More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3424 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0009  drug efflux lipoprotein  89.22 
 
 		 514 aa  891    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.347699  normal  0.0645676 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3424  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 		 514 aa  1035    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3747  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  98.44 
 
 		 514 aa  1020    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  58.64 
 
 		 496 aa  533  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3590  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  58.04 
 
 		 491 aa  504  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3433  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  50.52 
 
 		 477 aa  449  1e-125  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4088  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  48.6 
 
 		 489 aa  444  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.947344  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.89 
 
 		 507 aa  442  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.96 
 
 		 505 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6206  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.08 
 
 		 508 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00238233 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.78 
 
 		 510 aa  437  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5839  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.08 
 
 		 508 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0530876  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1499  outer membrane efflux protein OprB  51.46 
 
 		 512 aa  432  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.112473  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0317  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.67 
 
 		 514 aa  434  1e-120  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.34053  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1046  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.67 
 
 		 512 aa  434  1e-120  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.58 
 
 		 495 aa  433  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0381  outer membrane efflux protein OprB  51.67 
 
 		 553 aa  434  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0861  outer membrane efflux protein OprB  51.67 
 
 		 514 aa  434  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.89354  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0612  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.67 
 
 		 514 aa  434  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.904611  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1020  outer membrane efflux protein  51.67 
 
 		 514 aa  434  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.224609  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0080  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.67 
 
 		 551 aa  434  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2654  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.49 
 
 		 507 aa  432  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354944  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0856  outer membrane efflux protein OprB  51.67 
 
 		 514 aa  434  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.66 
 
 		 507 aa  434  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1582  outer membrane efflux protein OprB  51.67 
 
 		 512 aa  434  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2607  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.66 
 
 		 507 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1203  outer membrane efflux protein OprB  51.67 
 
 		 512 aa  434  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.21076  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3925  multidrug efflux system protein  50.66 
 
 		 499 aa  433  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000707781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1997  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  50.66 
 
 		 507 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0794932  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0033  outer membrane efflux protein OprB  51.67 
 
 		 512 aa  434  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2527  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.09 
 
 		 507 aa  430  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0060  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.46 
 
 		 514 aa  432  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0428433  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3490  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.59 
 
 		 503 aa  431  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.350691 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2447  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.46 
 
 		 514 aa  432  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1286  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.31 
 
 		 543 aa  428  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.556611  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.31 
 
 		 519 aa  429  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.323921  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.17 
 
 		 507 aa  428  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.491395 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.89 
 
 		 508 aa  427  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0229467  normal  0.0582449 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.16 
 
 		 486 aa  428  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  50.75 
 
 		 486 aa  428  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  48.82 
 
 		 485 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  48.82 
 
 		 485 aa  428  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2695  outer membrane efflux protein  49.57 
 
 		 512 aa  423  1e-117  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  48.95 
 
 		 486 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0567  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.78 
 
 		 483 aa  424  1e-117  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.17 
 
 		 500 aa  424  1e-117  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.18 
 
 		 525 aa  422  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.865648 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0532  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.89 
 
 		 475 aa  421  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.17075 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3497  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.48 
 
 		 470 aa  420  1e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.13 
 
 		 484 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.48 
 
 		 482 aa  421  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  48.43 
 
 		 501 aa  419  1e-116  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2963  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  50.32 
 
 		 487 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0710  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.03 
 
 		 515 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  48.03 
 
 		 470 aa  417  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01890  outer membrane drug efflux lipoprotein  49.28 
 
 		 491 aa  412  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642226  normal  0.753424 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.15 
 
 		 478 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.46 
 
 		 517 aa  413  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000173561 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.1 
 
 		 484 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.83 
 
 		 484 aa  412  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2367  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  48.91 
 
 		 474 aa  411  1e-113  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.1 
 
 		 484 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.53 
 
 		 485 aa  411  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2064  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.89 
 
 		 499 aa  411  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.68 
 
 		 489 aa  410  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.84 
 
 		 474 aa  410  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0775  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.9 
 
 		 476 aa  409  1e-113  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0316  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  51.63 
 
 		 481 aa  412  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.464824  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  46.83 
 
 		 516 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.776503  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.02 
 
 		 477 aa  405  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  50.88 
 
 		 472 aa  402  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0321  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.63 
 
 		 480 aa  403  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0121  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.57 
 
 		 469 aa  403  1e-111  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3678  outer membrane efflux protein  46.84 
 
 		 469 aa  400  9.999999999999999e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0849669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1737  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  45.69 
 
 		 497 aa  397  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00746142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0289  outer membrane protein OmpK  46.01 
 
 		 474 aa  392  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  48.81 
 
 		 474 aa  394  1e-108  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.170655 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.85 
 
 		 501 aa  393  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.039626  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.57 
 
 		 492 aa  394  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1660  hypothetical protein  47.46 
 
 		 516 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.077421  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.45 
 
 		 499 aa  390  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 492 aa  390  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1891  outer membrane efflux protein OprA  47.46 
 
 		 513 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.271004  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1392  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.46 
 
 		 619 aa  386  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1416  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  46.14 
 
 		 469 aa  386  1e-106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2059  Outer membrane efflux protein  47.25 
 
 		 513 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.26387  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2309  outer membrane efflux protein  48.38 
 
 		 619 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.650756  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1337  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.09 
 
 		 471 aa  386  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2443  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.07 
 
 		 544 aa  388  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167735  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0995  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.46 
 
 		 619 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4027  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.17 
 
 		 467 aa  385  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.296212  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0506  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.46 
 
 		 619 aa  386  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.824568  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1905  outer membrane efflux protein OprA  47.25 
 
 		 516 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5965  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.86 
 
 		 475 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.037067 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4833  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  49.27 
 
 		 474 aa  384  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.820871  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1081  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.74 
 
 		 619 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.566614  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.86 
 
 		 475 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6465  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.86 
 
 		 475 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0283455 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.54 
 
 		 471 aa  381  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2869  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.29 
 
 		 480 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.451085  normal  0.401715 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>