
 
 
510 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.65 
 
 
476 aa  268  2e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0418  outer membrane efflux protein OprC  41.47 
 
 
510 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4187  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.91 
 
 
504 aa  266  8e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164619  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3605  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.34 
 
 
502 aa  265  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00599235  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4920  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.91 
 
 
513 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.31782  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4865  RND cation/multidrug efflux system outer membrane protein, NodT  42.44 
 
 
493 aa  265  1e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000716421  normal  0.820676 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>