More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2526 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2526  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
504 aa  1023    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  52.41 
 
 
511 aa  504  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.78 
 
 
511 aa  497  1e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  49.06 
 
 
479 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.94 
 
 
483 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.42 
 
 
483 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  49.48 
 
 
479 aa  422  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  47.06 
 
 
483 aa  420  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.45 
 
 
484 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  49.45 
 
 
484 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.35 
 
 
515 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.29 
 
 
512 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.08 
 
 
513 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.53 
 
 
512 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00901  multidrug resistance efflux pump protein  50 
 
 
495 aa  390  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.707111 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.06 
 
 
517 aa  389  1e-107  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.18 
 
 
533 aa  377  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.71 
 
 
521 aa  370  1e-101  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  44.65 
 
 
479 aa  361  1e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.3 
 
 
532 aa  360  4e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.6 
 
 
500 aa  350  3e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.01 
 
 
470 aa  338  9.999999999999999e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.61 
 
 
525 aa  338  9.999999999999999e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.53 
 
 
482 aa  333  5e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.332659  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.53 
 
 
519 aa  313  3.9999999999999997e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.8 
 
 
497 aa  313  5.999999999999999e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  37.19 
 
 
547 aa  296  6e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  37.28 
 
 
503 aa  287  2e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  38.72 
 
 
512 aa  286  9e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1737  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.21 
 
 
509 aa  284  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5243  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.18 
 
 
537 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.727139  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  37.21 
 
 
569 aa  281  2e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.18 
 
 
483 aa  277  3e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.34 
 
 
502 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.88 
 
 
560 aa  274  3e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.53 
 
 
558 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.29 
 
 
494 aa  270  4e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1281  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.62 
 
 
561 aa  269  8e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183207  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6550  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.44 
 
 
561 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.71 
 
 
546 aa  266  5e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6558  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.22 
 
 
591 aa  265  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1620  Outer membrane protein  35.01 
 
 
565 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.89 
 
 
486 aa  265  2e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5523  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.16 
 
 
576 aa  262  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1798  hypothetical protein  34.62 
 
 
569 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1641  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  34.62 
 
 
569 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  34.38 
 
 
520 aa  260  3e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.86 
 
 
482 aa  260  3e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.53 
 
 
529 aa  260  4e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.79 
 
 
504 aa  259  1e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.22 
 
 
476 aa  258  1e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  34.58 
 
 
558 aa  256  5e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  31.66 
 
 
479 aa  256  7e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  31.66 
 
 
489 aa  255  1.0000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  34.05 
 
 
518 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.27 
 
 
486 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  36.68 
 
 
499 aa  251  2e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.13 
 
 
541 aa  248  2e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2436  hypothetical protein  33.2 
 
 
520 aa  246  4.9999999999999997e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2582  hypothetical protein  32.78 
 
 
520 aa  245  9.999999999999999e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.5 
 
 
464 aa  244  3e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  33.33 
 
 
479 aa  243  5e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.76 
 
 
477 aa  243  5e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.31 
 
 
538 aa  242  9e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.77 
 
 
531 aa  242  1e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.96 
 
 
496 aa  242  1e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.47 
 
 
521 aa  242  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.25 
 
 
496 aa  241  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.25 
 
 
496 aa  241  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.13 
 
 
496 aa  240  4e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.54 
 
 
501 aa  240  5e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.17 
 
 
520 aa  240  5e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0868  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.62 
 
 
526 aa  240  5e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.21 
 
 
489 aa  239  1e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.62 
 
 
473 aa  237  4e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.6 
 
 
504 aa  236  9e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4536  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.09 
 
 
533 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748568  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0851  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.5 
 
 
537 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0238751  hitchhiker  0.00377502 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.25 
 
 
457 aa  234  3e-60  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.03 
 
 
473 aa  232  1e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3061  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.26 
 
 
482 aa  231  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0327532  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.33 
 
 
492 aa  231  3e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1456  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.01 
 
 
480 aa  230  5e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000857275 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  34.55 
 
 
486 aa  230  5e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.1 
 
 
491 aa  229  8e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  33.67 
 
 
512 aa  229  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.49 
 
 
465 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  32.02 
 
 
499 aa  227  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.42 
 
 
488 aa  226  7e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.62 
 
 
482 aa  226  7e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.71 
 
 
490 aa  226  8e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5852  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.91 
 
 
523 aa  225  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.741914 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.54 
 
 
493 aa  225  2e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  31.6 
 
 
498 aa  224  3e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.38 
 
 
514 aa  223  4.9999999999999996e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.88 
 
 
471 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.71 
 
 
489 aa  223  7e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.64 
 
 
495 aa  223  8e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.22 
 
 
471 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.22 
 
 
471 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>