More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1855 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1855  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 
464 aa  923    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.859631  normal  0.291675 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2158  outer membrane efflux protein  66.16 
 
 
467 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00293127  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1968  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  65.09 
 
 
462 aa  570  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.840689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1683  RND efflux system outer membrane lipoprotein  62.81 
 
 
479 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33750  putative outer membrane protein precursor  64.86 
 
 
474 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0658035  hitchhiker  0.0026818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2869  outer membrane protein  64.89 
 
 
474 aa  526  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3783  RND efflux system outer membrane lipoprotein  61.24 
 
 
471 aa  521  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3535  RND efflux system outer membrane lipoprotein  60.99 
 
 
467 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.908198 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4211  RND efflux transporter  60 
 
 
470 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3284  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.75 
 
 
484 aa  336  5.999999999999999e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.750948  normal  0.639167 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.29 
 
 
484 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39 
 
 
482 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.39 
 
 
482 aa  270  5e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2841  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.47 
 
 
482 aa  268  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114938  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3931  multidrug efflux system outer membrane subunit  38.06 
 
 
507 aa  262  8e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.436202 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2066  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.64 
 
 
494 aa  258  1e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.8 
 
 
531 aa  257  4e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.691413  normal  0.979015 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.42 
 
 
494 aa  251  2e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.83 
 
 
460 aa  245  9.999999999999999e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3525  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.85 
 
 
471 aa  244  3e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.19 
 
 
470 aa  241  2.9999999999999997e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.64 
 
 
499 aa  238  2e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.869969  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3723  putative outer membrane protein  38.89 
 
 
480 aa  223  8e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.9 
 
 
486 aa  220  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.2 
 
 
496 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.2 
 
 
496 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.55 
 
 
489 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0395  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.19 
 
 
464 aa  211  2e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.98 
 
 
481 aa  206  9e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.62 
 
 
461 aa  205  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.62 
 
 
495 aa  203  6e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1341  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.13 
 
 
477 aa  202  9.999999999999999e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.432715  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  32.24 
 
 
569 aa  199  9e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1949  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.97 
 
 
459 aa  198  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.19 
 
 
471 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.99 
 
 
482 aa  196  7e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.3 
 
 
509 aa  196  7e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1793  outer membrane efflux protein  31.24 
 
 
463 aa  194  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.314198  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.13 
 
 
483 aa  193  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.42 
 
 
477 aa  193  6e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  32.77 
 
 
520 aa  192  1e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.5 
 
 
501 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  32.16 
 
 
479 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  32.16 
 
 
479 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  32.37 
 
 
479 aa  190  5e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.63 
 
 
504 aa  190  5e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.33 
 
 
500 aa  190  5e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.21 
 
 
518 aa  190  5e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.98 
 
 
504 aa  190  5e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.6 
 
 
496 aa  187  3e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  31.45 
 
 
504 aa  187  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0136  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.7 
 
 
502 aa  186  7e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  33.49 
 
 
492 aa  186  7e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.43 
 
 
483 aa  186  8e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.5 
 
 
525 aa  186  8e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.865648 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.21 
 
 
483 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.03 
 
 
464 aa  185  1.0000000000000001e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.19 
 
 
483 aa  184  3e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.33 
 
 
501 aa  184  3e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0834  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  30.91 
 
 
460 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0925  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  30.91 
 
 
460 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0710  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.1 
 
 
515 aa  184  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437206  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2218  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.47 
 
 
432 aa  184  3e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.17 
 
 
470 aa  184  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.95 
 
 
497 aa  184  4.0000000000000006e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2035  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.34 
 
 
486 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.152355  normal  0.152355 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2184  outer membrane efflux protein  31.15 
 
 
460 aa  183  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.93 
 
 
459 aa  182  8.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.841968 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2367  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.29 
 
 
474 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.02 
 
 
485 aa  182  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  31.14 
 
 
497 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  33.26 
 
 
503 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0323  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.62 
 
 
496 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.501802  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1164  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.06 
 
 
473 aa  181  2.9999999999999997e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000188172  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5418  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.69 
 
 
463 aa  179  8e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1377  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.41 
 
 
456 aa  179  9e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.64 
 
 
484 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.8 
 
 
511 aa  179  1e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.25 
 
 
516 aa  179  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.42 
 
 
484 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.12 
 
 
457 aa  178  2e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2064  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.03 
 
 
499 aa  177  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  31.42 
 
 
511 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.19 
 
 
472 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3271  outer membrane efflux protein OprA  31.31 
 
 
467 aa  177  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.85 
 
 
477 aa  177  5e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.31 
 
 
482 aa  176  7e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2869  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.85 
 
 
480 aa  176  7e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.451085  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  32.06 
 
 
470 aa  176  7e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2695  outer membrane efflux protein  30.74 
 
 
512 aa  176  9e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  30.67 
 
 
486 aa  176  9e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  33.12 
 
 
512 aa  176  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.61 
 
 
496 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0563  RND efflux system, outer membrane lipoprotein CmeC  27.6 
 
 
482 aa  176  9.999999999999999e-43  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0291463  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.11 
 
 
496 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.49 
 
 
507 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.491395 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.32 
 
 
525 aa  175  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.39 
 
 
487 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.16 
 
 
502 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.96 
 
 
510 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>