More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0874 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  93.53 
 
 
484 aa  871    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
483 aa  953    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  94.35 
 
 
484 aa  874    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  93.36 
 
 
483 aa  898    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  63.92 
 
 
483 aa  580  1e-164  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  56.81 
 
 
479 aa  501  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  55.96 
 
 
479 aa  497  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  51.39 
 
 
479 aa  434  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.51 
 
 
515 aa  422  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  47.34 
 
 
512 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.68 
 
 
533 aa  416  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.69 
 
 
517 aa  415  1e-114  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.63 
 
 
513 aa  411  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.78 
 
 
512 aa  411  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.88 
 
 
521 aa  409  1e-113  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  50.54 
 
 
470 aa  401  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.73 
 
 
511 aa  394  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  47.3 
 
 
511 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.22 
 
 
532 aa  374  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.48 
 
 
525 aa  372  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2526  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  48.94 
 
 
504 aa  371  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.43 
 
 
500 aa  355  1e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.14 
 
 
482 aa  352  8e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.332659  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.12 
 
 
519 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  38.15 
 
 
547 aa  324  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_003296  RS00901  multidrug resistance efflux pump protein  45.89 
 
 
495 aa  318  1e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.707111 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.2 
 
 
497 aa  312  6.999999999999999e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  38.95 
 
 
512 aa  296  6e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  37.07 
 
 
503 aa  286  7e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  33.2 
 
 
489 aa  275  9e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  34.64 
 
 
569 aa  275  9e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.82 
 
 
494 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  33.12 
 
 
479 aa  274  3e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  36.15 
 
 
520 aa  271  2e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.08 
 
 
560 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.71 
 
 
502 aa  271  2e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.23 
 
 
558 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.27 
 
 
509 aa  269  7e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5243  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.53 
 
 
537 aa  267  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.727139  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.82 
 
 
486 aa  268  2e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1281  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.89 
 
 
561 aa  266  7e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183207  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6550  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.7 
 
 
561 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1620  Outer membrane protein  37.94 
 
 
565 aa  262  1e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1641  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  37.84 
 
 
569 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1798  hypothetical protein  37.84 
 
 
569 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.29 
 
 
546 aa  258  1e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.21 
 
 
483 aa  256  8e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  33.06 
 
 
558 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6558  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.02 
 
 
591 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.38 
 
 
516 aa  250  5e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.05 
 
 
501 aa  250  5e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1737  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.53 
 
 
509 aa  249  6e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5523  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.97 
 
 
576 aa  249  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  32.6 
 
 
504 aa  246  6e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.69 
 
 
529 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.77 
 
 
541 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.49 
 
 
482 aa  241  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.83 
 
 
538 aa  239  9e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.75 
 
 
464 aa  236  9e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2582  hypothetical protein  29.98 
 
 
520 aa  234  3e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.62 
 
 
518 aa  234  3e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2436  hypothetical protein  30.04 
 
 
520 aa  231  2e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.36 
 
 
496 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.12 
 
 
473 aa  231  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.36 
 
 
496 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.18 
 
 
496 aa  231  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  33.84 
 
 
479 aa  229  6e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.63 
 
 
460 aa  229  7e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.76 
 
 
465 aa  229  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.69 
 
 
493 aa  228  2e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.37 
 
 
521 aa  226  6e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.57 
 
 
517 aa  226  7e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5852  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.62 
 
 
523 aa  226  8e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.741914 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.37 
 
 
517 aa  225  1e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.25 
 
 
471 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  30.57 
 
 
518 aa  225  2e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  34.26 
 
 
508 aa  224  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.52 
 
 
531 aa  225  2e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  32.12 
 
 
470 aa  225  2e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.55 
 
 
482 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.69 
 
 
496 aa  225  2e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.48 
 
 
462 aa  224  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.29 
 
 
489 aa  224  4e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  35.92 
 
 
499 aa  224  4e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  33.05 
 
 
497 aa  223  7e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.04 
 
 
471 aa  223  8e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.04 
 
 
471 aa  223  9e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.98 
 
 
457 aa  222  9.999999999999999e-57  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.47 
 
 
507 aa  222  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.5 
 
 
493 aa  222  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1456  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.75 
 
 
480 aa  221  3e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000857275 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  33.85 
 
 
465 aa  220  5e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.68 
 
 
504 aa  220  6e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4769  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.36 
 
 
485 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.482827  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.36 
 
 
487 aa  219  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2638  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.26 
 
 
505 aa  218  1e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.544022  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.91 
 
 
482 aa  218  1e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4536  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.6 
 
 
533 aa  218  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748568  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
504 aa  217  4e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2832  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.07 
 
 
520 aa  217  4e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>