More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1377 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1377  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
456 aa  914    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33750  putative outer membrane protein precursor  36.66 
 
 
474 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0658035  hitchhiker  0.0026818 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2869  outer membrane protein  37.89 
 
 
474 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.56 
 
 
460 aa  201  1.9999999999999998e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2158  outer membrane efflux protein  33.86 
 
 
467 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00293127  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0395  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.99 
 
 
464 aa  194  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1855  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.41 
 
 
464 aa  194  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.859631  normal  0.291675 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1968  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.55 
 
 
462 aa  193  6e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.840689 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1341  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.41 
 
 
477 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.432715  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3723  putative outer membrane protein  36.7 
 
 
480 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3783  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.14 
 
 
471 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.01 
 
 
470 aa  180  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4211  RND efflux transporter  34.47 
 
 
470 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1683  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.04 
 
 
479 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0822  outer membrane efflux family protein  30.89 
 
 
472 aa  178  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3535  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.57 
 
 
467 aa  178  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.908198 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.35 
 
 
499 aa  178  2e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.869969  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3284  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.41 
 
 
484 aa  176  6e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.750948  normal  0.639167 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2218  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.44 
 
 
432 aa  176  7e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3454  outer membrane efflux protein  29.91 
 
 
477 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00515771  hitchhiker  0.00444269 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3931  multidrug efflux system outer membrane subunit  30.35 
 
 
507 aa  173  6.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.436202 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.15 
 
 
494 aa  172  1e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2903  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.02 
 
 
482 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.07 
 
 
482 aa  171  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2568  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.49 
 
 
482 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.43 
 
 
505 aa  169  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1793  outer membrane efflux protein  29.63 
 
 
463 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.314198  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.35 
 
 
461 aa  167  4e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.89 
 
 
484 aa  167  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.034745  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3169  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.2 
 
 
471 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.228737  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0009  drug efflux lipoprotein  31.41 
 
 
514 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.347699  normal  0.0645676 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2510  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.69 
 
 
465 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0532  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.93 
 
 
475 aa  163  5.0000000000000005e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.17075 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2841  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.49 
 
 
482 aa  162  9e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114938  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01890  outer membrane drug efflux lipoprotein  32.48 
 
 
491 aa  162  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642226  normal  0.753424 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.19 
 
 
486 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0925  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  30.02 
 
 
460 aa  162  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.37 
 
 
461 aa  161  3e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0834  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  29.78 
 
 
460 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4955  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.73 
 
 
459 aa  160  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.525956  normal  0.0720894 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3412  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.73 
 
 
459 aa  160  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0117  RND efflux system, outer membrane lipoprotein CmeC  28.82 
 
 
482 aa  160  6e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3424  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.62 
 
 
514 aa  159  7e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2184  outer membrane efflux protein  29.78 
 
 
460 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.12 
 
 
501 aa  159  8e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.11 
 
 
500 aa  159  8e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1737  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  28.95 
 
 
497 aa  159  8e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00746142  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.47 
 
 
470 aa  159  9e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0136  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.24 
 
 
502 aa  159  9e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5331  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.73 
 
 
459 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0147852 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3747  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.43 
 
 
514 aa  158  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846743  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.95 
 
 
474 aa  158  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2066  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.07 
 
 
494 aa  158  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.11 
 
 
478 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.48 
 
 
495 aa  157  4e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  27.56 
 
 
497 aa  157  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.7 
 
 
525 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.865648 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.89 
 
 
487 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4088  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.67 
 
 
489 aa  157  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.947344  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0775  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.78 
 
 
476 aa  157  6e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.05 
 
 
516 aa  156  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.776503  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.61 
 
 
495 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0169  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.38 
 
 
493 aa  155  1e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204876 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4027  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.14 
 
 
467 aa  155  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.296212  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3525  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.89 
 
 
471 aa  155  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0802  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.26 
 
 
476 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.102308  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0723  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.49 
 
 
468 aa  155  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.291891  normal  0.133179 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3490  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.37 
 
 
503 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.350691 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0710  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.02 
 
 
515 aa  154  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437206  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.57 
 
 
504 aa  153  5e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.72 
 
 
531 aa  153  7e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.691413  normal  0.979015 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.13 
 
 
496 aa  153  7e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3590  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  31.15 
 
 
491 aa  152  8e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2756  outer membrane efflux protein  30.86 
 
 
490 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3497  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.53 
 
 
470 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  29.07 
 
 
486 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.11 
 
 
477 aa  152  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.24 
 
 
477 aa  152  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.75 
 
 
486 aa  152  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.57 
 
 
509 aa  151  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0121  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.36 
 
 
469 aa  152  2e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.59 
 
 
486 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.49 
 
 
472 aa  152  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.7 
 
 
504 aa  151  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1296  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.28 
 
 
479 aa  151  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0834  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.22 
 
 
483 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.933668  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0827  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.2 
 
 
483 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00460212  hitchhiker  0.00000000259986 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.63 
 
 
495 aa  151  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0610186  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.74 
 
 
496 aa  151  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.82 
 
 
489 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670028  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3534  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29 
 
 
483 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00132321  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1164  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.85 
 
 
473 aa  150  3e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000188172  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.88 
 
 
495 aa  150  5e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.76 
 
 
507 aa  150  5e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.491395 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  29.31 
 
 
498 aa  150  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2695  outer membrane efflux protein  29.6 
 
 
512 aa  150  6e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  29.87 
 
 
485 aa  150  6e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2654  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.55 
 
 
507 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354944  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.48 
 
 
484 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.95 
 
 
507 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>