More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_0447 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
512 aa  1033    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50 
 
 
497 aa  419  1e-116  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.52 
 
 
494 aa  383  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.62 
 
 
502 aa  379  1e-103  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.68 
 
 
486 aa  367  1e-100  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  42.68 
 
 
503 aa  360  4e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.07 
 
 
483 aa  360  5e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  42.44 
 
 
479 aa  353  5e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.33 
 
 
509 aa  350  3e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.71 
 
 
493 aa  350  4e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  41.53 
 
 
479 aa  347  3e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.89 
 
 
501 aa  346  5e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  44.02 
 
 
520 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.97 
 
 
483 aa  340  4e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  41.31 
 
 
479 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  40.31 
 
 
547 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  40.24 
 
 
569 aa  333  5e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.08 
 
 
525 aa  331  2e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.1 
 
 
512 aa  330  5.0000000000000004e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.1 
 
 
513 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  38.45 
 
 
479 aa  327  4.0000000000000003e-88  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  38.45 
 
 
489 aa  326  5e-88  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.13 
 
 
515 aa  326  6e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.8 
 
 
546 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  40 
 
 
504 aa  320  3e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.82 
 
 
483 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.95 
 
 
483 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  37.77 
 
 
518 aa  319  9e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  37.37 
 
 
558 aa  318  1e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.13 
 
 
532 aa  318  2e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.37 
 
 
482 aa  317  3e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.21 
 
 
518 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.27 
 
 
484 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.63 
 
 
484 aa  310  5e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.67 
 
 
512 aa  309  5.9999999999999995e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.92 
 
 
529 aa  309  8e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.1 
 
 
500 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.61 
 
 
521 aa  305  1.0000000000000001e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.87 
 
 
482 aa  305  1.0000000000000001e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.332659  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.3 
 
 
533 aa  303  3.0000000000000004e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.7 
 
 
511 aa  300  3e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  37.82 
 
 
511 aa  300  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.63 
 
 
471 aa  299  8e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  40.25 
 
 
520 aa  298  1e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.92 
 
 
471 aa  296  5e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.95 
 
 
465 aa  296  5e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.71 
 
 
471 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.5 
 
 
489 aa  293  6e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  37.97 
 
 
479 aa  292  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  37.47 
 
 
465 aa  291  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1740  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.03 
 
 
517 aa  288  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  38.17 
 
 
512 aa  288  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.34 
 
 
471 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.99 
 
 
496 aa  286  5e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.99 
 
 
496 aa  286  5e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.33 
 
 
492 aa  286  5.999999999999999e-76  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.55 
 
 
473 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.9 
 
 
560 aa  286  7e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.18 
 
 
477 aa  286  8e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.33 
 
 
491 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.42 
 
 
485 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.72 
 
 
531 aa  284  3.0000000000000004e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.48 
 
 
519 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1620  Outer membrane protein  37.5 
 
 
565 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.55 
 
 
517 aa  283  6.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.55 
 
 
517 aa  282  1e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1641  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  37.28 
 
 
569 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1798  hypothetical protein  37.28 
 
 
569 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1281  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.71 
 
 
561 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183207  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.43 
 
 
558 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6550  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.52 
 
 
561 aa  280  4e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.57 
 
 
514 aa  279  9e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  36.85 
 
 
470 aa  278  1e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.18 
 
 
512 aa  278  2e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.18 
 
 
517 aa  277  3e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36 
 
 
462 aa  277  3e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.75 
 
 
473 aa  277  4e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2526  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.72 
 
 
504 aa  276  7e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.87 
 
 
538 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.21 
 
 
493 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38 
 
 
504 aa  274  3e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.1 
 
 
486 aa  274  3e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.86 
 
 
461 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.04 
 
 
569 aa  273  7e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6853  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.66 
 
 
491 aa  272  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.851364 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.01 
 
 
491 aa  270  5e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.93 
 
 
504 aa  268  2e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1710  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.78 
 
 
519 aa  268  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.733437  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.33 
 
 
541 aa  267  2.9999999999999995e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.78 
 
 
486 aa  267  2.9999999999999995e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6558  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.89 
 
 
591 aa  267  4e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.52 
 
 
475 aa  266  7e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.4 
 
 
470 aa  266  8e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.25 
 
 
470 aa  265  1e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6455  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.18 
 
 
516 aa  265  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.220531 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2139  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.88 
 
 
517 aa  264  3e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5523  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.5 
 
 
576 aa  264  4e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  37.45 
 
 
472 aa  263  6e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.67 
 
 
500 aa  263  6e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.79 
 
 
457 aa  263  6.999999999999999e-69  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>