More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1683 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_1683  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
479 aa  957    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1855  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  62.81 
 
 
464 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.859631  normal  0.291675 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2158  outer membrane efflux protein  63.17 
 
 
467 aa  526  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00293127  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1968  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  62.5 
 
 
462 aa  520  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.840689 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33750  putative outer membrane protein precursor  58.23 
 
 
474 aa  502  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0658035  hitchhiker  0.0026818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2869  outer membrane protein  57.81 
 
 
474 aa  483  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3783  RND efflux system outer membrane lipoprotein  56.69 
 
 
471 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3535  RND efflux system outer membrane lipoprotein  58.8 
 
 
467 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.908198 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4211  RND efflux transporter  57.11 
 
 
470 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3284  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.82 
 
 
484 aa  310  5e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.750948  normal  0.639167 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.56 
 
 
482 aa  295  9e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.69 
 
 
482 aa  286  8e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.07 
 
 
484 aa  283  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2841  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.13 
 
 
482 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114938  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2066  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.89 
 
 
494 aa  279  8e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.68 
 
 
499 aa  261  2e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.869969  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3931  multidrug efflux system outer membrane subunit  37.17 
 
 
507 aa  259  6e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.436202 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.37 
 
 
470 aa  254  3e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.62 
 
 
494 aa  243  5e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.98 
 
 
531 aa  238  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.691413  normal  0.979015 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.17 
 
 
460 aa  229  7e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3525  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.67 
 
 
471 aa  222  9.999999999999999e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3723  putative outer membrane protein  38.13 
 
 
480 aa  216  5e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0136  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.45 
 
 
502 aa  207  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1341  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.39 
 
 
477 aa  206  6e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.432715  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0395  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.78 
 
 
464 aa  205  2e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.95 
 
 
475 aa  203  4e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.33 
 
 
481 aa  204  4e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.18 
 
 
496 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.18 
 
 
496 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1793  outer membrane efflux protein  33.48 
 
 
463 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.314198  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.13 
 
 
461 aa  196  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.85 
 
 
509 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.94 
 
 
495 aa  195  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0834  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  33.41 
 
 
460 aa  193  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.21 
 
 
486 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.06 
 
 
472 aa  191  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.378923 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.34 
 
 
497 aa  191  2e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.09 
 
 
501 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0925  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  33.18 
 
 
460 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  31.37 
 
 
497 aa  189  7e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.26 
 
 
504 aa  189  1e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2184  outer membrane efflux protein  32.94 
 
 
460 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0532  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.48 
 
 
475 aa  187  3e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.17075 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  32.48 
 
 
479 aa  187  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.18 
 
 
489 aa  186  6e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.13 
 
 
472 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  32.02 
 
 
520 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.85 
 
 
499 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.86 
 
 
487 aa  184  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2367  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.13 
 
 
474 aa  184  5.0000000000000004e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2218  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.02 
 
 
432 aa  182  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3271  outer membrane efflux protein OprA  31.03 
 
 
467 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  31.18 
 
 
479 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.3 
 
 
501 aa  181  4e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.46 
 
 
477 aa  180  4e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.48 
 
 
510 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.17 
 
 
488 aa  180  5.999999999999999e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.66 
 
 
496 aa  179  8e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1949  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.98 
 
 
459 aa  179  9e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.23 
 
 
507 aa  179  9e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.3 
 
 
470 aa  178  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.11 
 
 
482 aa  178  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.21 
 
 
504 aa  178  2e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.02 
 
 
500 aa  178  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.47 
 
 
500 aa  178  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.13 
 
 
474 aa  177  3e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.31 
 
 
496 aa  177  4e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  32.22 
 
 
512 aa  177  5e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_003296  RS01780  outer membrane CHANEL lipoprotein  31.95 
 
 
522 aa  177  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.64 
 
 
477 aa  177  5e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  29.82 
 
 
499 aa  176  9e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.14 
 
 
509 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  29.05 
 
 
504 aa  176  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2527  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.61 
 
 
507 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.68 
 
 
508 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0229467  normal  0.0582449 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2607  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.98 
 
 
507 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  30.04 
 
 
503 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.3 
 
 
501 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.039626  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2654  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.61 
 
 
507 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354944  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1997  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.98 
 
 
507 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0794932  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0079  hypothetical protein  26.45 
 
 
479 aa  174  2.9999999999999996e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.37 
 
 
525 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.865648 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2963  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  31.24 
 
 
487 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2380  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.12 
 
 
481 aa  174  3.9999999999999995e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6206  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.74 
 
 
508 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00238233 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0289  outer membrane protein OmpK  29.81 
 
 
474 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5839  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.74 
 
 
508 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0530876  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  32.05 
 
 
492 aa  174  3.9999999999999995e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.72 
 
 
485 aa  173  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3821  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.77 
 
 
484 aa  173  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.467284  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4898  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.77 
 
 
484 aa  173  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  31.93 
 
 
479 aa  173  6.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3433  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.17 
 
 
477 aa  173  7.999999999999999e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.44 
 
 
507 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0309  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.66 
 
 
531 aa  172  1e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.19 
 
 
457 aa  172  1e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1164  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.29 
 
 
473 aa  172  1e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000188172  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02156  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  32.24 
 
 
483 aa  172  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.910807 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  30.07 
 
 
498 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>